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- PDB-5kn9: MutY N-terminal domain in complex with DNA containing an intrahel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kn9
タイトルMutY N-terminal domain in complex with DNA containing an intrahelical oxoG:A base-pair
要素
  • Adenine DNA glycosylase
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*(8OG)P*GP*TP*GP*CP*T)-3')
キーワードHydrolase/DNA / adenine glycosylase / oxoG / DNA repair protein (DNA修復) / intrahelical lesion recognition / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / DNAミスマッチ修復 / 塩基除去修復 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) ...A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNAグリコシラーゼ / Endonuclease III; domain 1 / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / デオキシリボ核酸 / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Wang, L. / Chakravarthy, S. / Verdine, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA100742 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Lesion-scanning Mechanism of the MutY DNA Glycosylase.
著者: Wang, L. / Chakravarthy, S. / Verdine, G.L.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*(8OG)P*GP*TP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2566
ポリマ－32,8253
非ポリマー4323
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.878, 38.759, 82.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenine DNA glycosylase / oxoG:A-specific adenine glycosylase


分子量: 26694.490 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus / 遺伝子: mutY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P83847, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*(8OG)P*GP*TP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3051.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 3078.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)

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非ポリマー , 3種, 168分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 300 mM Ca(OAc)2, 14% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→79.88 Å / Num. obs: 23193 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RRQ

1rrq


解像度: 1.93→79.879 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1187 5.12 %
Rwork0.1687 --
obs0.1718 23171 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→79.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 407 10 165 2377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3163251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.335897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9302-2.0180.30531410.22982724X-RAY DIFFRACTION100
2.018-2.12440.26661360.20752733X-RAY DIFFRACTION100
2.1244-2.25750.24471550.17712751X-RAY DIFFRACTION100
2.2575-2.43180.25781490.18032747X-RAY DIFFRACTION100
2.4318-2.67660.26761280.17492748X-RAY DIFFRACTION100
2.6766-3.06390.27051560.18232753X-RAY DIFFRACTION99
3.0639-3.86020.22531430.1472778X-RAY DIFFRACTION99
3.8602-79.94710.17881790.1512750X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.95473.4591-2.60863.2406-4.79149.55430.16970.09570.39720.32570.110.8998-0.416-0.7928-0.24410.15960.03090.01470.2186-0.01430.287-15.38428.0023-11.0229
21.1761-0.2226-0.09182.5213-0.32916.308-0.22170.18540.181-0.68470.2116-0.1834-0.52060.2610.01690.3672-0.1331-0.020.23420.01970.1964-0.90837.039-31.378
31.4647-0.8041.10411.5432-1.70052.6819-0.08220.45990.1165-0.9675-0.0228-0.39440.15480.48580.25860.8046-0.3380.1730.58490.00780.16934.47230.3772-42.2879
47.6997-0.17556.70013.04462.0529.23370.1020.5179-0.1637-0.64050.0216-0.24410.21340.3445-0.21890.5729-0.15780.03790.3464-0.01380.16710.0147-7.1176-39.7554
55.306-1.98591.43720.8587-0.36876.1375-0.19670.3232-0.7019-0.2734-0.01090.30870.3068-0.28950.1580.4991-0.1771-0.05910.2687-0.02350.3026-10.4743-9.862-35.1166
60.81190.40221.32471.95111.42734.5096-0.0651-0.04770.0208-0.29330.05660.19220.0295-0.42520.00120.178-0.0799-0.05390.1740.03840.1805-8.1227-2.9198-19.67
74.3657-2.46410.4294.18140.48971.05470.0643-0.0036-0.38230.01530.00870.45120.4152-0.3129-0.07770.2285-0.1027-0.00820.21050.02820.1621-7.7763-9.9924-12.3505
86.15223.73782.99974.44192.41973.9162-0.13230.09350.4752-0.10330.07710.5493-0.1048-0.22460.05270.1855-0.0631-0.04310.16420.05360.2206-11.35183.9972-18.1496
94.1337-0.5724-2.09087.11761.216.5525-0.1525-0.08160.6273-0.14070.0878-0.4756-0.56110.42330.07260.2298-0.074-0.04690.12820.02620.1783-0.48448.0714-6.6452
105.7579-4.5419-1.1848.06031.38334.624-0.3183-0.3501-0.10170.74940.2535-0.16120.41540.10910.03130.2382-0.0446-0.03170.11590.02180.1362-1.8299-1.0667-2.3419
114.70993.50930.34184.079-1.40183.1553-0.19720.1328-0.1663-0.4370.0548-0.7760.22730.65230.05370.2171-0.03840.07220.323-0.07550.431511.8715-9.5652-21.9416
125.0819-0.71020.09620.1855-0.26031.09470.1415-0.5411-0.2855-0.4974-0.0682-0.99480.00320.157-0.10280.259-0.10040.01640.31770.02590.509110.1363-9.578-20.5985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 105 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 106 through 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 125 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 180 through 196 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 197 through 210 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 211 through 229 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 12 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 13 through 22 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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