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万見
- PDB-5kku: Crystal structure of an N-terminal dehydratase from difficidin as... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kku
タイトルCrystal structure of an N-terminal dehydratase from difficidin assembly line
要素Polyketide synthase type I
キーワードLYASE / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...Polyketide synthase dehydratase / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase type I
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Keatinge-Clay, A.T. / Zeng, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Dehydratase Provides Insights into Split Bimodules and Polypeptide Docking in trans-AT Polyketide Synthases
著者: Zeng, J. / Keatinge-Clay, A.T.
履歴
登録2016年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase type I
B: Polyketide synthase type I
C: Polyketide synthase type I
D: Polyketide synthase type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6654
ポリマ－138,6654
非ポリマー00
水362
1
A: Polyketide synthase type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6661
ポリマ－34,6661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyketide synthase type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6661
ポリマ－34,6661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Polyketide synthase type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6661
ポリマ－34,6661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Polyketide synthase type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6661
ポリマ－34,6661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.355, 73.981, 94.178
Angle α, β, γ (deg.)90.20, 90.08, 90.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Polyketide synthase type I


分子量: 34666.258 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-293 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: difJ
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q1RS44
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG4000, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5)
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→39.786 Å / Num. obs: 49121 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 6.469
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 1.488 / % possible all: 61.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-20003.15データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LN9

4ln9


解像度: 2.22→39.786 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 2512 5.12 %RANDOM
Rwork0.2171 ---
obs0.2187 49098 89.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→39.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9351 0 0 2 9353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0329571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.47812915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8823588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1881384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2201-2.26280.3361030.29191611X-RAY DIFFRACTION56
2.2628-2.3090.33911200.28411951X-RAY DIFFRACTION66
2.309-2.35920.2953820.26122060X-RAY DIFFRACTION71
2.3592-2.41410.29421300.26542233X-RAY DIFFRACTION77
2.4141-2.47450.291310.26532384X-RAY DIFFRACTION81
2.4745-2.54140.30671380.26042477X-RAY DIFFRACTION85
2.5414-2.61610.3091140.26952622X-RAY DIFFRACTION90
2.6161-2.70060.30971290.26452708X-RAY DIFFRACTION93
2.7006-2.79710.31311400.27492780X-RAY DIFFRACTION96
2.7971-2.9090.29611630.26692840X-RAY DIFFRACTION98
2.909-3.04140.26971560.25452847X-RAY DIFFRACTION98
3.0414-3.20160.26211680.2412862X-RAY DIFFRACTION99
3.2016-3.40210.26881470.22982870X-RAY DIFFRACTION98
3.4021-3.66460.24561380.20022869X-RAY DIFFRACTION99
3.6646-4.03310.21251710.18542860X-RAY DIFFRACTION99
4.0331-4.6160.19111580.15532890X-RAY DIFFRACTION99
4.616-5.81270.18021650.16312868X-RAY DIFFRACTION99
5.8127-39.79240.2161590.18432854X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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