PDB-5kls: Structure of CavAb in complex with Br-dihydropyridine derivative ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kls

タイトル

Structure of CavAb in complex with Br-dihydropyridine derivative UK-59811

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Voltage-gated Calcium Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.299 Å

データ登録者

Tang, L. / Gamal EL-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis for inhibition of a voltage-gated Ca(2+) channel by Ca(2+) antagonist drugs.
著者: Tang, L. / El-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2016年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Atomic model / Database references
改定 1.2	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Experimental preparation カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kls.cif.gz	392.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kls.ent.gz	320.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5klbC 5klgC 5kmdC 5kmfC 5kmhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rvy-1 4mvr-d 4mvz-d 3rvz-1 4mvs-d 5kmf-d 6keb-d 4mw3-d 4mvo-d 4mw8-d 4mvq-d 4mtg-d 4mto-d 5kmh-d 5klg-d 4mvm-d 5kmd-d 4mvu-d 4mtf-d 4ekw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.470, 125.870, 191.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 33112.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: pFASTBAC DUAL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 分子量: 677.933 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-6UC / O3-ethyl O5-methyl (4R)-4-(2-bromophenyl)-2-[2-(dimethylamino)ethoxymethyl]-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate 分子量: 481.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉BrN₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate 100uM UK-59811 PH範囲: 4.7-5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.75 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.299→30 Å / Num. obs: 42515 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 3.299→3.48 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.299→29.812 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 31.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3004	4149	5.11 %
R_work	0.2741	-	-
obs	0.2755	81127	92.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.299→29.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7200	0	199	2	7401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.856	10306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.099	2625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.131	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2993-3.3368	0.3777	156	0.3212	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3368-3.376	0.3957	127	0.3073	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.376-3.4171	0.3706	163	0.3268	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4171-3.4603	0.3775	55	0.3053	1352	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4603-3.5058	0.2884	99	0.2999	2062	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5058-3.5537	0.3103	161	0.2984	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5537-3.6044	0.2818	127	0.2881	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6044-3.6581	0.3345	156	0.3031	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6581-3.7152	0.3044	42	0.328	990	X-RAY DIFFRACTION	35
3.7152-3.7759	0.3419	167	0.3083	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7759-3.8409	0.3381	132	0.2667	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8409-3.9106	0.3066	128	0.2518	2084	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9106-3.9857	0.2691	108	0.2562	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9857-4.0668	0.3179	173	0.2688	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0668-4.155	0.3064	164	0.291	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.155-4.2514	0.3236	120	0.2947	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2514-4.3574	0.3441	138	0.2834	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3574-4.4749	0.2729	150	0.2734	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4749-4.6061	0.3102	159	0.2663	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6061-4.7542	0.2628	175	0.2638	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7542-4.9234	0.2477	186	0.2482	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9234-5.1196	0.2684	121	0.2566	2741	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1196-5.3513	0.3427	134	0.2882	2730	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3513-5.6316	0.3425	150	0.2937	2713	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6316-5.9818	0.3492	121	0.2871	2770	X-RAY DIFFRACTION	97
5.9818-6.4394	0.3392	154	0.3062	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4394-7.0795	0.3232	182	0.2681	2698	X-RAY DIFFRACTION	97
7.0795-8.086	0.2331	110	0.244	2721	X-RAY DIFFRACTION	97
8.086-10.1209	0.2406	164	0.2277	2659	X-RAY DIFFRACTION	96
10.1209-29.813	0.2783	127	0.2721	2654	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 186.9031 Å / Origin y: 31.29 Å / Origin z: 23.5459 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5297 Å²	-0.0888 Å²	-0.0105 Å²	-	0.5643 Å²	-0.0135 Å²	-	-	0.3968 Å²
L	1.9773 °²	-0.2051 °²	0.0943 °²	-	0.7256 °²	-0.0036 °²	-	-	1.5432 °²
S	0.2185 Å °	-0.7233 Å °	0.0346 Å °	0.2554 Å °	0.0192 Å °	-0.0353 Å °	-0.0796 Å °	-0.1487 Å °	-0.1488 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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