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- PDB-5krq: Renalase in complex with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5krq
タイトルRenalase in complex with NADPH
要素Renalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Renalase / substrate binding / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


renalase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / FAD binding / NAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Bacterial renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NDP / Renalase / Renalase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.086 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Moran, G.R. / Roman, J.V.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1402475 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1403293 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1157392 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K02 AI093675 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2016
タイトル: Ligand binding phenomena that pertain to the metabolic function of renalase.
著者: Beaupre, B.A. / Roman, J.V. / Hoag, M.R. / Meneely, K.M. / Silvaggi, N.R. / Lamb, A.L. / Moran, G.R.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renalase
B: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7716
ポリマ－73,7092
非ポリマー3,0624
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.445, 71.046, 74.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Renalase


分子量: 36854.434 Da / 分子数: 2 / 変異: G145S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
遺伝子: ALO55_03823 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P9WWR6, UniProt: Q48MT7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月18日
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.086→46.02 Å / Num. obs: 37538 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.21
反射 シェル解像度: 2.086→2.161 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / CC1/2: 0.888 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2328: ???)精密化
HKL-2000712データ削減
SCALEPACK712データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KKJ

3kkj


解像度: 2.086→46.02 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 1860 5 %Random selection
Rwork0.1568 ---
obs0.1591 37198 98.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.086→46.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4922 0 172 279 5373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2257169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7313003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0861-2.16070.28711600.1963037X-RAY DIFFRACTION85
2.1607-2.24720.22861850.17993499X-RAY DIFFRACTION98
2.2472-2.34940.23971880.16783590X-RAY DIFFRACTION100
2.3494-2.47330.23481880.16763564X-RAY DIFFRACTION100
2.4733-2.62820.24471880.16893587X-RAY DIFFRACTION100
2.6282-2.83110.23971890.17633581X-RAY DIFFRACTION100
2.8311-3.1160.21921890.17263578X-RAY DIFFRACTION100
3.116-3.56670.18321900.1523626X-RAY DIFFRACTION100
3.5667-4.49310.16681900.12513608X-RAY DIFFRACTION100
4.4931-46.03380.17021930.14923668X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57530.0318-1.30511.1239-0.15595.0869-0.0099-0.04850.14160.01640.0344-0.0404-0.10560.23-0.03640.1303-0.0136-0.04620.13130.0040.18499.70438.0455-4.9809
22.2974-0.514-1.67881.3851-0.2253.9527-0.165-0.3876-0.31950.06910.10730.09870.25520.5480.06640.21920.037-0.04120.29390.04690.22648.84993.402612.0355
33.55881.54722.38785.51353.1416.3767-0.12540.34480.0357-0.50460.0502-0.0201-0.47710.1484-0.03310.1695-0.0466-0.01650.2040.0910.14996.894711.0523-20.5556
40.4746-0.3416-0.47250.63340.83063.2782-0.0613-0.0408-0.00750.022-0.06480.0246-0.110.07720.11520.1130.0041-0.02010.13360.03860.1687-1.4098.28922.8033
54.8042-1.40951.66775.33692.00196.15860.03680.0609-0.4008-0.0698-0.18180.183-0.2611-0.24170.14180.1331-0.04280.03190.20190.020.174-15.177310.53259.1573
61.0163-0.5019-0.95591.03851.62062.5676-0.1675-0.1483-0.15760.19590.00070.22980.22950.06690.13460.22940.0250.01580.21380.05780.1753-5.32627.61666.3091
74.05490.558-0.65693.2610.1665.5497-0.0520.1416-0.22570.01290.0214-0.28740.27760.2250.08860.15330.0485-0.00690.13650.00360.21510.0122-3.4353-11.2257
81.5062-0.0609-1.05680.51680.29363.54170.05610.38470.124-0.10520.03960.1021-0.1695-0.4358-0.06180.19790.0546-0.02620.27850.05560.2653-21.624410.8317-38.1076
94.2243-0.70220.7936.4323-1.81386.30480.0961-0.51460.23580.45080.0018-0.006-0.19140.1046-0.16670.18340.01450.02880.2014-0.08960.1681-18.790613.5698-12.9069
101.71940.2785-1.26270.4539-0.41552.6190.05970.13760.1999-0.0510.030.0432-0.1878-0.0641-0.03830.15120.02-0.02060.16130.01380.1883-6.97669.9846-37.4786
113.47850.788-2.81161.2658-0.88774.3228-0.08510.114-0.1256-0.04290.00450.0640.1773-0.06730.11030.15580.01-0.05370.15240.00990.206-17.60774.1596-29.951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 117 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 142 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 143 through 233 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 234 through 260 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 261 through 289 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 290 through 328 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 117 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 142 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 143 through 260 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 261 through 330 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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