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- PDB-5ko9: Crystal Structure of the SRAP Domain of Human HMCES Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ko9
タイトルCrystal Structure of the SRAP Domain of Human HMCES Protein
要素Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SRAP Domain / DNA-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / DNA-(abasic site) binding / positive regulation of isotype switching / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / replication fork ...protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / DNA-(abasic site) binding / positive regulation of isotype switching / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / replication fork / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Abasic site processing protein HMCES
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Halabelian, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of HMCES interactions with abasic DNA and multivalent substrate recognition.
著者: Halabelian, L. / Ravichandran, M. / Li, Y. / Zeng, H. / Rao, A. / Aravind, L. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2016年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,80345
ポリマ－31,8031
非ポリマー044
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.102, 44.745, 82.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein / ES cell-specific 5hmC-binding protein / Putative peptidase SRAPD1 / SRAP domain-containing protein 1


分子量: 31802.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMCES, C3orf37, DC12, SRAPD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96FZ2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 44 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M BTP, 2% Tacsimate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.37 Å / Num. obs: 43639 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.533.40.6791.90.667193.2
8.22-48.373.70.02649.80.999198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F20, 2BDV, 2ICU, 1ZN6

2f20

2bdv

2icu

1zn6


解像度: 1.5→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.549 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 2132 4.9 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.1831 41504 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.46 Å2 / Biso mean: 24.169 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å20.93 Å2
2---0.61 Å2-0 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 44 186 2216
Biso mean--35.67 31.48 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.9422917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97134462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35722.843102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56915340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0391521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5742.3681040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5722.3651039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.473.5431305
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 151 -
Rwork0.284 2976 -
all-3127 -
obs--93.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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