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- PDB-5koj: Nitrogenase MoFeP protein in the IDS oxidized state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5koj
タイトルNitrogenase MoFeP protein in the IDS oxidized state
要素
  • Nitrogenase FeMo beta subunit protein NifK
  • Nitrogenase protein alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / electron transfer / P-cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / : / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / : / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / Nitrogenase protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconacetobacter diazotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.592 Å
データ登録者Owens, C.P. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Tyrosine-Coordinated P-Cluster in G. diazotrophicus Nitrogenase: Evidence for the Importance of O-Based Ligands in Conformationally Gated Electron Transfer.
著者: Owens, C.P. / Katz, F.E. / Carter, C.H. / Oswald, V.F. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase protein alpha chain
B: Nitrogenase FeMo beta subunit protein NifK
C: Nitrogenase protein alpha chain
D: Nitrogenase FeMo beta subunit protein NifK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,82112
ポリマ－226,3804
非ポリマー3,4418
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30350 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area58480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.569, 201.569, 132.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-681-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPTRPTRPAA6 - 4956 - 495
21ASPASPTRPTRPCC6 - 4956 - 495
12PROPROARGARGBB2 - 5112 - 511
22PROPROARGARGDD2 - 5112 - 511

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase protein alpha chain


分子量: 56095.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gluconacetobacter diazotrophicus (strain ATCC 49037 / DSM 5601 / PAl5) (バクテリア)
株: ATCC 49037 / DSM 5601 / PAl5 / 参照: UniProt: A9H5W5, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase FeMo beta subunit protein NifK / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain


分子量: 57094.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gluconacetobacter diazotrophicus (strain ATCC 49037 / DSM 5601 / PAl5) (バクテリア)
株: ATCC 49037 / DSM 5601 / PAl5 / 参照: UniProt: A9H5W8, nitrogenase

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非ポリマー , 5種, 366分子

#3: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#4: 化合物 ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS9
#5: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50% MPD , 300 mM NaCl, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.5, 1 mM Spermine, and 0.43 mM Indigo Carmine

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.592→39.59 Å / Num. obs: 79965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.5 % / Biso Wilson estimate: 37.65 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.411 / Rsym value: 0.4206 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.592→2.684 Å / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 1.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / CC1/2: 0.548 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化解像度: 2.592→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.973 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20805 4244 5 %RANDOM
Rwork0.16798 ---
obs0.16999 79965 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.592→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15616 0 96 358 16070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01916184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0214971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.98122374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.612334509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48351975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66123.842760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.698152671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7461598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02118259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6773.8447918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6773.8447917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0345.7649887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0345.7649888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.534.1628266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.534.1628267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5096.09712001
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.99230.61218696
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.9930.61718648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A599200.07
12C599200.07
21B612680.06
22D612680.06
LS精密化 シェル解像度: 2.592→2.659 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 304 -
Rwork0.306 5520 -
obs--94.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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