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- PDB-5krd: Crystal structure of haliscomenobacter hydrossis iodotyrosine dei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5krd
タイトルCrystal structure of haliscomenobacter hydrossis iodotyrosine deiodinase (IYD) bound to FMN and 2-iodophenol (2IP)
要素Nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iodanylphenol / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Iodotyrosine deiodinase
類似検索 - 構成要素
生物種Haliscomenobacter hydrossis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Ingavat, N. / Kavran, J.M. / Sun, Z. / Rokita, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Active Site Binding Is Not Sufficient for Reductive Deiodination by Iodotyrosine Deiodinase.
著者: Ingavat, N. / Kavran, J.M. / Sun, Z. / Rokita, S.E.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年3月8日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase
B: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6856
ポリマ－52,3322
非ポリマー1,3534
水2,270126
1
A: Nitroreductase
ヘテロ分子

A: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6856
ポリマ－52,3322
非ポリマー1,3534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
2
B: Nitroreductase
ヘテロ分子

B: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6856
ポリマ－52,3322
非ポリマー1,3534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area11370 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.049, 155.049, 89.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

21B-415-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitroreductase


分子量: 26165.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliscomenobacter hydrossis (strain ATCC 27775 / DSM 1100 / LMG 10767 / O) (バクテリア)
株: ATCC 27775 / DSM 1100 / LMG 10767 / O / 遺伝子: Halhy_2296
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F4KU78
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-6X8 / 2-iodanylphenol / 2-ヨ-ドフェノ-ル


分子量: 220.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5IO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 9, 200 mM MgCl2, 2 mM 2-iodophenol, 17% (w/v) PEG 8000, 17% glycerol and 10% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 36524 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GB5

3gb5


解像度: 2.103→19.994 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 1821 5 %
Rwork0.1767 --
obs0.179 36430 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→19.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 0 78 126 3418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3864625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4861249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1027-2.15950.35751350.31892544X-RAY DIFFRACTION96
2.1595-2.2230.3371350.292646X-RAY DIFFRACTION100
2.223-2.29460.28651380.25442656X-RAY DIFFRACTION100
2.2946-2.37650.27141330.24182659X-RAY DIFFRACTION100
2.3765-2.47150.27951430.22992663X-RAY DIFFRACTION100
2.4715-2.58380.2781470.22032549X-RAY DIFFRACTION96
2.5838-2.71970.2281350.19992679X-RAY DIFFRACTION100
2.7197-2.88960.24541390.18792691X-RAY DIFFRACTION100
2.8896-3.1120.25421230.18452702X-RAY DIFFRACTION100
3.112-3.42370.20851280.17872623X-RAY DIFFRACTION96
3.4237-3.91590.20431580.15582701X-RAY DIFFRACTION100
3.9159-4.92140.18321540.1442652X-RAY DIFFRACTION96
4.9214-19.99460.20471530.15642844X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -50.0449 Å / Origin y: -31.2175 Å / Origin z: 7.5743 Å
111213212223313233
T0.408 Å20.0049 Å2-0.016 Å2-0.3934 Å20.0054 Å2--0.3807 Å2
L2.5402 °2-0.6032 °20.7445 °2-0.2235 °2-0.1204 °2--0.443 °2
S-0.0943 Å °-0.0504 Å °0.2172 Å °0.027 Å °0.0023 Å °-0.0675 Å °0.0091 Å °0.0963 Å °0.1061 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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