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- PDB-5l9t: Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9t
タイトルModel of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with E2 UBE2S poised for polyubiquitination where UBE2S, APC2, and APC11 are modeled into low resolution density
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 11
  • (Cell division cycle protein ...) x 3
  • Fizzy-related protein homolog
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
  • Ubiquitin_variant-Hsl1(substrate) fusion
キーワードCELL CYCLE / Ubiquitination / multi-protein complex / cell division / conformational regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of diacylglycerol biosynthetic process / protein localization to septin ring / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / cellular bud neck septin ring / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / protein K27-linked ubiquitination / regulation of meiotic nuclear division / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation ...negative regulation of diacylglycerol biosynthetic process / protein localization to septin ring / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / cellular bud neck septin ring / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / protein K27-linked ubiquitination / regulation of meiotic nuclear division / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synaptic plasticity / lens fiber cell differentiation / Phosphorylation of the APC/C / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / cellular bud neck / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein K11-linked ubiquitination / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / exit from mitosis / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitotic metaphase chromosome alignment / female gonad development / seminiferous tubule development / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / male meiosis I / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of cellular senescence / protein K63-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / heterochromatin / protein K48-linked ubiquitination / intercellular bridge / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / nuclear periphery / Pexophagy
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal ...: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / : / : / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Polyubiquitin-B / Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Brown, N.G. / VanderLinden, R. / Dube, P. / Haselbach, D. / Peters, J.M. / Stark, H. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
Jane Coffin Childs, Leukemia $ Lymphoma Society 米国
National Institutes of HealthR37GM065930 米国
National Institutes of HealthP30CA021765 米国
German Research Foundation ドイツ
HHMI 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Dual RING E3 Architectures Regulate Multiubiquitination and Ubiquitin Chain Elongation by APC/C.
著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / ...著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / Renping Qiao / Ying Lu / Prakash Dube / Michael R Brunner / Christy R R Grace / Darcie J Miller / David Haselbach / Marc A Jarvis / Masaya Yamaguchi / David Yanishevski / Georg Petzold / Sachdev S Sidhu / Brian Kuhlman / Marc W Kirschner / J Wade Harper / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman /
要旨: Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of ...Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of polyubiquitination: multiubiquitination of several sites and elongation of linkage-specific UB chains. Here, cryo-EM and biochemistry show that the human E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its two partner E2s, UBE2C (aka UBCH10) and UBE2S, adopt specialized catalytic architectures for these two distinct forms of polyubiquitination. The APC/C RING constrains UBE2C proximal to a substrate and simultaneously binds a substrate-linked UB to drive processive multiubiquitination. Alternatively, during UB chain elongation, the RING does not bind UBE2S but rather lures an evolving substrate-linked UB to UBE2S positioned through a cullin interaction to generate a Lys11-linked chain. Our findings define mechanisms of APC/C regulation, and establish principles by which specialized E3-E2-substrate-UB architectures control different forms of polyubiquitination.
履歴
登録2016年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Other
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3433
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 1
B: Anaphase-promoting complex subunit 11
C: Cell division cycle protein 23 homolog
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
E: Anaphase-promoting complex subunit 16
F: Cell division cycle protein 27 homolog
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 27 homolog
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
J: Cell division cycle protein 16 homolog
K: Cell division cycle protein 16 homolog
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
P: Cell division cycle protein 23 homolog
R: Fizzy-related protein homolog
S: Ubiquitin_variant-Hsl1(substrate) fusion
T: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
X: Anaphase-promoting complex subunit 7
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,253,35022
ポリマ－1,253,35022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1 / APC1 / Cyclosome subunit 1 / Mitotic checkpoint regulator / Testis-specific gene 24 protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 216725.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / APC15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / APC16 / Cyclosome subunit 16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / APC4 / Cyclosome subunit 4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 93207.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / APC10 / Cyclosome subunit 10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / APC13 / Cyclosome subunit 13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / APC5 / Cyclosome subunit 5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#17: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / APC7 / Cyclosome subunit 7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 63204.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 CPFHJK

#3: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#6: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042

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タンパク質 , 3種, 3分子 RST

#14: タンパク質 Fizzy-related protein homolog / Fzr / CDC20-like protein 1 / Cdh1/Hct1 homolog / hCDH1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54838.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZR1, CDH1, FYR, FZR, KIAA1242 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM11
#15: タンパク質 Ubiquitin_variant-Hsl1(substrate) fusion / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12030.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This construct comprises a Ubiquitin variant(UBV) fused to APC/C substrate Hsl1 residues 818-842
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: UBB, HSL1, YKL101W, YKL453 / 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0CG47, UniProt: P34244, non-specific serine/threonine protein kinase
#16: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / E2 ubiquitin-conjugating enzyme S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-EPF5 / Ubiquitin-protein ligase S / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20519.662 Da / 分子数: 1 / Mutation: C118F, delta 161-201 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This construct as an N-terminal remnant of cleavage site and linker. C95 of this construct is cross-linked to UBv K11C and UB G75C via TMEA.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2S, E2EPF, OK/SW-cl.73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16763, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Multi-protein complex of APC/C, coactivator CDH1, and cross-linked complex comprising UBE2S, Ubiquitin, Ubiquitin_variant-substrate (HSL1) fusion.
タイプ: COMPLEX
詳細: Due to the low resolution of electron density corresponding to the APC11-APC2 catalytic core and cross linked substrate-Ubiquitin variant-UBE2S complex, these regions are included in the ...詳細: Due to the low resolution of electron density corresponding to the APC11-APC2 catalytic core and cross linked substrate-Ubiquitin variant-UBE2S complex, these regions are included in the coordinates as representative of domain-domain interactions, but their precise relative positions are approximate and not definitive.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.28 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12RELION1.2分類
13RELION1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135578 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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