[日本語] English
万見
- PDB-5l7o: X-ray structure of Triatoma virus empty capsid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7o
タイトルX-ray structure of Triatoma virus empty capsid
要素(Capsid protein) x 3
キーワードVIRUS / Dicistroviridae / RNA release / uncoating / capsid disassembly
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Triatoma virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sanchez-Eugenia, R.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2016
タイトル: X-ray structure of Triatoma virus empty capsid: insights into the mechanism of uncoating and RNA release in dicistroviruses.
著者: Sanchez-Eugenia, R. / Durana, A. / Lopez-Marijuan, I. / Marti, G.A. / Guerin, D.M.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1943
ポリマ－90,1943
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,411,634180
ポリマ－5,411,634180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 451 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,96915
ポリマ－450,96915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 541 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,16318
ポリマ－541,16318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)305.586, 305.586, 796.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.48017, 0.63598, -0.60412), (-0.87537, 0.39161, -0.28351), (0.05627, 0.66496, 0.74476)-106.59795, -66.37648, -37.86388
3generate(0.48005, -0.87546, 0.05582), (0.63715, 0.3917, 0.66378), (-0.60298, -0.28308, 0.74584)-4.89949, 119.00974, -54.87138
4generate(-0.35885, 0.15286, -0.92079), (-0.77892, -0.59261, 0.20519), (-0.51431, 0.79085, 0.33172)-176.95657, 11.66932, -116.35278
5generate(-0.36031, -0.77986, -0.51185), (0.1556, -0.59127, 0.79132), (-0.91976, 0.20548, 0.33438)-114.27019, 126.2333, -126.57966
6generate(0.42838, 0.67332, 0.6026), (0.67332, -0.68261, 0.28406), (0.60261, 0.28405, -0.74578)-23.03971, 149.21181, -114.58199
7generate(0.04632, -0.38384, -0.92224), (0.9019, -0.38084, 0.20381), (-0.42945, -0.84121, 0.32855)-67.93536, 249.60408, 40.52315
8generate(-0.60835, -0.60467, 0.51408), (-0.60924, -0.05934, -0.79076), (0.50865, -0.79426, -0.33229)-64.04205, -50.08199, -53.30259
9generate(-0.49227, 0.70283, -0.51351), (-0.58968, 0.16467, 0.79067), (0.64027, 0.69203, 0.33338)-265.48297, -54.12281, 68.56548
10generate(0.51987, 0.85237, 0.05651), (-0.65518, 0.35541, 0.66666), (0.54816, -0.3836, 0.74322)-151.32704, -74.94608, 129.61537
11generate(0.8554, 0.07765, -0.51212), (0.43373, 0.43309, 0.79013), (0.28315, -0.898, 0.33679)-4.3089, 78.39626, 154.75473
12generate(0.33202, 0.07101, -0.9406), (0.06762, -0.99639, -0.05135), (-0.94085, -0.04656, -0.33562)-63.42841, 188.65059, -75.43155
13generate(0.3129, 0.22947, -0.92165), (-0.12192, 0.97205, 0.20063), (0.94193, 0.04959, 0.33214)-81.29114, -26.34749, 171.662
14generate(-0.88161, -0.37695, -0.28401), (-0.38033, 0.21109, 0.90044), (-0.27947, 0.90186, -0.32947)-240.43364, -31.51826, -58.03983
15generate(0.76808, -0.57456, -0.28272), (0.00854, -0.43228, 0.9017), (-0.64029, -0.69499, -0.32712)28.95652, 84.59862, 28.00809
16generate(-0.10345, -0.32264, -0.94085), (-0.89785, 0.43732, -0.05125), (0.42799, 0.83944, -0.33492)-95.1169, -85.33239, 55.52859
17generate(0.26798, -0.28026, 0.92176), (-0.28524, -0.93694, -0.20195), (0.92023, -0.2088, -0.33102)21.55405, 48.95417, -42.34116
18generate(-0.9872, 0.14948, -0.05564), (0.14842, 0.7332, -0.66362), (-0.0584, -0.66339, -0.746)-161.33823, -10.31573, -131.76878
19generate(-0.35132, 0.93626, -0.00045), (0.93626, 0.35132, 3.0E-5), (0.00019, -0.00041, -1)-136.2807, 111.90674, -169.20938
20generate(0.17659, -0.81786, -0.54764), (-0.81648, -0.43245, 0.38255), (-0.5497, 0.37959, -0.74414)-27.21439, -16.58027, -33.39512

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 29741.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triatoma virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QEY5
#2: タンパク質 Capsid protein


分子量: 28519.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triatoma virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QEY5
#3: タンパク質 Capsid protein


分子量: 31933.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triatoma virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QEY5

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystal were growth at 291.15 K by vapor diffusion in sitting drop plates mixing equal volumes of the capsid solution at 3 mg/mL and of the reservoir solution: 100 mM Tris pH 8.5, 50 mM MgCl2 ...詳細: Crystal were growth at 291.15 K by vapor diffusion in sitting drop plates mixing equal volumes of the capsid solution at 3 mg/mL and of the reservoir solution: 100 mM Tris pH 8.5, 50 mM MgCl2 and 25% pentaerythritol propoxilate 629.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.91 Å / Num. obs: 315756 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 5.17
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 2.2 % / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NAP

3nap


解像度: 3.6→49.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 55.14 / SU ML: 0.693 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26917 6432 2 %RANDOM
Rwork0.26873 ---
obs0.26874 309319 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 113.221 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.6→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5398 0 0 0 5398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.9597585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.719312002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3955682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02823.814236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61315857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9531525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.85811.0052737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.85811.0042736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.33316.4973416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.33216.4993417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.50611.7322812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.50511.7332813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.87517.3494169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.04891.146599
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.04791.156600
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る