[日本語] English
万見
- PDB-6juh: structure of CavAb in complex with efonidipine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6juh
タイトルstructure of CavAb in complex with efonidipine
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / voltage-gated Calcium channel block
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C9X / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tang, L. / Xu, F.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for efonidipine block of a voltage-gated Ca2+channel.
著者: Xu, F. / Xiong, W. / Huang, Y. / Shen, J. / Zhou, D. / Tang, L.
履歴
登録2019年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,19119
ポリマ－124,3634
非ポリマー6,82815
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26390 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area53220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.860, 125.520, 191.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 31090.836 Da / 分子数: 4 / 変異: E1177D, S1178D, M1181N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
株: RM4018 / Variant: RM4018 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-C9X / 2-[phenyl-(phenylmethyl)amino]ethyl (4~{R})-5-(5,5-dimethyl-2-oxidanylidene-1,3,2$l^{5}-dioxaphosphinan-2-yl)-2,6-dimethyl-4-(3-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate


分子量: 631.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H38N3O7P

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.86 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0-2.0M Ammonium Sulfate 100 mM Na-citrate pH=5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 53912 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Num. unique obs: 8310

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
iMOSFLMデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MS2

4ms2


解像度: 3→29.818 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2907 2663 4.94 %
Rwork0.2349 --
obs0.2377 53911 88.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8640 0 211 0 8851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43512290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1253215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.05450.40161140.33412877X-RAY DIFFRACTION94
3.0545-3.11320.38671370.31132819X-RAY DIFFRACTION95
3.1132-3.17670.31361540.30372875X-RAY DIFFRACTION95
3.1767-3.24570.3451530.28022837X-RAY DIFFRACTION95
3.2457-3.32110.28841420.2462860X-RAY DIFFRACTION95
3.3211-3.4040.26971390.22012844X-RAY DIFFRACTION94
3.404-3.49590.2476870.22751756X-RAY DIFFRACTION58
3.4959-3.59860.33481450.222848X-RAY DIFFRACTION94
3.5986-3.71460.29191090.23651908X-RAY DIFFRACTION64
3.7146-3.84710.24211570.21832843X-RAY DIFFRACTION94
3.8471-4.00080.29351050.20762115X-RAY DIFFRACTION70
4.0008-4.18240.29991480.21572841X-RAY DIFFRACTION93
4.1824-4.40220.26771540.212818X-RAY DIFFRACTION93
4.4022-4.67710.24621490.19882833X-RAY DIFFRACTION93
4.6771-5.03660.27361490.20132832X-RAY DIFFRACTION93
5.0366-5.54050.30581550.23112815X-RAY DIFFRACTION92
5.5405-6.33560.35811450.2812837X-RAY DIFFRACTION92
6.3356-7.95690.28811410.27262819X-RAY DIFFRACTION90
7.9569-29.81970.28051800.23232871X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.327 Å / Origin y: 30.9757 Å / Origin z: 32.4806 Å
111213212223313233
T0.357 Å2-0.007 Å2-0.0222 Å2-0.3743 Å20.0146 Å2--0.357 Å2
L0.3169 °2-0.0049 °2-0.0544 °2-0.2123 °2-0.0278 °2--0.5289 °2
S0.0273 Å °-0.1163 Å °-0.0179 Å °0.0836 Å °0.0019 Å °-0.0104 Å °-0.0474 Å °-0.0298 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る