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万見
- PDB-5kk5: AsCpf1(E993A)-crRNA-DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kk5
タイトルAsCpf1(E993A)-crRNA-DNA ternary complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cpf1
  • DNA (28-MER)
  • DNA (8-mer)
  • RNA (40-MER)
キーワードHydrolase/DNA/RNA / Cpf1 / CRISPR-Cas / crRNA / Hydrolase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacillus subtilis ribonuclease / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 REC2 domain / CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas12a
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus sp.
Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.289 Å
データ登録者Gao, P. / Yang, H. / Rajashankar, K.R. / Huang, Z. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2016
タイトル: Type V CRISPR-Cas Cpf1 endonuclease employs a unique mechanism for crRNA-mediated target DNA recognition.
著者: Gao, P. / Yang, H. / Rajashankar, K.R. / Huang, Z. / Patel, D.J.
履歴
登録2016年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cpf1
B: RNA (40-MER)
C: DNA (28-MER)
D: DNA (8-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,3304
ポリマ－178,3304
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area62980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.737, 195.737, 125.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 / AsCpf1


分子量: 151448.000 Da / 分子数: 1 / 変異: E993A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus sp. (strain BV3L6) (バクテリア)
株: BV3L6 / 遺伝子: cpf1, HMPREF1246_0236 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: U2UMQ6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (40-MER)


分子量: 14320.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 10168.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (8-mer)


分子量: 2392.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.0, 30% PEG600, 0.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.289→105.473 Å / Num. obs: 37141 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.29→3.43 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.289→105.473 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 1998 5.38 %
Rwork0.2161 --
obs0.2182 37141 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.289→105.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9646 1555 0 0 11201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07116038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3896733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57510.4622-0.11311.6665-0.01621.1156-0.01130.11820.0088-0.1237-0.02390.0925-0.1259-0.1053-0.02460.84890.06120.04510.77910.00420.8154-50.891732.4718-54.0965
20.69471.0296-0.7613.3748-1.18811.4832-0.17430.0116-0.3065-0.3370.1435-0.28060.54080.2460.00271.38590.0406-0.02771.0601-0.11521.078-54.28256.8201-58.4673
32.75460.41130.25212.2654-0.4190.5999-0.22250.0945-0.5673-0.6966-0.0556-0.6110.37660.46380.25731.53070.18410.19380.902-0.02891.2211-35.09431.2795-66.2477
40.7453-0.68440.6331.4555-0.66212.4125-0.6264-0.440.50651.5377-0.3077-1.3139-0.69260.83670.16742.3424-0.86-0.87082.30040.37522.71740.258834.5967-56.3605
52.72381.5225-0.77812.224-1.50451.1899-0.58980.83130.5241.1823-0.3422-2.2189-1.4059-0.00160.23132.1297-0.0481-0.33121.64670.13681.8344-7.744519.6609-56.124
69.616-1.46993.02553.00372.36483.921-0.49611.5564-0.4395-0.82720.2916-0.48490.31260.3353-0.73221.9211-0.310.23491.4536-0.25541.8038-42.23081.9769-82.6874
76.20590.45060.20024.30342.14853.1460.19521.2318-1.2671-1.33370.4601-1.16840.52610.5939-0.2792.12280.13480.5241.3901-0.30421.7023-35.20620.0943-80.8466
81.66121.21550.97255.15920.4960.88820.61780.0289-0.5284-0.667-1.48740.03650.76220.39830.47081.21340.21910.15691.0357-0.09650.9712-47.019325.3915-62.1939
91.8945-0.4360.49518.31193.07748.34650.20730.35140.0954-1.9159-0.2885-0.5018-0.8461.13370.69371.0612-0.0480.15541.1466-0.07281.1146-35.249751.9524-59.517
109.93331.1891-3.73890.8181-1.63283.49260.35431.33880.6669-3.9795-0.3023-1.03780.90111.63451.04612.02550.2790.33041.19190.11660.9922-33.659944.0133-63.4406
112.10971.7178-0.76753.4117-2.90882.8257-0.14810.1185-0.2074-0.4587-0.5275-0.57540.31930.58520.61281.137-0.00380.11120.9099-0.06110.9302-47.328120.9048-59.7991
126.19041.3111-0.2329.57921.20728.6204-0.4764-0.07190.56271.3670.14360.4492-0.9322-1.47080.33061.66370.1634-0.00511.31150.07821.2846-67.7461-8.4713-49.578
130.1679-0.43730.00891.2674-0.02690.0004-0.0874-0.01580.0521-0.0425-0.0442-0.02380.0074-0.0205-0.00342.85890.65210.09893.3475-0.13953.1628-83.433-4.3724-52.0838
148.79497.0881-0.76496.1722-0.64650.2288-1.54421.2304-0.0592-0.6411.10061.26521.4788-0.60420.20871.6501-0.3146-0.39331.20750.13652.1328-70.9655-5.9799-52.2126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 428 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 429 through 725 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 726 through 1066 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1067 through 1208 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1209 through 1307 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -19 through -15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -14 through 0 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 15 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 16 through 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid -19 through -15 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid -14 through 0 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 7 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 8 through 8 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid -8 through -1 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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