PDB-6xb5: Structure of Trichoplusia ni poxin in post-reactive state with Gp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xb5

タイトル

Structure of Trichoplusia ni poxin in post-reactive state with Gp[2'-5']Ap[3']

要素

Poxin

キーワード

HYDROLASE / Poxin / nuclease / HDD13 / Lepidoptera / Moth / Butterfly / innate immunity / cGAS / cGAMP / STING

機能・相同性

Poxin, virus / nuclease activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / 2',5'-GpAp / Uncharacterized protein LOC113495595 isoform X1

機能・相同性情報

生物種

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Eaglesham, J.B. / McCarty, K.L. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structures of diverse poxin cGAMP nucleases reveal a widespread role for cGAS-STING evasion in host-pathogen conflict.
著者: Eaglesham, J.B. / McCarty, K.L. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xb5.cif.gz	246.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xb5.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xb5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xb5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xb3C 6xb4C 6xb6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l8e-1 1fmc-d 6i6f-d 3ggj-d 6gm4-2 5n6h-2 1abr-d 6d9f-d 1s9p-5 1oaa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poxin

B: Poxin

ヘテロ分子

55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.422, 124.422, 132.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁
Space group name Hall	I4bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1,x+1/2,z+5/4 #7: y+1,-x+1/2,z+5/4 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	MET	LEU	A	1 - 240
d_2	1	ens_1	MET	LEU	B	1 - 240

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.646743277496, -0.75061380722, -0.135285052478), (-0.748798033627, -0.658601089383, 0.0744722089084), (-0.1449987512, 0.053136780803, -0.98800396997)ベクター: -18. ...

#1: タンパク質	Poxin 分子量: 26909.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A7E5VPD6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-9BG / 2',5'-GpAp / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-2-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] hydrogen phosphate 分子量: 692.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM HEPES-KOH, 32% Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99995 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→39.57 Å / Num. obs: 22422 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.2 % / B_iso Wilson estimate: 76.18 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.89→3.07 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3527 / CC_1/2: 0.372 / R_pim(I) all: 0.854 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Phased with Companion Structure 6XB6

6xb6

解像度: 2.9→39.57 Å / SU ML: 0.4402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3569
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	2006	9.06 %
R_work	0.1841	20129	-
obs	0.1869	22135	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3726	0	92	0	3818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	3922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9345	5358
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	586
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	692
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.5016	1382

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.736522808254 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.97	0.37	136	0.3571	1335	X-RAY DIFFRACTION	91.48
2.97-3.05	0.3636	139	0.3275	1427	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.05-3.14	0.3328	148	0.308	1451	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.14-3.25	0.3418	129	0.287	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.36	0.3179	145	0.2591	1415	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.36-3.5	0.2577	145	0.2331	1436	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.5-3.65	0.2359	146	0.2137	1452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.85	0.2338	151	0.2066	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4.09	0.2052	148	0.1565	1459	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.4	0.1751	146	0.1492	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.84	0.1493	150	0.1277	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.85-5.54	0.1698	141	0.1419	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
5.55-6.98	0.1961	142	0.1699	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
6.98-39.57	0.1777	140	0.1474	1475	X-RAY DIFFRACTION	99.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.17246152576	-0.411531919862	-0.25360668591	1.5593850017	-0.701203031824	1.4996088447	0.00546967920023	-0.187450774363	0.105432307655	-0.114412295562	0.137067941458	-0.346728868762	-0.499700780901	-0.140543095486	0.00554456010148	0.480536346969	0.0873744726295	0.0874845295769	0.345913962645	0.0677946541553	0.328236644555	17.2089922781	-11.9248060583	-35.0221400388
2	0.363459419749	-0.184764600478	0.191196867774	0.0883342920553	0.237971079407	0.59071189417	0.376089432302	0.723029315437	-1.40021678629	-1.18486447756	-0.598594773678	-0.361218365398	0.487120955663	-0.568806274064	-0.000180237097326	0.868836328855	0.0924549128087	0.0043680105478	0.66471592296	-0.258543800069	1.03950137742	20.0073287863	-37.2369255707	-49.490163259
3	2.21624048022	-0.625666615223	-1.13608754785	0.477525359224	0.382863414632	0.855755186115	0.271095783411	0.566029851443	0.361653691195	-1.78006656399	-0.499747373928	-1.77517071688	0.622269933377	0.283008485568	0.0278474558963	0.490914840543	0.120770731029	0.219842340676	0.467913896018	0.0770079044971	0.968885225832	26.4934813363	-29.0314307984	-40.644475952
4	-0.213369447414	0.442878011169	0.144558011214	0.91151856583	1.06642538586	2.28320823546	0.0260388694907	0.122364298209	0.0213928728703	-0.976275453062	0.108400504323	-0.409674627683	0.260227208639	-0.582324018375	-0.167641865973	0.571237970583	0.0651129138005	0.236133720368	0.393938683872	0.0951644513509	0.556054882935	18.9174156081	-24.162424462	-40.2391428157
5	1.21795232999	-0.242160574359	0.450224233577	0.99284229541	1.50427050184	2.65328803079	-0.5604477178	1.29591053723	-0.00898694013066	0.698746897841	0.808787895648	1.28725384162	0.79274111589	-1.49566998743	1.36282224442	0.617214046341	-0.276827236905	0.147099742989	1.09128012288	0.38121369939	0.951383016231	-12.1510828303	-48.5433556578	-20.9722959555
6	0.362213424582	-0.150983531722	-0.42816277417	0.652515069318	0.640849576551	0.498291241764	-0.0241076098683	0.103640240326	-0.402868841958	-0.0707875792005	0.107337798557	0.19884746379	0.828763602288	-0.676250325928	0.00051319791109	0.909341186942	-0.306246132666	-0.0425061584774	1.11559012776	0.167597354283	0.972213185547	-4.06553365481	-52.4650026779	-27.531359126
7	1.61807969613	-0.743304617532	0.0591673795082	0.49883302391	-0.127900532727	0.288644972462	0.115053974338	0.472756008	-0.581779598568	-0.725594796058	0.148105234951	-0.182554220197	0.510560025048	0.348430584814	0.00383864820875	0.844580818697	-0.11056984364	0.0780099668291	0.710816426793	0.0519941207122	0.742859462422	9.67111016199	-48.7216199782	-33.886865364
8	0.708645751597	0.217548169463	0.22839977673	0.370716882433	0.834423898363	0.684951699917	-0.0836590063608	0.464615639337	-0.186346407294	-1.4688351715	0.550960153979	0.485718648306	0.442518251312	-0.496967785702	-0.00329539472058	0.816260003932	-0.204429918956	-0.175029023041	1.05841731274	0.214305633394	0.755482209631	-8.49028648974	-41.8850102228	-33.8363988892
9	0.177737855289	0.366667235323	-0.470362840797	0.962474773292	-0.401458399814	0.959691439869	-0.176226999938	0.379776360948	0.22583443452	-0.197109462899	0.368144470438	-0.0902996680492	0.166476729563	-0.564779791069	0.0294739566307	0.568990357594	-0.085070342043	0.0259489810631	0.696952629437	0.197684002825	0.541427072446	0.821815893382	-37.6506002806	-29.4857405944
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11	1.45749801127	0.361103538966	0.255415401514	1.59951873014	-0.540857165022	0.255643410472	0.0115449946403	-0.415900495207	-0.466921682641	-0.063456140251	-0.250181692244	-0.222273584806	0.282924691061	-0.300811523476	-0.00542617695288	0.46021912848	0.0137593361418	-0.000539721835783	0.450022446868	0.131083544081	0.513660513241	21.3479544575	-31.4896635825	-20.6374538126
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16	0.478661797278	-0.54360696482	-0.294285034672	0.299965476984	-0.710340673719	0.527835711194	0.0202085036061	-0.302805661725	0.154267978512	0.123183658812	0.0621328942423	-0.568720838598	-0.566355657221	0.693059479742	0.000153175158472	0.67453253565	-0.022389847655	-0.0165232841715	0.593565891607	0.0291415345152	0.760351213486	29.1193034461	-7.24742160316	-30.1241887529
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18	0.851339634907	-0.0225494505494	-0.332806870018	0.673053131998	-0.258616998743	0.556435237462	0.207471763852	-0.342796451621	-0.0713696159687	-0.718636004959	0.0664056199559	-0.0788136281694	-0.848321868306	-0.802741037054	0.138615351993	1.03280743794	0.186447383496	0.124594188341	0.513966717268	0.0967361767153	0.564985856596	7.24830016257	-1.30193815457	-31.0752133524

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 94 through 173 )	B	B	94 - 173	94 - 173
2	2	chain 'B' and (resid 174 through 189 )	B	B	174 - 189	174 - 189
3	3	chain 'B' and (resid 190 through 212 )	B	B	190 - 212	190 - 212
4	4	chain 'B' and (resid 213 through 240 )	B	B	213 - 240	213 - 240
5	5	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A	A	1 - 13	1 - 13
6	6	chain 'A' and (resid 14 through 33 )	A	A	14 - 33	14 - 33
7	7	chain 'A' and (resid 34 through 63 )	A	A	34 - 63	34 - 63
8	8	chain 'A' and (resid 64 through 87 )	A	A	64 - 87	64 - 87
9	9	chain 'A' and (resid 88 through 130 )	A	A	88 - 130	88 - 130
10	10	chain 'A' and (resid 131 through 151 )	A	A	131 - 151	131 - 151
11	11	chain 'A' and (resid 152 through 180 )	A	A	152 - 180	152 - 180
12	12	chain 'A' and (resid 181 through 202 )	A	A	181 - 202	181 - 202
13	13	chain 'A' and (resid 203 through 240 )	A	A	203 - 240	203 - 240
14	14	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	B	1 - 13	1 - 13
15	15	chain 'B' and (resid 14 through 33 )	B	B	14 - 33	14 - 33
16	16	chain 'B' and (resid 34 through 62 )	B	B	34 - 62	34 - 62
17	17	chain 'B' and (resid 63 through 79 )	B	B	63 - 79	63 - 79
18	18	chain 'B' and (resid 80 through 93 )	B	B	80 - 93	80 - 93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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