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万見
- PDB-5ku5: Crystal Structure of CusS Sensor Domain with Silver Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ku5
タイトルCrystal Structure of CusS Sensor Domain with Silver Bound
要素Sensor kinase CusS
キーワードTRANSFERASE / PDC fold / Histidine kinase / Silver binding / Metal efflux system
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to silver ion / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / cellular response to copper ion / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CusS sensor domain / Heavy metal sensor kinase / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / CusS sensor domain / Heavy metal sensor kinase / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / SILVER ION / Sensor histidine kinase CusS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Affandi, T. / Issaian, A.V. / McEvoy, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079192 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Periplasmic Sensor Domain of the Histidine Kinase CusS Shows Unusual Metal Ion Coordination at the Dimeric Interface.
著者: Affandi, T. / Issaian, A.V. / McEvoy, M.M.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor kinase CusS
B: Sensor kinase CusS
C: Sensor kinase CusS
D: Sensor kinase CusS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,40313
ポリマ－67,4814
非ポリマー9229
水3,729207
1
A: Sensor kinase CusS
B: Sensor kinase CusS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1726
ポリマ－33,7402
非ポリマー4314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16580 Å2
手法PISA
2
C: Sensor kinase CusS
D: Sensor kinase CusS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2317
ポリマ－33,7402
非ポリマー4915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.225, 96.289, 203.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質
Sensor kinase CusS


分子量: 16870.213 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 39-187 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: cusS, ybcZ, b0570, JW5082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77485, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris HCl pH 8.5 200 mM Ammonium acetate 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.036 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.036 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→33.29 Å / Num. obs: 38599 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.48 % / Net I/σ(I): 6.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→33.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 8.019 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.229
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 1910 5 %RANDOM
Rwork0.2497 ---
obs0.2515 36652 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.05 Å2 / Biso mean: 34.471 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→33.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4604 0 12 207 4823
Biso mean--37.27 32.66 -
残基数----585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.966458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.848310357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8625591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24524.35223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97315802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0571525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9883.452347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9893.4482345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8125.1662928
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 139 -
Rwork0.355 2747 -
all-2886 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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