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- PDB-5kk0: Synechocystis ACO mutant - T136A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kk0
タイトルSynechocystis ACO mutant - T136A
要素Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / carotenoid cleavage dioxygenase / iron coordination / non-heme iron proteins
機能・相同性all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui, X. / Kiser, P.D. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Utilization of Dioxygen by Carotenoid Cleavage Oxygenases.
著者: Sui, X. / Golczak, M. / Zhang, J. / Kleinberg, K.A. / von Lintig, J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年7月13日ID: 5E47
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,55110
ポリマ－217,2574
非ポリマー2946
水79344
1
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4053
ポリマ－54,3141
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3702
ポリマ－54,3141
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3702
ポリマ－54,3141
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4053
ポリマ－54,3141
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.760, 124.961, 203.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHRAA10 - 49010 - 490
21PROPROTHRTHRBB10 - 49010 - 490
12GLNGLNGLNGLNAA12 - 48912 - 489
22GLNGLNGLNGLNCC12 - 48912 - 489
13GLNGLNGLNGLNAA12 - 48912 - 489
23GLNGLNGLNGLNDD12 - 48912 - 489
14GLNGLNGLNGLNBB12 - 48912 - 489
24GLNGLNGLNGLNCC12 - 48912 - 489
15GLNGLNGLNGLNBB12 - 48912 - 489
25GLNGLNGLNGLNDD12 - 48912 - 489
16GLNGLNTHRTHRCC12 - 49012 - 490
26GLNGLNTHRTHRDD12 - 49012 - 490

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.024344, -0.999637, -0.011567), (0.999703, 0.024331, 0.001212), (-0.000931, -0.011593, 0.999932)29.12851, -30.15925, 51.025269
3given(1), (1), (1)
4given(0.393817, 0.212616, -0.894261), (-0.58235, -0.695009, -0.421699), (-0.71118, 0.686845, -0.14989)93.832893, 32.869259, 167.197845
5given(1), (1), (1)
6given(0.220747, -0.361033, -0.90605), (-0.74649, 0.535332, -0.395186), (0.627712, 0.763594, -0.151334)53.570091, 14.85563, 119.593773
7given(1), (1), (1)
8given(-0.571889, -0.690274, -0.443244), (-0.399635, -0.237437, 0.88539), (-0.716404, 0.683481, -0.14007)64.478691, -64.491669, 115.494469
9given(1), (1), (1)
10given(-0.741485, 0.525634, -0.417025), (-0.246136, 0.36511, 0.897837), (0.624194, 0.768377, -0.141346)45.533871, -24.13142, 68.336487
11given(1), (1), (1)
12given(0.075226, -0.996984, -0.019065), (0.996894, 0.075639, -0.021921), (0.023297, -0.017356, 0.999578)28.48933, -28.737949, 50.736881

-
要素

#1: タンパク質
Apocarotenoid-15,15'-oxygenase / ACO / 8'-apo-beta-carotenal 15 / 15'-oxygenase / Diox1


分子量: 54314.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll1541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium Chloride, BisTris Propane, Sodium Polyacrylate 2100, Triton X-100
PH範囲: 6.0 - 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.61 Å / Num. obs: 75385 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 7.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OU9

4ou9


解像度: 2.8→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26371 3538 4.7 %RANDOM
Rwork0.22521 ---
obs0.22699 71847 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15090 0 6 44 15140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01915544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.95421174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.824333294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57351916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49423.838740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.715152382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8491592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1326.0387676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1326.0377675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.649.0479588
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A43225.28
2A42966.31
3A42967.98
4B42967.51
5B42969
6C43086.15
LS精密化 シェル最高解像度: 2.8 Å

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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