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万見
- PDB-5l8z: Structure of thermostable DNA-binding HU protein from micoplasma ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l8z
タイトルStructure of thermostable DNA-binding HU protein from micoplasma Spiroplasma melliferum
要素DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / thermostable / DNA-binding / HU-protein / Spiroplasma melliferum / histone-like / NAP
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Spiroplasma melliferum KC3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Gorbacheva, M.A. / Rakitina, T.V. / Korzhenevskiy, D.A. / Kamashev, D.E. / Vanyushkina, A.A. / Lipkin, A.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation15-14-00063 ロシア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis of the high thermal stability of the histone-like HU protein from the mollicute Spiroplasma melliferum KC3.
著者: Boyko, K.M. / Rakitina, T.V. / Korzhenevskiy, D.A. / Vlaskina, A.V. / Agapova, Y.K. / Kamashev, D.E. / Kleymenov, S.Y. / Popov, V.O.
履歴
登録2016年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年6月22日ID: 5CVX
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4292
ポリマ－10,4061
非ポリマー231
水2,234124
1
A: DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8584
ポリマ－20,8122
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.000, 39.010, 38.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein


分子量: 10405.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spiroplasma melliferum KC3 (バクテリア)
遺伝子: SPM_000560 / プラスミド: pET-21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037USE5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS, 35% PEG400, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→31.64 Å / Num. obs: 15292 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 54665 / Scaling rejects: 47
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / % possible all: 96.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HUU

1huu


解像度: 1.4→31.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.153 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0722 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 724 4.7 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1815 14567 95.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 48.78 Å2 / Biso mean: 17.707 Å2 / Biso min: 8.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å2-0 Å2-0.19 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→31.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数704 0 1 124 829
Biso mean--17.06 27.26 -
残基数----93
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.019741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2291.956985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80125.45533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05315153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.564153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7081.559376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4092.324467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4181.713365
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 50 -
Rwork0.231 1104 -
all-1154 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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