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- PDB-5vb2: Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vb2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a closed conformation | ||||||
![]() | Ion transport protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / voltage-gated sodium channel | ||||||
Function / homology | ![]() voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of closed and open states of a voltage-gated sodium channel. Authors: Lenaeus, M.J. / Gamal El-Din, T.M. / Ing, C. / Ramanadane, K. / Pomes, R. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 632.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 536.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 5.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 5.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5vb8C ![]() 3rvyS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 33225.219 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: T206F, V213Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 48 molecules ![](data/chem/img/CPS.gif)
![](data/chem/img/PX4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PX4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CPS / #3: Chemical | ChemComp-PX4 / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.03 Å3/Da / Density % sol: 79.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate, 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 8, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→29.627 Å / Num. obs: 53226 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.811 / CC1/2: 0.855 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3RVY Resolution: 3.2→29.63 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.17
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→29.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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