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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kl9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK0725 from Escherichia coli in complex with CoA | ||||||
要素 | Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta fold / hotdog fold / acyl-CoA / thioesterase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiolester hydrolase activity / fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid metabolic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK0725 from Escherichia coli in complex with CoA 著者: Stogios, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kl9.cif.gz | 239.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kl9.ent.gz | 194.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kl9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5kl9_validation.pdf.gz | 976.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5kl9_full_validation.pdf.gz | 988.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5kl9_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5kl9_validation.cif.gz | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kl9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1s5uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15581.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ybgC, Z0904, ECs0771 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A8Z5, UniProt: P0A8Z3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 M ammonium sulfate, 1% PEG200, 2.5 mM hexanoyl-CoA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→30 Å / Num. obs: 29725 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.76 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1S5U 解像度: 2.22→28.878 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.66
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→28.878 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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