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- PDB-5kkz: Rhodobacter sphaeroides bc1 with famoxadone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kkz
タイトルRhodobacter sphaeroides bc1 with famoxadone
要素
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FAMOXADONE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-LOP / STRONTIUM ION / Cytochrome c1 / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F. / Tang, W.K. / Yu, C.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Hydrogen Bonding to the Substrate Is Not Required for Rieske Iron-Sulfur Protein Docking to the Quinol Oxidation Site of Complex III.
著者: Esser, L. / Zhou, F. / Zhou, Y. / Xiao, Y. / Tang, W.K. / Yu, C.A. / Qin, Z. / Xia, D.
履歴
登録2016年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Derived calculations
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32016年12月7日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c1
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
K: Cytochrome b
L: Cytochrome c1
M: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
O: Cytochrome b
P: Cytochrome c1
Q: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,07450
ポリマ－398,42012
非ポリマー14,65438
水724
1
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c1
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,53725
ポリマ－199,2106
非ポリマー7,32719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33960 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area70960 Å2
手法PISA
2
K: Cytochrome b
L: Cytochrome c1
M: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
O: Cytochrome b
P: Cytochrome c1
Q: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,53725
ポリマ－199,2106
非ポリマー7,32719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33920 Å2
ΔGint-383 kcal/mol
Surface area71150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.773, 128.277, 128.283
Angle α, β, γ (deg.)63.92, 88.63, 63.38
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 AEKOBFLPCGMQ

#1: タンパク質
Cytochrome b


分子量: 50087.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petB, fbcB / 発現宿主: Rhodobacter sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02761
#2: タンパク質
Cytochrome c1


分子量: 29589.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petC, fbcC / 発現宿主: Rhodobacter sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02760
#3: タンパク質
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 19928.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petA, fbcF / 発現宿主: Rhodobacter sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02762, quinol-cytochrome-c reductase

-
糖 , 2種, 8分子

#6: 糖
ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#10: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 34分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-FMX / FAMOXADONE / 5-METHYL-5-(4-PHENOXYPHENYL)-3-(PHENYLAMINO)-2,4-OXAZOLIDINEDIONE


分子量: 374.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18N2O4
#7: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 化合物
ChemComp-LOP / (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / LAURYL OLEYL PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE


分子量: 661.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#11: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 7% PEG400, 200 mM histidine, 150 mM NaCl, 10 mM sodium ascorbate, famoxadone, b-OG, sucrose mono caparate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 122242 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 59.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.97→3.03 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / % possible all: 82.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc1_2513: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QJY chains A, B and C only

2qjy


解像度: 2.97→29.981 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 1990 1.65 %
Rwork0.2154 --
obs0.2161 120381 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→29.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26956 0 958 4 27918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01428948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33939664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.36216288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0714176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.97-3.04420.3621480.33798109X-RAY DIFFRACTION93
3.0442-3.12640.34441330.31318366X-RAY DIFFRACTION95
3.1264-3.21830.35391400.29868332X-RAY DIFFRACTION95
3.2183-3.32210.33191530.28778363X-RAY DIFFRACTION96
3.3221-3.44070.29061370.26288491X-RAY DIFFRACTION97
3.4407-3.57820.28251310.24228502X-RAY DIFFRACTION97
3.5782-3.74080.2731500.22548517X-RAY DIFFRACTION97
3.7408-3.93760.2551330.2028441X-RAY DIFFRACTION97
3.9376-4.18370.21791430.19488558X-RAY DIFFRACTION98
4.1837-4.50570.22441420.18568547X-RAY DIFFRACTION98
4.5057-4.95730.22031470.17138609X-RAY DIFFRACTION98
4.9573-5.67040.23031490.18448576X-RAY DIFFRACTION98
5.6704-7.12830.24591450.19968680X-RAY DIFFRACTION99
7.1283-29.98260.22281390.17828300X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2160.6964-1.22.214-3.84146.6396-0.00580.75620.3007-0.69950.61760.64690.1859-1.4068-0.62331.0701-0.1542-0.22881.10390.31520.8736-32.003-46.796110.0805
20.3074-0.14670.07540.2313-0.26940.29210.0036-0.13530.0684-0.08260.04640.06930.2031-0.16360.01780.7229-0.2148-0.36940.5840.11930.7131-9.4471-53.588634.6335
30.33850.0005-0.15360.1419-0.11690.46310.1062-0.0839-0.0130.2243-0.1802-0.01210.2542-0.21-0.30860.8225-0.1962-0.42940.5970.12990.7438-14.0493-58.809140.504
41.0085-0.10080.62760.7731-0.65362.10880.0829-0.2425-0.2189-0.2195-0.11060.25190.2734-0.25970.04660.8192-0.2341-0.31590.57250.17630.6766-19.1311-72.992741.3289
54.81250.0770.38831.95790.50643.07370.2045-0.3690.19860.208-0.12290.3073-0.235-0.3917-0.02210.6772-0.1197-0.2910.66860.06230.6736-1.7063-31.931361.3457
65.0625-0.4206-0.63442.4646-0.25053.48690.05620.27080.2416-0.37550.0314-0.4707-0.23880.2539-0.16790.8578-0.1915-0.10250.66690.00410.849612.2393-19.212151.0555
71.40011.1685-0.75651.8180.28591.70140.2731-0.10260.1230.1203-0.07140.13910.0948-0.3804-0.04150.694-0.1987-0.30990.70270.09710.7158-0.7224-42.087859.1132
83.8489-0.69260.44437.45210.40732.85020.0977-0.4347-0.3430.9206-0.28160.43170.3920.36170.0910.8658-0.1535-0.31660.7330.16920.75438.8065-52.499374.5039
94.16161.43213.39931.99861.06822.8737-0.0634-0.34920.62550.2701-0.17170.1768-0.0759-0.33550.22510.5114-0.0392-0.04280.6848-0.03070.5415-14.8766-34.966155.577
106.0601-0.2071-7.33720.48810.18198.89260.1448-0.65470.61830.7345-0.1701-0.658-0.72250.6983-0.02051.99120.235-0.31311.6669-0.18791.8579-48.6504-33.944832.7628
117.40622.2569-0.67294.30270.67683.5435-0.65111.17480.88530.40110.24380.5509-0.5727-0.44090.34160.83440.0547-0.08740.7550.17590.8953-18.9985-29.856434.1445
123.4518-1.2454-0.53732.0145-3.04246.77970.4529-0.69250.5981-0.0715-0.12520.1297-0.84521.0406-0.2791.1132-0.3602-0.1560.84760.13461.299818.8049-6.776432.1288
132.0457-0.3638-0.58622.3991-0.23981.16740.08110.21710.8213-0.0096-0.4332-0.663-0.7830.4250.32131.2577-0.1239-0.24460.63630.11681.130311.3066-2.288524.6516
141.20062.5274-2.59046.9905-4.84725.7643-0.30160.3588-0.33-1.42620.1579-0.62911.1174-1.8033-0.03591.2366-0.1916-0.16640.93580.03640.8609-19.0905-65.79835.5973
150.30150.0539-0.15331.308-0.73380.55990.03720.26680.0222-0.33520.1702-0.07870.2778-0.10440.00410.671-0.1082-0.22490.56220.14120.6553-0.3244-38.041811.7324
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47X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN K AND ( RESID 327:431 OR RESID 1005:1005 ) )K1005
48X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN L AND ( RESID 1:58 OR RESID 1002:1002 OR RESID 1001:1001 ) )L1 - 58
49X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN L AND ( RESID 1:58 OR RESID 1002:1002 OR RESID 1001:1001 ) )L1002
50X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN L AND ( RESID 1:58 OR RESID 1002:1002 OR RESID 1001:1001 ) )L1001
51X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN L AND RESID 59:84 )L59 - 84
52X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN L AND RESID 85:133 )L85 - 133
53X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN L AND RESID 134:184 )L134 - 184
54X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN L AND RESID 185:256 )L185 - 256
55X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN M AND RESID 9:13 )M9 - 13
56X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN M AND RESID 14:46 )M14 - 46
57X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN M AND RESID 47:83 )M47 - 83
58X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN M AND ( RESID 84:187 OR RESID 1001:1001 ) )M84 - 187
59X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN M AND ( RESID 84:187 OR RESID 1001:1001 ) )M1001
60X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN O AND RESID 3:36 )O3 - 36
61X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN O AND ( RESID 37:227 OR RESID 1005:1005 OR RESID 1003:1003 OR RESID 1001:1002 ) )O37 - 227
62X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN O AND ( RESID 37:227 OR RESID 1005:1005 OR RESID 1003:1003 OR RESID 1001:1002 ) )O1005
63X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN O AND ( RESID 37:227 OR RESID 1005:1005 OR RESID 1003:1003 OR RESID 1001:1002 ) )O1003
64X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN O AND ( RESID 37:227 OR RESID 1005:1005 OR RESID 1003:1003 OR RESID 1001:1002 ) )O1001 - 1002
65X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN O AND RESID 228:326 )O228 - 326
66X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN O AND RESID 327:431 )O327 - 431
67X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN P AND ( RESID 1:58 OR RESID 1002:1002 OR RESID 1001:1001 ) )P1 - 58
68X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN P AND ( RESID 1:58 OR RESID 1002:1002 OR RESID 1001:1001 ) )P1002
69X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN P AND ( RESID 1:58 OR RESID 1002:1002 OR RESID 1001:1001 ) )P1001
70X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN P AND RESID 59:84 )P59 - 84
71X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN P AND RESID 85:133 )P85 - 133
72X-RAY DIFFRACTION47( CHAIN P AND RESID 134:184 )P134 - 184
73X-RAY DIFFRACTION48( CHAIN P AND RESID 185:256 )P185 - 256
74X-RAY DIFFRACTION49( CHAIN Q AND RESID 9:13 )Q9 - 13
75X-RAY DIFFRACTION50( CHAIN Q AND RESID 14:46 )Q14 - 46
76X-RAY DIFFRACTION51( CHAIN Q AND RESID 47:83 )Q47 - 83
77X-RAY DIFFRACTION52( CHAIN Q AND ( RESID 84:187 OR RESID 1001:1001 ) )Q84 - 187
78X-RAY DIFFRACTION52( CHAIN Q AND ( RESID 84:187 OR RESID 1001:1001 ) )Q1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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