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- PDB-5l0y: Crystal Structure of a Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l0y
タイトルCrystal Structure of a Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
要素
  • PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP
  • Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Protein translocation / TPR / C-terminal Ssa1 peptide / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Hsp70 protein binding / Hsp90 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / protein folding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / ATPase, nucleotide binding domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein 70-like protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Tripathi, A. / Rapoport, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Two alternative binding mechanisms connect the protein translocation Sec71-Sec72 complex with heat shock proteins.
著者: Tripathi, A. / Mandon, E.C. / Gilmore, R. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32019年5月29日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
B: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
C: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
D: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
E: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
F: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
G: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
H: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
I: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP
J: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP
K: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP
L: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP
M: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,47813
ポリマ－149,47813
非ポリマー00
水00
1
A: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
D: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3852
ポリマ－36,3852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
M: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9802
ポリマ－18,9802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
I: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9802
ポリマ－18,9802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
L: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9802
ポリマ－18,9802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
H: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3852
ポリマ－36,3852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
J: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9802
ポリマ－18,9802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein
K: PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9802
ポリマ－18,9802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.504, 118.535, 164.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Sec72-ssa1 c-terminal peptide fusion protein


分子量: 18192.420 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0068610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH41
#2: タンパク質・ペプチド
PRO-THR-VAL-GLU-GLU-VAL-ASP


分子量: 787.811 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYP6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M ammonium citrate pH 7.0, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→164.05 Å / Num. obs: 34691 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L0W

5l0w


解像度: 2.87→96.08 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1747 5.04 %
Rwork0.236 --
obs0.238 34678 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→96.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9720 0 0 0 9720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0613229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9173847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-2.95450.38551430.32292718X-RAY DIFFRACTION100
2.9545-3.04980.4091980.34332751X-RAY DIFFRACTION100
3.0498-3.15880.41131470.33782683X-RAY DIFFRACTION99
3.1588-3.28530.36581470.28552723X-RAY DIFFRACTION99
3.2853-3.43490.32091510.26492708X-RAY DIFFRACTION99
3.4349-3.61590.35681230.26162735X-RAY DIFFRACTION99
3.6159-3.84250.28881530.23252712X-RAY DIFFRACTION99
3.8425-4.13920.26231630.22052714X-RAY DIFFRACTION100
4.1392-4.55570.26171540.20092756X-RAY DIFFRACTION100
4.5557-5.21490.28141570.21942750X-RAY DIFFRACTION99
5.2149-6.570.27461690.23372777X-RAY DIFFRACTION99
6.57-96.13240.19571420.19682904X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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