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- PDB-5lb3: Crystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lb3
タイトルCrystal structure of human RECQL5 helicase in complex with ADP/Mg.
要素ATP-dependent DNA helicase Q5
キーワードHYDROLASE / Helicase / RecQ / Transcription / DNA repair / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / four-way junction helicase activity / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding ...mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / four-way junction helicase activity / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA helicase activity / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / helicase activity / cellular response to xenobiotic stimulus / mitotic cell cycle / chromosome / DNA replication / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent DNA helicase Q5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Savitsky, P. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2017
タイトル: Insights into the RecQ helicase mechanism revealed by the structure of the helicase domain of human RECQL5.
著者: Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Savitsky, P. / Gileadi, O.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年5月3日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
E: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1088
ポリマ-99,0742
非ポリマー1,0346
17,853991
1
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0544
ポリマ-49,5371
非ポリマー5173
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0544
ポリマ-49,5371
非ポリマー5173
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.757, 62.943, 104.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5


分子量: 49537.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 23% PEG6K, 0.15M lithium chloride, 2.5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.88 Å / Num. obs: 87336 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CDG
解像度: 1.8→19.88 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 4298 4.92 %Random
Rwork0.1949 ---
obs0.1968 87297 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6806 0 58 991 7855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7969593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8912626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82040.34061270.30752798X-RAY DIFFRACTION100
1.8204-1.84180.34011460.31762719X-RAY DIFFRACTION100
1.8418-1.86430.30451390.30152759X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.88790.36741380.28732733X-RAY DIFFRACTION100
1.8879-1.91270.36271480.29152764X-RAY DIFFRACTION100
1.9127-1.93890.3491680.27732706X-RAY DIFFRACTION100
1.9389-1.96650.31951400.26512782X-RAY DIFFRACTION100
1.9665-1.99590.28151350.24722700X-RAY DIFFRACTION100
1.9959-2.0270.29561560.24362768X-RAY DIFFRACTION100
2.027-2.06020.24431410.23122745X-RAY DIFFRACTION100
2.0602-2.09570.27451320.22092779X-RAY DIFFRACTION100
2.0957-2.13380.23741530.21572741X-RAY DIFFRACTION100
2.1338-2.17480.25541540.21132745X-RAY DIFFRACTION100
2.1748-2.21910.25291460.21372735X-RAY DIFFRACTION100
2.2191-2.26730.24611110.2132800X-RAY DIFFRACTION100
2.2673-2.320.281430.20672737X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.37790.25391190.20682793X-RAY DIFFRACTION100
2.3779-2.44210.26311260.20712800X-RAY DIFFRACTION100
2.4421-2.51380.25781380.22773X-RAY DIFFRACTION100
2.5138-2.59480.23081670.20062767X-RAY DIFFRACTION100
2.5948-2.68730.24661380.1992746X-RAY DIFFRACTION100
2.6873-2.79460.24981510.19662744X-RAY DIFFRACTION100
2.7946-2.92140.24521390.19352797X-RAY DIFFRACTION100
2.9214-3.07490.2291600.19672745X-RAY DIFFRACTION100
3.0749-3.26680.22891620.19352765X-RAY DIFFRACTION100
3.2668-3.51770.19131340.17942793X-RAY DIFFRACTION100
3.5177-3.86940.21581550.16822776X-RAY DIFFRACTION100
3.8694-4.42390.17711290.14862806X-RAY DIFFRACTION100
4.4239-5.55350.18721550.16152817X-RAY DIFFRACTION100
5.5535-19.880.19371480.16142866X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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