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- PDB-5l7a: The crystal structure of the Human SNF5/INI1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7a
タイトルThe crystal structure of the Human SNF5/INI1 domain
要素SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SNF5 INI1 domain crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation / Tat protein binding / XY body / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / host-mediated activation of viral transcription / nucleosome disassembly / germ cell nucleus / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / DNA integration / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / fibrillar center / p53 binding / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Allen, M.D. / Zinzalla, G. / Bycroft, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: The structure of INI1/hSNF5 RPT1 and its interactions with the c-MYC:MAX heterodimer provide insights into the interplay between MYC and the SWI/SNF chromatin remodeling complex.
著者: Sammak, S. / Allen, M.D. / Hamdani, N. / Bycroft, M. / Zinzalla, G.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Structure summary
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
C: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5454
ポリマ－32,5454
非ポリマー00
水2,342130
1
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1361
ポリマ－8,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1361
ポリマ－8,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1361
ポリマ－8,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1361
ポリマ－8,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.619, 73.653, 46.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / BRG1-associated factor 47 / BAF47 / Integrase interactor 1 protein / SNF5 homolog / hSNF5


分子量: 8136.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47, INI1, SNF5L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q12824
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4 M tri-sodium citrate and 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45 Å / Num. obs: 15711 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.438

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2386: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L7B

5l7b


解像度: 2.102→21.419 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 30.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1395 5.11 %
Rwork0.1995 --
obs0.2026 15656 84.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→21.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 0 130 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9182920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2521338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1019-2.17690.37121520.29332391X-RAY DIFFRACTION79
2.1769-2.2640.35621470.25922418X-RAY DIFFRACTION81
2.264-2.36690.27981460.23912504X-RAY DIFFRACTION81
2.3669-2.49150.33791500.23242489X-RAY DIFFRACTION83
2.4915-2.64740.27181210.23212617X-RAY DIFFRACTION84
2.6474-2.85130.32411250.23252635X-RAY DIFFRACTION85
2.8513-3.13750.26841350.21572663X-RAY DIFFRACTION87
3.1375-3.58960.30311380.19212670X-RAY DIFFRACTION87
3.5896-4.51560.19831430.16182730X-RAY DIFFRACTION89
4.5156-21.42020.1981380.16572777X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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