PDB-5knb: Crystal structure of the 2 ADP-bound V1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5knb

タイトル

Crystal structure of the 2 ADP-bound V1 complex

要素

(V-type sodium ATPase subunit ...) x 3
V-type sodium ATPase catalytic subunit A

キーワード

HYDROLASE / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...
類似検索 - 分子機能

ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.251 Å

データ登録者

Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the ATP-binding and ADP-release dwells of the V1 rotary motor
著者: Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Yamato, I. / Murata, T.

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5knb.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5knb.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5knb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5knb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5knb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5knb_validation.xml.gz	113.2 KB	表示
CIF形式データ	5knb_validation.cif.gz	151.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kncC 5kndC 3vr4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vr5-d 3vr4-d 3a5d-2 3vr6-d 3a5c-1 3a5c-2 3a5d-1 5knc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (19) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (12) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

G: V-type sodium ATPase subunit D

H: V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)

ヘテロ分子

393 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.350, 129.620, 237.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A 分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

#1: タンパク質

V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A

分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

#2: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B 分子量: 51720.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637
#3: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit D / Na(+)-translocating ATPase subunit D / V-type sodium pump subunit D 分子量: 25119.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43435
#4: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) / V-type sodium ATPase subunit G / Na(+)-translocating ATPase subunit G / V-type sodium pump subunit G 分子量: 12689.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43455

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, sodium fluoride, Bis-tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: k,h,-l / Fraction: 0.05
反射	解像度: 3.251→50 Å / Num. obs: 62128 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 10.33
反射シェル	解像度: 3.251→3.45 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VR4

3vr4

解像度: 3.251→44.552 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.81

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2447	3105	5 %	RANDOM
R_work	0.2088	-	-	-
obs	0.2107	62103	99.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.251→44.552 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25965	0	68	33	26066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	26480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.673	35890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.439	9854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	4092
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2507-3.3015	0.3729	123	0.3205	2356	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3015-3.3556	0.3525	141	0.3047	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3556-3.4134	0.3434	140	0.2769	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4134-3.4755	0.3021	140	0.2702	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4755-3.5423	0.2946	140	0.2525	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5423-3.6146	0.2787	140	0.2443	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6146-3.6931	0.2541	141	0.247	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6931-3.779	0.2859	141	0.2346	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.779-3.8734	0.277	141	0.2292	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8734-3.9781	0.2501	141	0.2228	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9781-4.0951	0.2559	141	0.2111	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0951-4.2272	0.2242	141	0.2021	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2272-4.3781	0.2178	141	0.187	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3781-4.5532	0.2157	141	0.1733	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5532-4.7602	0.2108	142	0.1742	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7602-5.0109	0.2047	141	0.1769	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0109-5.3244	0.2344	143	0.201	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3244-5.7347	0.2337	143	0.2146	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7347-6.3103	0.2965	143	0.2185	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3103-7.2201	0.2395	145	0.2102	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2201-9.0839	0.2152	146	0.1712	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
9.0839-44.5558	0.1958	150	0.1769	2843	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5783	-0.1442	1.0928	1.7137	-0.1172	1.832	-0.0693	0.2602	-0.2784	-0.2715	0.1955	0.1616	0.0572	0.0514	-0.1539	0.6018	-0.169	0.0337	0.5803	-0.1465	0.7338	-58.0695	-13.1478	-1.3786
2	3.037	0.2	-0.1688	1.4426	0.0998	1.284	-0.0027	-0.1297	-1.2202	0.1072	-0.1095	0.1422	0.7234	-0.0612	0.1236	0.7418	-0.0556	0.01	0.382	-0.0237	1.0661	-34.9652	-29.4155	-3.0097
3	3.7004	-0.6786	-0.1219	3.2426	0.4573	2.1839	0.0999	0.1236	-0.524	0.2076	-0.2692	-0.0609	0.2705	0.1396	0.1804	0.4832	-0.0545	0.0169	0.2682	-0.0209	0.6434	-27.228	-17.1617	-6.8005
4	2.9508	-0.5299	-0.3807	2.3543	0.2962	2.3583	0.2656	1.1463	-0.5189	-0.1057	-0.2121	-0.1694	0.3173	0.7298	-0.1001	0.4782	0.0698	-0.078	0.8133	-0.177	0.7165	-10.4953	-22.0958	-18.6766
5	3.5361	-1.7873	1.8895	2.8045	0.5361	2.4307	0.2783	0.7301	0.8682	-0.7641	-0.6312	-0.0366	0.179	-0.2609	0.3911	0.7877	0.1807	-0.0003	1.7283	-0.0728	1.0177	-2.0935	-21.2062	-35.7975
6	1.0289	-0.4418	1.0458	1.2275	0.3082	1.5897	-0.1041	0.4682	-0.4135	0.0334	0.0669	-0.1514	0.3047	0.7443	0.0459	0.6331	0.2267	-0.0399	1.1727	-0.4398	1.4103	-2.1882	-33.3382	-23.8868
7	2.8225	-0.4381	-0.2528	0.5522	0.8365	1.3519	-0.1437	1.0046	-1.1365	-0.456	-0.0806	-0.6366	0.4675	0.3455	0.2848	1.073	0.293	-0.157	1.4958	-0.5972	1.4306	4.2978	-38.7089	-29.1129
8	1.7445	1.0016	-0.1553	0.715	-0.398	0.7591	0.2242	-0.2614	0.4741	0.1812	-0.1163	0.1347	-0.0177	-0.0462	-0.1388	0.4351	0.0297	0.0008	0.3537	-0.1246	0.383	-41.1495	30.9602	2.9642
9	1.765	-0.3834	-0.357	1.5094	-0.1561	1.0426	0.1065	-0.152	0.9364	0.2748	0.0966	-0.0149	-0.5816	-0.0445	-0.1913	0.6233	-0.0288	0.0619	0.3094	-0.0726	0.7611	-27.0777	47.6424	-9.5536
10	1.9682	-1.8459	0.8473	1.7285	-0.5472	3.5109	-0.0749	0.3244	0.6697	-0.2098	-0.0242	-1.1536	-0.223	0.4889	0.1122	0.5215	-0.0832	0.0923	0.4197	-0.02	0.6979	-13.8297	36.552	-10.7968
11	2.9291	-0.0661	-1.0558	1.5452	0.324	2.0952	0.0322	0.4148	0.2997	-0.3659	0.0426	-0.2301	-0.2344	0.1683	-0.0781	0.4821	-0.0413	0.0387	0.3092	0.0715	0.4097	-14.8076	31.0481	-30.1037
12	1.6645	-0.232	0.9471	1.1099	0.8402	1.364	0.2022	1.0814	-0.1956	-0.3244	-0.3362	0.5348	-0.0001	-0.5012	0.1337	0.5304	0.0872	-0.1424	1.2466	-0.2405	0.5971	-79.7491	14.0309	-40.6974
13	0.3943	0.2017	0.5192	2.292	0.2244	0.6644	0.0461	1.1702	-0.8702	0.0152	0.0846	0.8901	0.3139	0.0099	-0.0039	0.6616	0.0524	-0.3417	1.8804	-0.7108	0.5118	-73.9518	1.3464	-53.9652
14	1.6474	1.2114	0.6537	2.778	0.4246	0.2441	-0.0578	1.1089	-0.0805	-0.7588	-0.1581	0.2017	-0.2769	-0.076	0.2327	0.6145	0.1851	-0.1863	1.5872	-0.2964	0.668	-67.4328	11.277	-53.2878
15	1.0868	0.6243	-0.1479	1.0593	-0.1478	1.4579	-0.1756	0.8769	-0.5662	-0.0882	0.2706	-0.006	0.2453	0.1002	-0.0667	0.6908	0.0651	-0.1863	1.2785	-0.5649	0.788	-56.5356	0.0457	-47.4065
16	6.3554	2.8717	1.522	3.4704	-0.547	1.2004	-0.3702	0.402	-1.1041	-0.0164	-0.1343	-0.6661	0.4019	0.0072	0.2436	0.8746	0.0761	0.0364	2.1643	-0.9149	1.0455	-32.9364	-4.4729	-64.7662
17	1.1363	0.1378	-0.3252	0.3912	-0.0764	0.3491	-0.3836	0.9011	-0.535	-0.5496	0.5264	-0.4337	-0.109	-0.0126	-0.1331	1.0415	-0.095	0.0108	2.7363	-0.9089	1.0642	-44.2553	0.2285	-72.8674
18	0.8898	0.1227	0.0491	0.0125	-0.0038	0.1324	0.3277	0.5669	-0.1178	-0.7161	0.345	-0.4213	-0.0662	0.2531	-0.5941	1.2151	-0.0779	0.0564	2.3268	-0.4173	0.9883	-37.4657	1.7994	-81.4457
19	1.1494	-0.7749	0.1862	1.698	-0.5613	1.2701	-0.1416	0.2813	-0.5725	-0.2957	0.0768	0.2159	0.1038	-0.2799	0.0609	0.5495	-0.1095	0.0071	0.6221	-0.2395	0.793	-74.7012	-8.3471	-19.0889
20	0.4434	0.0949	0.0849	1.0419	-0.5634	1.4575	0.2763	0.777	-1.0592	0.0728	-0.2076	0.4662	0.393	-0.3117	-0.0506	1.018	-0.2208	-0.1281	1.0318	-0.4737	1.3627	-63.5047	-29.7822	-28.933
21	4.2798	-1.9725	0.5461	1.7246	0.1829	1.7538	0.1701	0.1555	-1.0029	-0.2751	0.3349	0.088	0.5501	0.0592	-0.2507	0.8296	0.0527	-0.1396	1.06	-0.8011	1.1443	-47.929	-30.2354	-42.4431
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23	2.2942	0.7954	-0.2886	2.4427	-0.7837	2.1467	0.2362	-0.0355	0.017	-0.3157	-0.0669	-0.265	0.2946	0.9559	-0.2233	0.7326	0.1472	-0.1136	1.1583	-0.3641	1.0127	-26.9931	-28.3	-48.9765
24	0.6545	0.4035	-0.5342	0.7014	-0.5999	1.0898	-0.0403	0.2462	-0.461	-0.4755	-0.1631	-0.3012	0.644	0.3044	0.1449	1.073	0.2081	-0.0761	1.1604	-0.5861	1.2846	-31.4313	-33.7639	-54.2263
25	2.5619	-0.4816	-0.8699	1.4871	0.1041	1.1823	-0.3151	-0.5659	-0.1369	0.1233	0.1624	0.3103	0.1926	-0.0226	0.1491	0.5601	-0.0453	-0.0123	0.4234	0.0451	0.4139	-40.1485	3.0477	11.2822
26	2.9801	-0.1363	-1.4201	1.0236	0.6428	2.6158	-0.0894	-0.3934	-0.2838	0.1834	0.0275	-0.1351	0.2767	0.2603	0.0811	0.3818	0.0073	-0.0517	0.271	-0.0102	0.45	-10.7427	8.4803	1.5236
27	3.0853	0.2946	-0.0009	2.741	0.37	2.4892	-0.0182	0.0001	-0.3134	0.0707	0.0447	-0.1482	0.3162	0.0602	-0.036	0.3465	-0.0277	-0	0.2106	-0.0236	0.3236	-18.0274	4.9016	-4.6028
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29	3.6135	0.2053	0.1946	1.7306	0.179	1.8626	0.2709	0.051	0.4907	0.0394	-0.2642	0.2714	-0.0236	-0.1494	-0.0895	0.489	0.0348	-0.0038	0.3998	-0.0699	0.5805	-63.1854	32.8233	-14.0823
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31	1.2095	-0.0214	0.3982	0.244	0.0181	0.8622	0.1795	1.2695	0.664	-0.3297	-0.0501	0.0169	-0.4352	-0.2168	-0.1422	0.7952	0.1416	-0.0354	1.3884	0.294	0.6432	-54.3881	36.0749	-45.9229
32	0.2371	0.1558	-0.204	1.2452	0.7847	1.886	-0.1368	1.2525	0.7764	-0.8508	-0.1167	-0.4377	-0.649	-0.4386	0.2589	0.7139	0.0129	0.0326	1.1697	0.424	0.6566	-42.174	37.0441	-46.0647
33	2.4192	0.1721	-0.4709	0.8627	0.3437	2.0125	0.0684	1.384	0.2282	-0.4463	-0.0021	-0.1171	-0.2559	-0.1925	-0.0211	0.7184	0.06	-0.0409	1.1886	0.184	0.4562	-41.3926	27.0043	-49.2123
34	0.4902	0.57	0.1464	1.9755	-0.3242	1.952	0.0577	0.0841	-0.1158	-0.7973	0.127	-0.6971	0.6261	-0.0536	-0.1209	1.3726	-0.1009	0.5179	1.1247	-0.206	1.0929	-8.6953	-4.0852	-56.5455
35	-0.0015	-0.0011	-0.0001	0.0001	-0.0009	-0.0008	0.0542	0.7927	0.2196	-0.6641	-0.3174	-0.3298	0.2916	-0.4987	0.2423	2.1239	0.3067	0.114	2.6048	0.001	1.0911	-7.1412	-8.6959	-73.3296
36	0.4354	0.176	0.0386	1.6313	0.1192	-0.0311	0.4893	0.1541	0.128	-0.6643	-0.2913	-0.346	-0.593	-0.0717	-0.2254	0.7202	0.0935	0.0981	1.0904	-0.0853	0.7148	-14.1753	0.5499	-51.9729
37	1.6132	1.0806	-2.1168	2.8666	-2.371	3.1963	0.4225	0.1732	0.5848	-0.6522	-0.1273	-0.4917	-0.5784	0.0555	-0.3042	1.9759	-0.0337	0.5608	1.3995	0.4775	1.296	8.4171	4.8548	-86.95
38	4.2446	0.3157	-0.3368	0.4742	-1.1261	2.7181	-0.0924	0.1327	0.3515	-0.1169	-0.3304	0.4721	0.9706	0.6273	0.4052	1.92	-0.0861	0.3254	1.75	0.0298	1.3861	5.0614	8.5311	-86.9895
39	1.6857	-1.5048	-0.436	1.6865	-0.3913	1.8947	-0.323	0.3578	0.0723	-0.222	-0.4134	0.4304	-0.1261	-0.0782	0.6989	2.1633	-0.3112	0.4535	1.3997	-0.223	1.6993	-3.9689	11.7259	-82.3309
40	3.7755	0.3323	0.5613	4.285	0.307	3.6714	0.1319	-0.0259	-0.0793	0.2042	-0.1111	-0.018	0.3652	-0.0157	-0.0056	2.2078	0.5885	0.8706	1.4233	-0.0628	2.158	2.0829	4.9252	-80.2371
41	0.4258	-0.5628	-0.231	0.7387	0.3206	0.9724	-0.4231	0.6159	0.3093	0.0304	0.3124	-0.427	-0.0104	-0.3901	0.1334	1.7238	0.2083	0.6562	1.2155	-0.1609	1.9821	-2.2963	9.3522	-72.2148
42	0.0356	0.0155	-0.3398	0.0025	-0.1244	3.1438	0.4977	-0.1123	-0.5835	0.4118	-0.2691	0.4024	0.0673	0.8663	-0.1801	1.7978	-0.2379	0.715	0.9299	0.206	1.6658	10.8746	6.1108	-76.3168
43	1.1601	-0.3905	0.172	0.3075	0.0579	0.0997	0.3399	-0.5719	0.2204	0.0117	-0.5608	-0.2268	0.1473	0.0972	0.1701	1.3013	-0.2993	0.3582	1.3223	-0.427	2.0471	6.0531	2.4864	-60.1848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:354)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 355:404)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 405:468)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 469:500)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 501:541)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 542:587)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid -5:95)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 96:248)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 249:284)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 285:586)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 1:150)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 151:252)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 253:329)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 330:450)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 451:499)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 500:538)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 539:586)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 3:82)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 83:125)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 126:180)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 181:350)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 351:398)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 399:455)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain E and resid 2:90)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain E and resid 91:183)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain E and resid 184:347)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain E and resid 348:455)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain F and resid 1:55)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain F and resid 56:91)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain F and resid 92:147)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain F and resid 148:188)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain F and resid 189:455)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain G and resid 1:90)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain G and resid 91:106)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain G and resid 107:206)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain H and resid 4:18)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain H and resid 19:31)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain H and resid 32:42)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain H and resid 43:55)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain H and resid 56:70)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain H and resid 71:84)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain H and resid 85:98)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)