PDB-5l41: Thermolysin in complex with JC148 (MPD cryo protectant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l41

タイトル

Thermolysin in complex with JC148 (MPD cryo protectant)

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Thermodynamic and Kinetic Binding Profiles by Optimizing Surface Water Networks Coating Protein-Bound Ligands.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Betz, M. / Fridh, V. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l41.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l41.ent.gz	165.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l41_validation.pdf.gz	695 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l41_full_validation.pdf.gz	695 KB	表示
XML形式データ	5l41_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5l41_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5js3C 5jssC 5jt9C 5jviC 5jxnC 5l3uC 5l8pC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mwp-d 1pe5-d 5n2z-d 1y3g-d 4n66-d 1fjv-d 3dnz-d 1kro-d 5m9w-d 6yms-d 3fcq-d 3n21-d 4mzn-d 5fsj-d 6ghx-d 1tli-d 6sel-d 3fgd-d 5uub-d 3p7w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.598, 92.598, 130.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-781- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 5種, 442分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-6QC / ~{N}-[(2~{S})-1-[[(2~{R})-2,3-dimethylbutyl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphonamidic acid / JC148 分子量: 441.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₃O₅P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月6日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 91628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.82 % / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 19.76
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 12.39 % / Mean I/σ(I) obs: 4.87 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.25→43.646 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1295	4582	5 %
R_work	0.1069	-	-
obs	0.1081	91628	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2416	0	46	433	2895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2575
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	3519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.232	887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2496-1.2638	0.1652	149	0.1364	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2638-1.2787	0.1522	150	0.1296	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2787-1.2943	0.1554	151	0.1175	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2943-1.3106	0.1551	150	0.1217	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3106-1.3279	0.1375	150	0.1084	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3279-1.3461	0.1405	151	0.1038	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3461-1.3653	0.1304	150	0.0985	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3653-1.3857	0.1334	151	0.0969	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3857-1.4073	0.132	152	0.0994	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4073-1.4304	0.1286	149	0.096	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4304-1.4551	0.1222	152	0.0924	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4551-1.4816	0.1196	150	0.0878	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4816-1.51	0.1088	152	0.0847	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.5409	0.1249	152	0.0821	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5409-1.5744	0.117	151	0.0842	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5744-1.611	0.1102	150	0.0853	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.611-1.6513	0.119	154	0.0831	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6513-1.6959	0.1179	151	0.0878	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6959-1.7458	0.1152	152	0.0892	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7458-1.8022	0.1291	153	0.0926	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8022-1.8666	0.1253	152	0.0983	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8666-1.9413	0.1374	153	0.1002	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9413-2.0297	0.1324	154	0.1019	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0297-2.1367	0.1139	153	0.0981	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1367-2.2706	0.1097	153	0.0987	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2706-2.4459	0.1086	155	0.1011	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4459-2.692	0.1286	156	0.1065	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.692-3.0814	0.1181	157	0.1128	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0814-3.8819	0.1282	160	0.1245	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8819-43.6729	0.1714	169	0.1409	3209	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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