PDB-5kkd: Truncated hemolysin A Y134A from P. mirabilis at 2.1 Angstroms re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kkd

タイトル

Truncated hemolysin A Y134A from P. mirabilis at 2.1 Angstroms resolution crystallized in a high salt condition

要素

Hemolysin

キーワード

TOXIN / hemolysin / two partner secretion / beta solenoid / beta helix

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Novak, W.R.P. / Bhattacharyya, B. / Weaver, T.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Proteolysis of truncated hemolysin A yields a stable dimerization interface.
著者: Novak, W.R. / Bhattacharyya, B. / Grilley, D.P. / Weaver, T.M.

履歴

登録	2016年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_mutation
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kkd.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kkd.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kkd_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kkd_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	5kkd_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	5kkd_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w8qC 5kehC 5kf3C 5sz8C 5kdk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5sz8-1 5t67-d 3fdi-1 3cdh-2 4a9w-d 3qri-d 1kgy-1 6fya-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemolysin

B: Hemolysin

ヘテロ分子

50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemolysin

B: Hemolysin

ヘテロ分子

A: Hemolysin

B: Hemolysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.080, 69.080, 234.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Hemolysin 分子量: 25387.025 Da / 分子数: 2 / 変異: Y134A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: hpmA / プラスミド: PET24A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16466
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1M LiSO4, 2% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 33020 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/av σ(I): 31.958 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.13-2.17	20.1	0.788	1	100
2.17-2.21	21.8	0.691	1	100
2.21-2.25	22.8	0.58	1	100
2.25-2.29	23.5	0.56	1	100
2.29-2.34	24	0.527	1	100
2.34-2.4	24	0.449	1	100
2.4-2.46	24.1	0.399	1	100
2.46-2.53	24.2	0.364	1	100
2.53-2.6	24.1	0.309	1	100
2.6-2.68	24.1	0.255	1	100
2.68-2.78	24	0.211	1	100
2.78-2.89	24	0.188	1	100
2.89-3.02	24.3	0.154	1	100
3.02-3.18	24.3	0.127	1	100
3.18-3.38	24.6	0.108	1	100
3.38-3.64	24.9	0.104	1	100
3.64-4.01	25.6	0.113	1	100
4.01-4.59	26	0.107	1	100
4.59-5.78	26.4	0.081	1	99.9
5.78-50	25.2	0.056	1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→47.82 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	1650	5.01 %
R_work	0.1701	-	-
obs	0.1714	32913	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.43 Å² / B_iso mean: 44.53 Å² / B_iso min: 20.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.13→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2950	0	5	162	3117
B_iso mean	-	-	69.1	47.39	-
残基数	-	-	-	-	409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3022
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818	4124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	481
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.369	1789

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1278-2.1904	0.2495	150	0.2177	2483	2633	99
2.1904-2.2611	0.2512	150	0.1909	2524	2674	100
2.2611-2.3419	0.2368	138	0.1988	2565	2703	100
2.3419-2.4357	0.2368	129	0.1869	2541	2670	100
2.4357-2.5465	0.2029	112	0.1894	2616	2728	100
2.5465-2.6808	0.2135	126	0.1868	2571	2697	100
2.6808-2.8487	0.2523	128	0.1892	2586	2714	100
2.8487-3.0686	0.2092	138	0.1859	2598	2736	100
3.0686-3.3774	0.1941	147	0.1643	2602	2749	100
3.3774-3.8659	0.162	149	0.1577	2634	2783	100
3.8659-4.8699	0.1671	134	0.1401	2686	2820	100
4.8699-47.8322	0.1836	149	0.1725	2857	3006	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9589	0.6002	1.3546	8.2018	-0.5975	6.3617	-0.1941	-0.0078	0.6665	0.3236	0.0593	0.5977	-1.2421	-0.2129	0.2834	0.8307	-0.0021	-0.0321	0.269	0.0334	0.4451	8.9453	44.2154	-8.8551
2	5.7723	-1.017	1.3197	2.4802	-0.9128	4.2584	-0.2755	-0.3485	0.4472	-0.0689	0.0577	0.2592	-0.9286	-0.3896	0.1874	0.6255	0.1262	-0.0929	0.2604	0.01	0.4284	3.1497	38.1971	-7.7764
3	3.7273	1.9858	-0.9226	3.8686	-0.1526	3.3053	0.1164	-0.3141	0.3966	0.4422	-0.0662	0.0538	-1.2165	-0.2476	-0.0847	0.7183	0.075	-0.1229	0.2631	-0.0267	0.3493	8.5557	38.6282	1.771
4	5.4178	-0.6345	-0.7181	3.8005	-1.5093	3.8145	-0.205	0.207	0.6204	-0.3137	0.1587	-0.1408	-0.6669	-0.1833	-0.0012	0.5006	-0.0286	-0.0809	0.1906	-0.0061	0.3169	9.5729	34.3726	-15.7577
5	1.8555	-0.2038	-1.2815	1.4634	0.3765	5.9597	-0.1039	-0.1535	0.1563	0.1371	-0.0111	-0.1217	-0.486	-0.0486	0.0685	0.3701	-0.0287	-0.0701	0.2003	0.0297	0.2891	10.5258	28.6977	-7.9281
6	6.189	-2.9755	1.8157	1.9228	-0.2234	4.8297	-0.0551	0.5366	1.2453	0.2487	-0.0841	0.3954	-1.0086	-1.4009	0.1092	0.4195	0.1566	-0.0223	0.5161	0.0013	0.5461	-5.3985	29.007	-15.8612
7	5.2456	-0.6778	3.0137	2.4261	-0.3614	8.1807	-0.0269	0.0759	-0.0321	0.0313	0.0167	-0.0935	-0.1576	0.1199	0.0061	0.2383	-0.0508	-0.0137	0.1308	0.0297	0.2403	13.1591	20.5693	-15.2165
8	4.6004	-0.0654	-0.1611	4.3939	1.4494	2.1889	-0.1016	-0.2493	-0.233	0.1425	-0.1041	0.2614	0.2904	-0.4266	0.2309	0.2902	-0.0186	-0.0229	0.3749	0.0661	0.3172	-0.9124	18.1685	-20.7566
9	5.9656	-0.2028	2.3717	3.5006	1.9801	3.6866	-0.1138	0.3464	-1.0873	-0.42	0.1629	0.1622	0.9458	0.4598	-0.1301	0.8261	0.1768	0.038	0.333	-0.0045	0.5662	23.484	-12.7287	-15.5685
10	3.2599	0.2343	1.0502	3.8289	-0.8916	2.3917	-0.0339	-0.1467	-0.8925	-0.03	0.0876	0.0284	1.0724	0.3937	-0.1084	0.7296	0.168	0.0854	0.2855	0.0611	0.5267	22.4263	-10.9533	-9.7521
11	2.6734	-0.0803	-0.0626	2.6364	-0.2724	3.6697	-0.0185	0.0792	-0.281	-0.161	-0.0199	-0.0395	0.5311	0.3048	0.0117	0.3153	0.0068	0.0147	0.233	0.0063	0.2505	20.2186	3.1098	-16.7384
12	6.8226	-0.9873	-4.2906	3.5706	3.0636	6.3271	0.0373	-0.5651	-0.0242	0.0745	0.074	-0.2646	-0.0739	1.0103	-0.0779	0.272	-0.0139	0.0011	0.4223	-0.0062	0.2783	28.2059	13.8971	-19.5443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 49 )	A	31 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 71 )	A	50 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 107 )	A	72 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 123 )	A	108 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 159 )	A	124 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 160 through 173 )	A	160 - 173
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 174 through 216 )	A	174 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 217 through 234 )	A	217 - 234
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 30 through 62 )	B	30 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 107 )	B	63 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 108 through 210 )	B	108 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 211 through 233 )	B	211 - 233

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関連情報:EMDBヘッダ

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