PDB-5ksu: Crystal structure of HLA-DQ2.5-CLIP1 at 2.73 resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ksu

タイトル

Crystal structure of HLA-DQ2.5-CLIP1 at 2.73 resolution

要素

HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
MHC class II HLA-DQ-beta-1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA / MHC / DQ2.5 / CLIP / celiac disease

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / T cell selection / negative thymic T cell selection / negative regulation of viral entry into host cell / MHC class II receptor activity / MHC class II protein binding / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive thymic T cell selection / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / vacuole / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of neutrophil chemotaxis / cytokine receptor activity / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / transport vesicle membrane / nitric-oxide synthase binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / cytokine binding / response to type II interferon / antigen processing and presentation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / multivesicular body / lysosomal lumen / trans-Golgi network membrane / negative regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of interleukin-6 production / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / positive regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / late endosome / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / protein stabilization / endosome membrane / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能

MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Nguyen, T.-B. / Jayaraman, P. / Bergseng, E. / Madhusudhan, M.S. / Kim, C.-Y. / Sollid, L.M.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Unraveling the structural basis for the unusually rich association of human leukocyte antigen DQ2.5 with class-II-associated invariant chain peptides.
著者: Nguyen, T.B. / Jayaraman, P. / Bergseng, E. / Madhusudhan, M.S. / Kim, C.Y. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2016年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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ペプシン (Pepsin)
類似性 (1)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

B: MHC class II HLA-DQ-beta-1

C: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

E: MHC class II HLA-DQ-beta-1

F: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

95.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

B: MHC class II HLA-DQ-beta-1

C: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

E: MHC class II HLA-DQ-beta-1

F: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.860, 69.210, 146.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1 分子量: 22423.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質	MHC class II HLA-DQ-beta-1 分子量: 23784.760 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O19712, UniProt: Q5Y7D3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	HLA class II histocompatibility antigen gamma chain 分子量: 1676.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P04233*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, ammonium sulphate, sodium cacodylate, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→39.26 Å / Num. obs: 30494 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.73→2.8 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.998 / Num. measured obs: 2060 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1137	精密化
HKL-2000		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S9V

1s9v

解像度: 2.73→39.164 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2491	1525	5 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1931	30478	93.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→39.164 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6023	0	0	116	6139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	8411
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.358	2239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	945
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7299-2.818	0.3826	126	0.3161	2383	X-RAY DIFFRACTION	85
2.818-2.9187	0.3214	137	0.2737	2616	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9187-3.0355	0.353	142	0.2622	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0355-3.1736	0.3073	143	0.2379	2719	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1736-3.3408	0.2892	142	0.2195	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3408-3.55	0.2865	140	0.1993	2644	X-RAY DIFFRACTION	95
3.55-3.8239	0.2522	139	0.1893	2649	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8239-4.2083	0.2503	127	0.174	2417	X-RAY DIFFRACTION	86
4.2083-4.8163	0.1845	144	0.1327	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8163-6.0644	0.2095	144	0.1536	2724	X-RAY DIFFRACTION	96
6.0644-39.1682	0.2175	141	0.1971	2677	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8664	0.7643	-4.5074	1.9673	-2.4442	8.3586	0.2227	0.7847	-0.9414	-0.2307	-0.1843	-0.2594	0.5303	0.3205	-0.0603	0.3164	0.0932	0.0277	0.294	-0.0635	0.3288	-4.5601	14.2045	43.172
2	3.6795	1.5066	0.9322	2.8348	0.327	1.7684	-0.04	-0.4806	-0.1888	0.0079	-0.0585	0.179	-0.0243	0.007	0.0918	0.1728	0.0638	0.025	0.1978	-0.0136	0.1751	-14.4808	9.3201	58.0412
3	1.3819	0.289	0.6714	1.6655	0.7986	0.9765	-0.2507	-0.4649	0.133	0.2921	0.1458	-0.0042	-0.1925	0.0271	-0.124	0.181	0.289	0.0517	0.4096	-0.3043	0.2799	-5.6974	18.6166	62.2607
4	7.0814	4.9645	4.0363	5.587	5.1749	5.0286	-0.2523	-0.185	0.4701	-0.2015	-0.0252	0.9696	-0.6412	-0.9558	0.4634	0.3453	0.0971	-0.0434	0.3737	-0.0058	0.316	-27.2055	10.868	51.5498
5	4.9019	-0.7594	5.1428	4.4455	-4.7838	9.1699	0.614	0.7258	-0.603	-0.1634	0.2804	0.2654	0.2713	-0.0361	-0.853	0.3793	0.1051	-0.1468	0.4725	-0.1536	0.5758	-22.3319	-6.3798	44.2281
6	3.3375	-1.6608	-0.6828	4.9253	-1.6423	1.9075	-0.3463	-0.0179	0.2021	0.1972	-0.158	-0.2081	-0.0608	0.7465	0.2713	0.1753	0.0939	0.0739	0.4008	0.1164	0.2254	7.3019	-6.6024	60.3474
7	2.1531	-0.1647	0.5804	0.6521	0.0545	0.3351	0.0652	-0.3303	-0.3484	-0.0803	0.1027	0.0172	0.1984	-0.3164	-0.2068	0.2677	0.0734	0.0069	0.2622	0.0674	0.3276	-6.1671	-6.3778	58.1298
8	7.63	-4.6622	-2.197	3.2428	0.5818	4.1058	0.0211	-0.8371	-1.6425	1.1812	0.3629	0.2581	0.9665	0.3824	-0.3293	0.6676	-0.089	-0.1404	0.434	0.1279	0.5447	-4.4658	-9.2946	69.4833
9	1.9456	-1.3375	1.1871	1.2312	-0.2795	2.2643	0.0104	-0.2014	-0.3862	-0.1446	-0.2882	0.0457	0.6413	-0.417	-0.1927	0.3001	-0.0171	0.0253	0.2429	0.1633	0.2924	-3.9841	-5.1415	58.5915
10	6.5648	-1.9698	1.9316	3.1276	-0.9311	2.3583	0.297	0.3464	-1.3573	-0.0069	-0.0827	0.0793	0.7857	0.271	-0.1767	0.4594	0.1805	-0.093	0.428	-0.0217	0.7052	-4.831	-14.8276	56.6784
11	1.981	-0.8518	0.4528	0.8462	-0.3097	2.3124	0.1182	-0.1745	-0.2703	-0.2618	-0.0186	-0.0151	0.1454	-0.2159	-0.1591	0.2468	0.1298	-0.0233	0.3722	-0.0061	0.2003	-16.7896	6.9092	46.4883
12	1.6015	0.0893	0.9776	4.4389	-0.4316	2.071	-0.0425	0.0577	0.3004	0.2123	-0.327	-0.3441	-0.3309	0.2073	-0.3621	0.238	0.1819	0.014	0.3113	-0.0511	0.1505	-10.2574	16.67	40.6104
13	2.6233	-0.1484	0.3064	5.2414	-1.4681	2.9903	0.2735	0.64	-0.1658	-0.3499	-0.359	0.3775	-0.0105	-0.0646	0.0526	0.4372	0.2381	-0.0532	0.4834	-0.0377	0.27	-18.9883	12.5563	36.2933
14	1.1134	1.609	0.2445	2.3873	-0.1092	3.198	0.0969	0.1147	-0.3989	0.3743	0.2778	0.021	-0.394	-0.9001	-0.2748	0.3716	0.1195	-0.0952	0.6033	-0.0491	0.3111	-28.7786	14.8582	36.1497
15	8.6993	-0.385	4.742	0.3012	-0.8455	4.0035	-0.2358	-0.3967	0.9676	0.0782	0.0821	0.1846	-0.846	-0.6751	0.0722	0.4959	0.1549	-0.0186	0.2784	-0.0448	0.4667	-20.0345	26.4585	42.3321
16	2.7275	-2.4129	0.7541	2.7939	-0.4179	1.2644	-0.1793	0.1892	0.3686	0.3433	-0.0263	-0.3917	-0.1721	0.3978	0.0688	0.3557	0.0533	0.0427	0.0083	0.0474	0.2523	8.7831	10.3197	53.7618
17	5.7163	-4.3025	-5.3503	3.3929	4.0349	5.03	0.7353	1.1071	0.5512	-0.8052	-0.3581	-0.3605	-0.3947	0.0223	-0.3762	0.3311	-0.0105	0.0386	0.4806	-0.0255	0.3299	18.5549	4.6299	47.2299
18	2.0728	-0.2632	-0.4906	1.088	0.1186	0.6597	0.2795	0.4117	-0.3258	-0.1315	-0.3819	0.0357	0.1145	0.4475	-0.0333	0.2347	0.1905	-0.0329	0.4838	0.0206	0.2099	14.204	-0.8961	48.3962
19	2.9998	-2.9274	-1.5715	3.3943	2.0825	1.5501	0.4051	0.2796	0.517	-0.2984	-0.0625	-0.7841	0.045	0.7716	0.2823	0.2517	0.5193	0.1269	0.6401	-0.0885	0.5479	29.4948	-4.5459	49.4236
20	9.5649	-5.131	2.0563	8.7319	-2.5873	4.8671	0.1037	0.3098	1.0446	0.6061	0.0734	-1.1302	-0.068	0.3116	-0.252	0.2597	0.0138	0.0039	0.4024	-0.1264	0.4326	24.068	5.7593	54.1086
21	1.6975	-0.4167	-0.3776	1.924	0.2999	0.9316	-0.0296	-0.1165	0.383	0.4781	0.1898	0.202	-0.0741	-0.1523	0.6211	0.4159	0.4144	0.024	0.4488	-0.2307	0.2571	-18.3953	21.3667	52.0284
22	2.6233	-0.3844	-0.1255	2.1646	-1.9136	3.4763	-0.0184	-0.1672	-0.0345	0.3037	0.2467	-0.2737	0.057	-0.1181	-0.2379	0.1886	0.0481	-0.0195	0.2736	-0.0022	0.1759	3.1498	-9.7664	23.8086
23	5.2538	-1.2194	1.1453	2.8657	-1.1435	4.0051	0.2626	0.1013	-0.6998	-0.2889	0.1553	0.1139	0.5514	0.0107	0.0629	0.4413	0.1672	0.0191	0.5754	-0.0343	0.1677	0.6862	-13.3247	13.2379
24	1.7131	-0.6707	1.749	1.5228	-2.9781	5.9884	0.2541	0.4582	-0.1418	-0.6873	-0.2244	0.0422	0.7842	0.3843	-0.3339	0.3333	-0.008	-0.0198	0.8626	0.0203	0.1407	3.6035	-8.6716	4.7327
25	3.9394	0.2861	0.5157	1.4294	0.4337	1.6015	0.6834	-0.4409	-0.4621	0.0553	0.0271	-0.1454	0.7852	0.3208	-0.003	0.5182	0.2224	-0.0794	0.475	0.0074	0.3359	7.8783	-20.7549	28.9759
26	2.8828	0.3325	-1.6001	5.9938	-1.0385	1.01	-0.2243	0.6106	0.1919	-0.5836	-0.1288	0.7825	-0.0101	-0.762	0.3616	0.3227	-0.0817	-0.045	0.6997	-0.0354	0.4493	-24.2763	-7.0388	17.3645
27	1.1148	-1.4847	0.2276	2.104	-0.8482	1.7085	-0.0595	0.0051	-0.5272	0.2205	0.0379	0.5515	0.1256	-0.7081	0.0183	0.2787	-0.0925	0.099	0.6742	0.0804	0.3722	-15.2738	-15.8403	22.764
28	4.6872	2.3019	-5.3858	6.6274	-2.1475	6.2351	-0.2909	0.6025	-1.4209	-0.3751	0.6432	0.4623	0.8732	-1.8361	-0.0429	0.5125	-0.1145	-0.1753	1.0272	0.0747	0.7551	-22.0448	-22.0186	15.3063
29	3.2085	0.6018	1.9596	0.1613	0.1547	2.1454	0.2803	-0.5358	-0.2149	0.1171	0.0834	-0.2321	0.4263	0.3218	-0.1674	0.4597	0.2106	-0.0211	0.4022	-0.0728	0.2191	-3.8794	-10.8001	25.982
30	4.1272	-0.4247	-0.6384	1.8207	0.6754	0.4432	0.494	-0.0956	-1.1816	0.0955	-0.3906	0.6632	0.4726	-1.1599	-0.1485	0.4044	-0.1407	0.0186	0.8738	0.0178	0.5656	-23.36	-16.1147	18.0403
31	7.2297	-1.9178	1.9571	2.9738	-0.5232	3.061	0.2625	-0.1725	-0.509	0.2889	0.2283	1.1722	0.0729	-0.774	-0.4344	0.4315	-0.109	0.1235	1.3202	0.092	0.6666	-22.0372	-17.4742	28.1577
32	2.4909	-0.3574	0.7182	3.4451	0.168	1.2495	0.0481	-0.152	-0.2651	0.5849	0.1715	0.0503	0.1377	0.1096	-0.2679	0.3075	0.1426	-0.0299	0.4653	-0.0355	0.1524	4.3952	-12.193	27.5545
33	1.73	0.1929	-0.618	6.1573	-4.3019	6.9522	-0.1454	0.2914	0.2092	0.0667	0.2136	0.209	-0.5233	0.006	0.085	0.2107	0.0739	-0.0271	0.5943	-0.0672	0.3029	9.5686	-0.4433	25.1588
34	3.1509	1.1318	-0.266	2.6593	-0.8998	2.9182	0.0771	0.0379	-0.1983	0.3	0.085	-0.1144	0.0036	0.2817	-0.1375	0.284	0.1341	-0.0123	0.4914	0.0079	0.2105	16.3046	-8.4391	33.4902
35	7.5884	-2.7488	3.3412	4.3283	-2.8744	5.9258	0.548	0.3816	0.2458	-0.4393	0.0062	-0.1804	0.1084	0.8772	-0.3464	0.3503	0.1526	0.0324	0.8486	-0.034	0.247	22.1916	-4.2653	21.0038
36	6.0116	-2.5294	-0.5866	6.6152	-0.5437	2.1402	0.0809	0.0254	0.676	-0.4544	0.1526	0.1022	-0.1598	0.1657	-0.2317	0.297	-0.1165	0.0432	0.5768	0.0659	0.2384	8.636	1.7283	10.6045
37	7.6182	-0.4737	-1.1584	1.6444	0.9693	1.1472	0.1169	0.4766	0.4058	-0.2908	-0.1149	-0.0954	-0.5979	0.0904	0.1624	0.4035	0.1996	-0.0088	0.6372	0.0953	0.2045	-7.0229	4.4201	7.8461
38	3.3694	-1.4142	-1.7439	1.0075	1.1004	2.1597	0.0581	0.0408	0.1427	-0.153	-0.1029	0.0713	-0.0183	-0.4489	0.06	0.3854	0.2406	-0.0417	0.6962	-0.0586	0.2165	-23.1697	8.6458	17.2361
39	5.8341	-0.4409	4.9787	0.6651	-0.5444	4.2948	-0.5501	0.0475	0.39	0.2202	0.1539	0.219	-1.214	-0.3978	0.3798	0.5542	0.1603	-0.0797	0.6721	0.0254	0.3251	-26.7968	17.6932	23.9598
40	4.0298	-1.2642	0.3622	1.9538	-0.2992	0.7557	-0.2989	0.403	-0.0855	-0.2776	-0.1518	0.155	-0.3423	-0.6279	-0.3107	0.3441	0.2523	-0.1532	0.8054	-0.0819	0.1612	-24.0988	6.1698	19.8431
41	2.6974	-2.5403	-0.2531	2.9133	0.6478	0.366	0.2408	0.3797	0.6837	-0.0183	-0.0143	-0.3471	-0.3566	-0.4438	0.0401	0.532	0.3016	-0.0738	0.867	0.0204	0.261	-23.0775	14.0637	11.6648
42	1.5631	0.5226	-1.5265	1.0795	0.5582	2.7427	-0.0898	0.2746	-0.0008	0.0299	0.2599	-0.3098	0.0549	0.3958	-0.1741	0.2005	0.124	0.1286	0.6836	-0.1256	0.1809	14.4865	-10.7696	15.604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 9A)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 76 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 88 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 102 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 124 through 134 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 135 through 166 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 167 through 181 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 18 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 19 through 32 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 33 through 51 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 52 through 63 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 64 through 78 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 79 through 122 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 123 through 133 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 134 through 162 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 163 through 176 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 177 through 190 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid -3 through 10 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 0 through 18 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 19 through 45 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 46 through 55 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 56 through 87 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 88 through 101 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 102 through 123 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 124 through 134 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 135 through 146 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 147 through 166 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 167 through 181 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 3 through 18 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 19 through 32 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 33 through 64 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 65 through 77 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 78 through 88 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 89 through 97 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 98 through 133 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 134 through 144 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 145 through 170 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 171 through 189 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid -3 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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