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- PDB-5lc3: Xray structure of mouse FAM3C ILEI monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lc3
タイトルXray structure of mouse FAM3C ILEI monomer
要素Protein FAM3C
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neutrophil differentiation / epidermal cell differentiation / Platelet degranulation / keratinocyte proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / cytokine activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / gene expression ...neutrophil differentiation / epidermal cell differentiation / Platelet degranulation / keratinocyte proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / cytokine activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / gene expression / inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
FAM3C (ILEI) domain / FAM3 family / ILEI/PANDER domain / Interleukin-like EMT inducer / GG-type lectin domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Johansson, P. / Jansson, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The interleukin-like epithelial-mesenchymal transition inducer ILEI exhibits a non-interleukin-like fold and is active as a domain-swapped dimer.
著者: Jansson, A.M. / Csiszar, A. / Maier, J. / Nystrom, A.C. / Ax, E. / Johansson, P. / Schiavone, L.H.
履歴
登録2016年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein FAM3C
B: Protein FAM3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4142
ポリマ－45,4142
非ポリマー00
水1,892105
1
A: Protein FAM3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7071
ポリマ－22,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein FAM3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7071
ポリマ－22,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.839, 31.976, 75.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein FAM3C / Interleukin-like EMT inducer


分子量: 22707.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fam3c, D6Wsu176e, Ilei / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91VU0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 mg/mL + 17.5% w/v PEG4000, 10% glycerol and 82mM (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.3 Å / Num. obs: 23649 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 39.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YOP

2yop


解像度: 2→44.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1195 5.08 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.22 23542 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.7931 Å20 Å27.4901 Å2
2---0.169 Å20 Å2
3---7.9621 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→44.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 0 105 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.23430HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d887SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes364HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2546HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion332SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2933SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 132 4.59 %
Rwork0.225 2744 -
all0.227 2876 -
obs--99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9450.54960.78655.2316-0.47992.1351-0.0802-0.05640.05951.0514-0.0963-0.2881-0.10270.07960.17650.08680.048-0.2186-0.2863-0.0134-0.1762-32.785612.298324.6389
23.25050.8277-0.19933.768-0.68353.205-0.1147-0.26740.36780.34380.08551.1276-0.3137-0.99540.0292-0.34560.14890.04460.0009-0.0820.0099-64.67126.24447.2012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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