PDB-5lb6: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) R371H variant in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lb6

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) R371H variant in complex with Mn(II) and N-[(1-chloro-4-hydroxyisoquinolin-3-yl)carbonyl]glycine (IOX3/UN9)

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lb6.cif.gz	149.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lb6.ent.gz	119 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l9bC 5l9rC 5l9vC 5la9C 5lasC 5latC 5lbbC 5lbcC 5lbeC 5lbfC 4bqxS 3hqr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yvz-d 5ox5-d 6yvx-d 5lbc-d 6yw0-d 5lat-d 4uwd-d 6yvw-d 5lbb-d 5ox6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.159, 111.159, 40.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 28077.895 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 181-426 / 変異: R371H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

#1: タンパク質

Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...

分子量: 28077.895 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 181-426 / 変異: R371H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸分子量: 280.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉ClN₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES-Na pH 6.5, 30% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→37.24 Å / Num. obs: 31671 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BQX

4bqx

解像度: 1.7→36.385 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1682	1462	4.62 %
R_work	0.1451	-	-
obs	0.1461	31646	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 56.6 Å² / k_sol: 0.43 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.82 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	-	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.385 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1711	0	31	173	1915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	2525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.891	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7608	0.2122	151	0.1795	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.8313	0.1839	142	0.1696	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.9146	0.1549	156	0.1456	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-2.0156	0.1776	147	0.1389	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.1418	0.1707	141	0.1354	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.3072	0.1328	134	0.1348	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.5393	0.1707	181	0.1352	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.9066	0.1599	132	0.1391	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9066-3.6615	0.1814	130	0.1408	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6615-36.3936	0.167	148	0.1536	3110	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5498	-0.5035	1.1347	2.5324	-1.5974	4.2489	0.0593	-0.1932	-0.3649	0.0263	0.0533	-0.5512	0.2457	-0.0308	-0.125	0.2042	0.0408	-0.1044	0.2782	0.0382	0.5397	72.7317	130.5618	2.9369
2	0.4628	1.0415	-0.3279	2.4473	-1.2861	3.8028	0.1401	-0.1485	-0.5172	0.0507	0.186	-0.3112	0.3633	0.1232	-0.1959	0.2271	0.0483	-0.0669	0.1966	0.0662	0.4153	63.5043	128.9652	1.6105
3	7.0183	-4.3961	0.0076	4.9028	-0.0379	1.3229	0.0691	-0.3403	-0.5035	0.5155	-0.0417	0.3939	0.3507	-0.139	-0.0761	0.3644	-0.107	-0.0287	0.2754	0.1337	0.2397	47.3434	130.0953	13.1713
4	2.5584	-0.1627	0.7956	2.9768	-0.1874	3.4748	0.1345	-0.16	0.1276	0.0463	-0.1597	0.5837	-0.1383	-0.265	0.0153	0.1888	-0.0222	0.0009	0.1991	-0.0102	0.2269	41.2354	144.0243	3.115
5	2.1065	0.1731	-0.6383	1.4239	0.1478	0.6148	0.0893	-0.5792	-0.2237	0.4828	-0.1079	-0.4294	0.2405	0.0264	0.1976	0.3156	-0.0545	-0.2109	0.3474	0.1697	0.2459	63.0129	136.3077	13.125
6	2.5686	-1.6128	-2.1159	3.1408	1.9442	1.9384	0.1003	-0.2694	-0.2493	0.1269	0.0039	-0.591	0.1457	0.2395	-0.091	0.2095	-0.0036	-0.0719	0.2277	0.0062	0.4217	74.0998	144.0923	3.709
7	4.6627	1.3788	1.289	1.9238	0.4198	1.1963	0.0707	-0.1095	-0.0382	0.0738	-0.0432	0.1525	0.0331	0.0055	-0.0581	0.1505	-0.0291	-0.0267	0.1691	0.0043	0.1319	50.1668	140.6879	4.1068
8	3.5731	1.7978	0.9704	2.2619	0.729	1.4979	-0.2	0.3263	0.3939	-0.2803	0.0353	0.0584	-0.1707	0.0383	0.1292	0.1973	-0.0239	-0.0435	0.175	0.0503	0.1624	54.7316	145.7186	-7.1745
9	2.166	1.4101	0.0186	2.7492	0.2418	1.3108	0.0837	-0.0026	-0.338	-0.112	-0.0208	0.021	0.2844	0.0712	-0.0165	0.1641	0.0031	-0.0751	0.1162	0.0362	0.2224	55.8167	133.9287	1.7945
10	2.8617	-1.4555	-0.0638	0.7896	0.335	1.8645	-0.0784	0.5137	-0.5096	-0.7347	0.1028	-0.1027	0.144	0.2789	-0.0647	0.3382	-0.03	0.0061	0.289	-0.095	0.2248	54.9214	132.4775	-11.1504
11	2.1611	0.3473	-0.3614	2.8469	-1.5164	7.7463	0.0088	0.201	-0.577	-0.4247	0.0082	-0.3834	0.4536	0.264	0.0251	0.2679	0.0163	-0.0043	0.1709	-0.0278	0.2781	56.7809	128.8347	-6.566
12	1.2982	-1.1803	0.8948	1.4368	-0.604	0.8371	0.0981	0.1555	-0.2047	-0.0921	-0.0693	-0.4492	0.0988	0.2924	-0.062	0.1655	0.0012	0.002	0.1908	-0.0033	0.2105	63.4636	139.0171	-3.5661
13	4.8013	2.3966	-0.5357	2.1652	-0.1667	1.0269	-0.1094	0.4718	-0.2693	-0.446	0.0554	0.0421	0.1457	-0.1161	0.0347	0.22	-0.0284	-0.0422	0.2291	-0.0286	0.1554	50.3645	135.859	-8.8841
14	1.3542	0.7431	0.1912	1.288	0.1101	0.6153	0.1831	-0.1827	-0.0991	0.141	-0.1706	-0.1164	0.0778	-0.0132	-0.0259	0.1374	-0.0266	-0.0429	0.1465	0.022	0.1472	56.3115	140.2366	3.8972
15	4.1112	-1.0823	-0.8451	5.1749	1.0147	3.6594	0.0633	0.1238	0.1175	-0.0608	0.0189	0.6059	-0.3102	-0.2878	-0.1208	0.1656	-0.0078	-0.0145	0.1932	0.0125	0.2782	66.6657	158.3818	1.9016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 188:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 205:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:232)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 233:266)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 267:283)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 284:293)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:306)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:320)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 321:335)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 336:350)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 351:361)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 362:371)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 372:381)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 382:392)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 393:404)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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