PDB-5knc: Crystal structure of the 3 ADP-bound V1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5knc

タイトル

Crystal structure of the 3 ADP-bound V1 complex

要素

(V-type sodium ATPase subunit ...) x 3
V-type sodium ATPase catalytic subunit A

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

P-loop (Walkerモチーフ) / Na(+)-ATPase /

ATP Binding (アデノシン三リン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...
類似検索 - 分子機能

ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 /

ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 /

ATPase, V1 complex, subunit D /

ATPase, V1 complex, subunit F /

ATPase, V1 complex, subunit F superfamily /

ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.015 Å

データ登録者

Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the ATP-binding and ADP-release dwells of the V1 rotary motor
著者: Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Yamato, I. / Murata, T.

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5knc.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5knc.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5knc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5knbSC 5kndC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vr6-d 3vr5-d 3vr4-d 5knd-d 3a5d-2 3a5c-1 3w3a-2 3w3a-1 3a5c-2 5knb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (19) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (12) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

G: V-type sodium ATPase subunit D

H: V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)

ヘテロ分子

395 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.680, 126.490, 225.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A 分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

#1: タンパク質

V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A

分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

#2: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B 分子量: 51720.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637
#3: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit D / Na(+)-translocating ATPase subunit D / V-type sodium pump subunit D 分子量: 25119.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43435
#4: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) / V-type sodium ATPase subunit G / Na(+)-translocating ATPase subunit G / V-type sodium pump subunit G 分子量: 12689.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43455

-
非ポリマー , 5種, 93分子

#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, sodium fluoride, Bis-tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月15日
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: k,h,-l / Fraction: 0.06
反射	解像度: 3.015→50 Å / Num. obs: 67952 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.08
反射シェル	解像度: 3.02→3.21 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KNB

5knb

解像度: 3.015→48.372 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2532	3421	4.98 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.216	65266	99.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.015→48.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26532	0	173	72	26777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	27160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.66	36748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.843	10232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	4164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0152-3.0582	0.3885	103	0.3481	2204	X-RAY DIFFRACTION	82
3.0582-3.1039	0.3176	143	0.3057	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1039-3.1524	0.3503	143	0.3111	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1524-3.204	0.3145	142	0.2994	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.204-3.2593	0.3323	142	0.2939	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2593-3.3185	0.3325	144	0.2845	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3185-3.3823	0.3647	142	0.2716	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3823-3.4514	0.2723	142	0.259	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4514-3.5264	0.2862	144	0.2417	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5264-3.6084	0.2904	143	0.2357	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6084-3.6986	0.2497	142	0.22	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6986-3.7986	0.2481	143	0.2198	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7986-3.9103	0.2529	144	0.2151	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9103-4.0364	0.2465	143	0.2023	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0364-4.1806	0.2381	144	0.1886	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1806-4.3479	0.2314	144	0.181	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3479-4.5457	0.2045	144	0.1738	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5457-4.7851	0.2036	144	0.176	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7851-5.0846	0.221	145	0.1802	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0846-5.4767	0.277	145	0.2067	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4767-6.0269	0.2806	146	0.2224	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0269-6.8969	0.2468	147	0.2139	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8969-8.6811	0.2115	148	0.1775	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6811-48.3785	0.1871	154	0.1644	2913	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.1327	-0.1301	0.1793	0.5033	0.3063	0.274	-0.2029	-0.0566	-0.1924	0.4839	0.0528	0.3285	0.4185	0.0018	-0.2669	0.7662	0.021	0.213	0.3406	0.0323	0.4168	23.0023	-29.7092	2.9892
2	1.0102	-0.2389	0.0515	1.0735	-0.2975	0.9787	-0.1223	0.1638	0.0841	0.1984	-0.0526	0.0391	0.2989	-0.0342	-0.0224	0.5403	0.0024	0.0891	0.3348	0.0172	0.3464	29.7941	-26.7392	-6.5009
3	1.141	-0.5422	-1.0272	1.2797	0.2117	0.8922	-0.1741	0.02	0.1434	0.028	0.0983	-0.3381	0.2311	0.0519	-0	0.3598	0.0281	-0.0384	0.3766	0.0377	0.3927	56.8908	-27.2561	-24.2313
4	0.5135	0.2059	-0.0517	0.6311	-0.0428	0.5697	0.1749	-0.1633	0.0798	0.281	-0.0178	0.0521	-0.1057	0.0077	0.0152	0.312	-0.0593	0.081	0.3765	-0.1284	0.3843	27.4601	34.3473	2.8449
5	0.572	-0.1842	-0.1751	0.7413	0.0195	-0.1563	0.0958	-0.0247	0.1607	0.0168	-0.0025	0.1257	-0.0464	-0.0161	0.0353	0.2462	-0.0105	0.0683	0.2359	-0.057	0.2948	34.7801	42.9216	-12.5605
6	0.1678	0.0457	-0.014	0.0912	0.2004	0.4806	-0.0053	-0.064	0.1212	-0.249	-0.3092	-0.3513	-0.2444	-0.0959	-0.0003	0.3167	-0.0497	0.0481	0.4744	-0.0319	0.5198	48.2011	33.819	-9.1871
7	0.9389	-0.1353	-0.673	0.6447	0.1892	0.8759	-0.0133	0.0295	0.0601	-0.1759	-0.0135	-0.0804	0.0174	0.0354	0.0054	0.2143	-0.0145	0.0404	0.2016	0.0056	0.2275	47.9844	26.9434	-28.2494
8	-0.102	-0.0425	0.4863	0.6021	1.5248	-0.5619	0.1718	0.1948	0.0415	0.1359	-0.2374	0.6379	-0.4901	-0.1027	0.0897	0.1999	0.1132	-0.2409	0.7723	-0.2472	0.8006	-19.4788	6.6507	-41.3007
9	0.5309	-0.0197	-0.2969	0.7663	0.4895	0.5456	-0.0415	0.1826	-0.0921	-0.2634	-0.0478	0.1956	-0.1133	-0.1	-0.3968	0.3904	0.0011	-0.1435	0.4663	-0.0731	0.3443	11.5079	-3.171	-55.7679
10	0.2661	0.0054	0.2173	0.2682	-0.2651	0.1732	-0.2231	-0.0294	-0.2952	0.0457	-0.0305	0.0507	-0.1104	-0.2676	-0.0008	0.597	-0.0522	0.1439	0.6401	-0.2231	0.85	-11.4955	-13.4893	-17.1779
11	0.1506	0.0548	-0.1716	0.0612	0.0739	0.0541	-0.0423	0.3915	-0.4484	0.4047	-0.2385	0.7542	-0.2485	-0.6124	0.0092	0.5681	-0.214	0.0452	0.5812	-0.2937	0.8525	-7.5342	-32.0025	-32.8151
12	-0.0573	-0.0156	0.0896	0.2732	0.0354	0.1605	-0.2393	0.4845	-0.1889	0.2097	-0.0841	-0.1253	0.182	-0.118	-0	0.6674	-0.0705	0.1571	0.5292	-0.1177	0.6737	9.7441	-35.3263	-18.2368
13	0.1449	-0.041	-0.0451	-0.0133	0.1337	0.0273	0.0715	-0.1717	-0.1031	0.1667	0.0038	-0.3377	-0.0879	0.1529	-0	0.4675	-0.0422	0.0073	0.3058	-0.079	0.4513	21.403	-36.5999	-36.8905
14	0.3742	0.273	-0.1774	0.1104	0.2228	0.4584	-0.0518	0.3828	-0.1098	-0.2138	-0.0788	0.3287	-0.0244	-0.1515	-0.0037	0.3697	-0.065	0.0742	0.5732	-0.1606	0.4739	8.1845	-29.5018	-42.1722
15	-0.0507	0.3986	-0.432	0.0972	-0.1398	0.5892	0.0039	0.1023	-0.1524	0.0844	-0.2945	0.5794	0.1919	-0.2387	-0.085	0.3633	-0.1178	0.0313	0.3706	-0.152	0.4616	3.8291	-28.7506	-31.0311
16	0.255	-0.0605	0.4909	-0.0498	0.7319	0.908	-0.1206	-0.1234	0.0727	-0.1074	-0.0938	-0.004	-0.1152	0.0464	-0.0682	0.3812	-0.0305	0.1407	0.3511	-0.1029	0.5103	13.1592	-19.68	-25.0731
17	0.9405	0.1453	-1.1598	0.7663	0.1599	0.5582	-0.1853	0.2102	-0.2572	-0.0804	-0.0567	-0.1946	0.1323	0.0939	-0.0154	0.4241	-0.0373	0.0797	0.3768	-0.0834	0.4626	32.0453	-31.4663	-45.6688
18	0.1333	0.0022	-0.129	0.2401	-0.0734	0.1865	-0.1067	-0.2647	0.0408	0.2194	-0.148	0.3359	0.1444	0.2647	-0	0.6213	-0.0543	0.1264	0.5094	-0.0377	0.459	18.5555	-0.8807	13.4433
19	0.9909	0.2747	-0.147	0.8688	0.3538	0.0126	-0.0076	-0.2121	0.0459	0.2851	0.0468	0.0048	0.1912	0.053	0	0.4317	0.0067	-0.0368	0.4684	-0.0219	0.243	40.2016	3.8592	7.3603
20	0.1782	-0.0058	-0.1708	0.0578	-0.2117	0.5213	0.1037	-0.0222	-0.0213	0.2002	-0.1814	-0.2578	0.2137	0.1847	-0	0.4705	0.0881	-0.0767	0.4598	-0.0567	0.3424	54.8583	-4.3562	4.4241
21	0.9494	-0.5601	-0.0789	1.3767	0.4335	0.56	-0.1142	0.0217	-0.0013	0.0118	0.0906	-0.0445	-0.0932	0.0833	-0.0019	0.2336	-0.001	0.0086	0.3363	0.0027	0.1812	44.5712	4.2461	-3.643
22	0.0433	0.3076	0.035	0.4265	0.2231	0.4401	-0.3151	-0.1139	-0.1138	-0.2259	0.3532	-0.7192	0.1285	0.3036	-0	0.4109	-0.0657	0.1723	0.6066	-0.104	0.73	71.1459	5.4737	-18.5496
23	0.5406	-0.6613	0.6786	0.5244	-0.1429	0.698	0.1942	-0.0162	0.0801	0.0499	-0.2394	0.0572	-0.0641	-0.2034	-0	0.441	0.0181	-0.0324	0.5199	-0.1474	0.7197	0.6934	28.9628	-12.2323
24	0.0958	-0.6291	-0.6186	-0.0023	0.0361	0.2767	0.0448	0.0734	0.1281	-0.1456	-0.2363	0.1816	-0.527	-0.2476	-0.0001	0.6309	0.0731	-0.1546	0.5265	-0.0786	0.7396	3.4515	40.175	-28.2765
25	0.6541	0.2003	-0.9466	0.6797	0.008	0.757	0.0044	0.1082	0.3557	-0.2312	0.0066	0.1639	-0.3559	-0.0963	0.0132	0.4883	0.0508	-0.1302	0.4053	0.0918	0.442	17.0195	31.757	-42.8918
26	0.4008	0.5665	-0.685	0.4598	0.257	0.7739	-0.1598	0.0287	0.0575	-0.0895	-0.1007	0.1201	-0.2293	-0.0938	-0.0534	0.4131	0.0085	-0.1178	0.3913	-0.019	0.381	11.4777	22.7123	-35.5089
27	0.6434	0.2341	-0.8189	0.4506	0.0204	0.7746	0.001	0.3695	0.0986	-0.03	-0.0047	-0.0655	-0.0235	0.0041	-0	0.486	-0.0109	-0.0436	0.4367	0.0168	0.3314	26.5013	16.7583	-53.1119
28	0.0097	-0.007	0.0036	-0.0229	-0.0079	-0.0177	-0.0178	0.3668	0.0182	-0.487	0.0468	-0.0541	0.1225	0.1812	-0	0.7278	0.1381	-0.166	0.828	0.1762	1.3815	45.8843	4.8215	-60.171
29	0.4383	0.1624	-0.1294	0.1536	-0.3161	0.3434	0.1862	0.1968	0.372	-0.9434	0.0786	-0.9034	-0.3156	-0.2949	0.0037	0.8574	-0.0945	0.0653	0.5916	0.1437	0.2214	31.6336	19.5979	-64.0429
30	-0.0803	0.1046	-0.1959	0.5549	-0.4886	0.7344	0.096	-0.2133	0.0653	0.0007	-0.117	-0.1562	0.1156	0.2036	0	0.6707	-0.0537	0.0141	0.6971	0.0024	0.5424	58.8457	-4.5281	-60.4187
31	0.1389	-0.1348	0.0146	0.6637	-0.0263	-0.024	-0.5188	0.2332	-0.1645	0.0928	-0.2741	-0.437	0.3403	-0.4162	-0.0304	0.2056	-0.2893	0.4867	0.668	0.1378	0.549	65.6506	-7.5244	-83.6022
32	0.3874	0.1563	-0.2111	0.1135	-0.3882	0.1535	0.0363	-0.2823	0.3566	-0.0418	0.1573	-0.0617	0.0671	0.224	0	0.5147	-0.0572	0.0153	0.5138	-0.0085	0.4854	43.8647	-1.8999	-43.9367
33	0.0064	-0.0091	0.0122	-0.0036	-0.0039	-0.001	-0.1179	0.1422	-0.1027	-0.2088	-0.3598	0.4782	-0.0577	-0.0537	0	1.1843	0.2191	0.1207	0.5326	0.0496	0.4947	56.0084	-3.1697	-81.7571
34	-0.0029	-0.0284	-0.0408	0.0107	-0.0007	-0.0093	-0.38	0.2045	-0.0479	0.1464	-0.2551	-0.446	-0.2323	0.3583	-0	0.9484	-0.0024	0.1565	0.5365	0.03	0.5412	72.33	6.7249	-82.6644
35	-0.001	0.0147	-0.0135	-0.0151	-0.0083	0.0028	0.1583	0.0649	0.1118	-0.4128	-0.3215	0.0483	-0.1098	-0.2124	0	-0.5193	0.2552	1.6902	0.7148	-0.2166	-0.3025	69.3846	-0.4598	-87.7868
36	0.0245	0.0224	-0.055	-0.0073	0.0366	-0.0037	-0.0267	0.256	0.2062	-0.1017	-0.5558	0.1807	-0.0254	-0.3172	-0	0.9958	0.0836	0.1453	0.8767	0.093	0.4839	65.7014	8.2602	-82.814
37	0.0147	0.0212	-0.1702	-0.0307	-0.0016	0.1336	0.0453	0.2929	0.2732	-0.0948	-0.1163	0.3871	-0.4467	-0.3842	-0	0.8288	0.0355	0.0504	0.6314	0.0867	0.7145	57.1855	8.515	-77.0093
38	-0.0025	0.034	-0.0237	0.0043	0.019	0.0137	0.0753	0.0515	0.4119	0.1666	0.0415	-0.6942	-0.7582	-0.333	0	0.6956	0.0777	0.099	0.2904	-0.0322	0.4677	68.905	5.4936	-73.8381
39	-0.0134	-0.0128	0.0099	0.0535	-0.0166	-0.0208	0.1176	0.5565	0.5464	0.0054	0.001	-0.199	0.1918	-0.4907	-0	1.0936	0.1034	0.2097	0.7107	0.0229	0.6967	59.4866	5.9304	-67.8451
40	0.0296	0.0202	0.0416	0.0453	0.0152	0.0547	-0.3426	-0.3588	-0.006	-0.0059	0.1028	0.0815	-0.6127	0.2122	-0	0.4847	-0.0452	0.0914	0.6852	0.0393	0.8599	73.423	3.7986	-71.9755
41	0.0354	-0.0301	0.0208	-0.0043	0.0144	0.0244	0.2919	-0.0102	0.3363	0.1334	-0.2427	0.12	-0.2334	-0.0923	0	0.9488	-0.3252	0.0436	0.7744	-0.2227	0.8956	68.5765	-0.1635	-57.8814
42	-0.0048	-0.0042	0.0112	-0.0042	-0.0049	0.0023	0.0587	-0.0268	0.1711	0.0452	-0.1231	0.001	0.0926	0.1464	-0	2.0172	-0.0118	0.285	0.9749	-0.1411	0.9279	69.5348	-7.1247	-50.5349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:249)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 250:384)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 385:588)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 0:147)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 148:248)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 249:289)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 290:587)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 1:192)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 193:586)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 1:83)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 84:106)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 107:124)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 125:148)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 149:202)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 203:252)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 253:311)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 312:454)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain E and resid 3:43)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain E and resid 44:158)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain E and resid 159:203)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 204:357)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain E and resid 358:455)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain F and resid 1:66)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain F and resid 67:112)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain F and resid 113:227)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain F and resid 228:319)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain F and resid 320:388)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain F and resid 389:398)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain F and resid 399:455)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain G and resid 2:80)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain G and resid 81:135)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain G and resid 136:206)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain H and resid 2:6)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain H and resid 7:15)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain H and resid 16:20)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain H and resid 21:29)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain H and resid 30:47)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain H and resid 48:55)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain H and resid 56:71)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain H and resid 72:85)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain H and resid 86:96)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain H and resid 97:103)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

-
非ポリマー , 5種, 93分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

-非ポリマー , 5種, 93分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

-
非ポリマー , 5種, 93分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)