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- PDB-5klb: Crystal structure of the CavAb voltage-gated calcium channel(wild... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5klb
タイトルCrystal structure of the CavAb voltage-gated calcium channel(wild-type, 2.7A)
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Voltage-gated Calcium Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tang, L. / Gamal EL-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL112808 米国
National Research Service AwardT32GM008268 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis for inhibition of a voltage-gated Ca(2+) channel by Ca(2+) antagonist drugs.
著者: Tang, L. / El-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2016年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,81633
ポリマ－132,4484
非ポリマー17,36829
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45350 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area51460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.900, 125.700, 191.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 33112.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: pFASTBAC DUAL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
PH範囲: 4.7-5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 770488 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MS2

4ms2


解像度: 2.7→29.932 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 7331 4.96 %
Rwork0.2191 --
obs0.2212 147876 92.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8780 0 887 17 9684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61313340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7613636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6997-2.73030.37792710.31694928X-RAY DIFFRACTION97
2.7303-2.76240.4022660.30854963X-RAY DIFFRACTION98
2.7624-2.79610.37152990.29464907X-RAY DIFFRACTION98
2.7961-2.83150.32942910.27894931X-RAY DIFFRACTION98
2.8315-2.86870.31022740.26844916X-RAY DIFFRACTION98
2.8687-2.9080.28911880.24765002X-RAY DIFFRACTION97
2.908-2.94950.29532980.24274879X-RAY DIFFRACTION98
2.9495-2.99350.32452450.26034940X-RAY DIFFRACTION97
2.9935-3.04020.29043290.26644881X-RAY DIFFRACTION97
3.0402-3.090.29552490.25074918X-RAY DIFFRACTION98
3.09-3.14320.27292850.24074963X-RAY DIFFRACTION97
3.1432-3.20030.29122260.24194893X-RAY DIFFRACTION97
3.2003-3.26180.29062240.24014981X-RAY DIFFRACTION97
3.2618-3.32830.22942610.22724873X-RAY DIFFRACTION97
3.3283-3.40060.23222310.19664953X-RAY DIFFRACTION97
3.4006-3.47950.29011380.19952778X-RAY DIFFRACTION55
3.4795-3.56640.24272430.20884871X-RAY DIFFRACTION96
3.5664-3.66270.23992360.21164751X-RAY DIFFRACTION96
3.6627-3.77030.29511610.20653280X-RAY DIFFRACTION96
3.7703-3.89170.21792650.19314828X-RAY DIFFRACTION96
3.8917-4.03050.22441360.18563489X-RAY DIFFRACTION68
4.0305-4.19150.22722510.19844811X-RAY DIFFRACTION95
4.1915-4.38170.24332250.19934842X-RAY DIFFRACTION95
4.3817-4.61190.21332420.18464775X-RAY DIFFRACTION94
4.6119-4.89970.23542850.18784787X-RAY DIFFRACTION95
4.8997-5.27610.25812590.20474740X-RAY DIFFRACTION94
5.2761-5.80350.29862450.24344738X-RAY DIFFRACTION94
5.8035-6.63530.2882590.26274668X-RAY DIFFRACTION92
6.6353-8.32990.22812480.21864650X-RAY DIFFRACTION92
8.3299-29.93330.25272010.20864609X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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