PDB-5l9g: Crystal Structure of the PBP MotA in complex with mannopine from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l9g

タイトル

Crystal Structure of the PBP MotA in complex with mannopine from A. tumefaciens B6

要素

periplasmic binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein ABC transporter

機能・相同性

mannopine / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Marty, L. / Morera, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Dessaux, Y. / Faure, D. / Morera, S.

履歴

登録	2016年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l9g.cif.gz	274.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l9g.ent.gz	221.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l9g_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l9g_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5l9g_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	5l9g_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l9iC 5l9lC 5l9oC 5l9pC 5l9sC 5lomC 6hqhC 4euoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l9l-1 6tg3-3 6tg3-2 4puz-2 4o8m-6 6tg2-2 6tg2-1 5l9i-1 5o26-2 6tg2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: periplasmic binding protein

B: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.220, 71.220, 135.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	periplasmic binding protein 分子量: 38455.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性) 遺伝子: ASB65_13110 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109C781
#2: 化合物	ChemComp-MO0 / mannopine / マンノピン分子量: 310.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₂N₂O₈
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% Peg 4K, 0.2 M CaCl2, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 67490 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.35 Å² / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 9.43
反射シェル	解像度: 1.75→1.96 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EUO

4euo

解像度: 1.75→49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.108 / SU R_free Blow DPI: 0.104 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.104

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	3374	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.178	67470	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9114 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.9114 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8229 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4991	0	94	413	5498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5192	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.96	7033	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1725	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		140	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		741	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5192	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.33
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		669	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6326	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	248	5.01 %
R_work	0.257	4703	-
all	0.257	4951	-
obs	-	-	99.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0937	0.396	-0.1374	0.8332	-0.1872	1.7774	0.314	-0.7323	0.4651	0.0682	-0.18	0.0629	0.0047	0.1039	-0.1341	-0.2839	-0.0827	0.057	-0.085	-0.1508	-0.1761	86.471	23.0705	0.7469
2	0.6705	-0.0448	0.081	1.6103	-0.0343	2.5415	0.0422	0.0485	-0.0582	-0.1544	0.1485	0.2001	0.1842	-0.0981	-0.1907	-0.185	-0.0196	-0.0578	-0.2219	0.0429	-0.1193	117.806	-12.4433	12.6302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|30 - A\|354 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|30 - B\|352 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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