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万見
- PDB-5l2e: Crystal structure of rat Glutamate receptor delta-2 extracellular... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l2e
タイトルCrystal structure of rat Glutamate receptor delta-2 extracellular domain
要素Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2
キーワードPROTEIN BINDING / Synapse Protein / Cell Surface Protein / Glycoprotein / Nervous System
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of postsynaptic density assembly / glutamate receptor activity / positive regulation of synapse assembly / parallel fiber to Purkinje cell synapse / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of neuron projection development / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels ...excitatory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of postsynaptic density assembly / glutamate receptor activity / positive regulation of synapse assembly / parallel fiber to Purkinje cell synapse / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of neuron projection development / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ionotropic glutamate receptor complex / regulation of presynapse assembly / regulation of neuron apoptotic process / prepulse inhibition / somatodendritic compartment / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / protein localization / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / dendritic spine / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, delta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.152 Å
データ登録者Cheng, S. / Ozkan, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Conformational Plasticity in the Transsynaptic Neurexin-Cerebellin-Glutamate Receptor Adhesion Complex.
著者: Cheng, S. / Seven, A.B. / Wang, J. / Skiniotis, G. / Ozkan, E.
履歴
登録2016年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_reflns_twin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_reflns_twin.operator
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2
B: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2
C: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,5013
ポリマ－233,5013
非ポリマー00
水00
1
A: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2

A: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6682
ポリマ－155,6682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_467y-1,x+1,-z+21
Buried area3640 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area58950 Å2
手法PISA
2
B: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2
C: Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6682
ポリマ－155,6682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area58760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.172, 179.172, 214.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, delta-2,Glutamate receptor ionotropic, delta-2 / GluR delta-2 subunit


分子量: 77833.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grid2 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-TN-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q63226
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.6, 1.3 M Ammonium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月19日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.49
反射解像度: 4.15→50 Å / Num. obs: 30494 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rsym value: 0.157 / Net I/av σ(I): 8.9 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 4.15→4.22 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.457 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
HKL-20000.98.712データ削減
PHASER2.7.12位相決定
Coot0.8.3モデル構築
HKL-20000.98.712データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VT3 and 5KC8

2vt3

5kc8


解像度: 4.152→46.583 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.5
詳細: Refined with twin law -h,-k,l and twin fraction of 0.49.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 1994 6.62 %
Rwork0.2112 --
obs0.2176 30109 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.152→46.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15408 0 0 0 15408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61321294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3959426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1566-4.26040.27171230.21361764X-RAY DIFFRACTION82
4.2604-4.37550.26741310.19461970X-RAY DIFFRACTION92
4.3755-4.50420.29581390.1951972X-RAY DIFFRACTION93
4.5042-4.64940.29861400.19362004X-RAY DIFFRACTION93
4.6494-4.81540.23871400.18821998X-RAY DIFFRACTION93
4.8154-5.00790.23131390.18362008X-RAY DIFFRACTION93
5.0079-5.23550.24261410.19192012X-RAY DIFFRACTION93
5.2355-5.5110.23321420.21952012X-RAY DIFFRACTION93
5.511-5.85560.24521440.22862012X-RAY DIFFRACTION93
5.8556-6.30650.28791440.23032035X-RAY DIFFRACTION93
6.3065-6.93890.26751440.22932048X-RAY DIFFRACTION93
6.9389-7.93790.2441420.21552034X-RAY DIFFRACTION93
7.9379-9.98180.23811500.20962088X-RAY DIFFRACTION93
9.9818-44.10030.28191540.27952150X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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