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- PDB-5kjx: Co-crystal Structure of PKA RI alpha CNB-B domain with cAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kjx
タイトルCo-crystal Structure of PKA RI alpha CNB-B domain with cAMP
要素cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyclic nucleotide / cAMP-dependent protein kinase / Nucleotide selectivity / Cyclic nucleotide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase regulator activity / sperm head-tail coupling apparatus / nucleotide-activated protein kinase complex / ALK mutants bind TKIs / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / sarcomere organization / cardiac muscle cell proliferation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / cAMP-dependent protein kinase complex ...cAMP-dependent protein kinase regulator activity / sperm head-tail coupling apparatus / nucleotide-activated protein kinase complex / ALK mutants bind TKIs / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / sarcomere organization / cardiac muscle cell proliferation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / cAMP-dependent protein kinase complex / PKA activation / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / negative regulation of activated T cell proliferation / mesoderm formation / plasma membrane raft / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / multivesicular body / cellular response to glucagon stimulus / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / protein-containing complex / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lorenz, R. / Moon, E. / Kim, J.J. / Huang, G.Y. / Kim, C. / Herberg, F.W.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
Federal Ministry of Education and Research GrantFKZ 0316177F (No Pain) ドイツ
the Center for Interdisciplinary Nanostructure Science and Technology (CINSaT) of the University of Kassel ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM090161-06 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Mutations of PKA cyclic nucleotide-binding domains reveal novel aspects of cyclic nucleotide selectivity.
著者: Lorenz, R. / Moon, E.W. / Kim, J.J. / Schmidt, S.H. / Sankaran, B. / Pavlidis, I.V. / Kim, C. / Herberg, F.W.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2862
ポリマ－16,9571
非ポリマー3291
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.897, 52.207, 74.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit / Tissue-specific extinguisher 1 / TSE1


分子量: 16956.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR1A, PKR1, PRKAR1, TSE1 / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP2000 (delta cya) / 参照: UniProt: P10644
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v PEG 8000, 100mM imidazole/hydrochloric acid pH 6.5, 3% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24.65 Å / Num. obs: 11873 / % possible obs: 97.08 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 50.71
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 74.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RGS

1rgs


解像度: 1.9→24.646 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 600 5.05 %
Rwork0.1784 --
obs0.1808 11873 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / Bsol: 34.299 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.8016 Å20 Å20 Å2
2--5.5833 Å2-0 Å2
3---3.2184 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 22 115 1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1231519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.115415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8995-2.09060.23871380.20092519X-RAY DIFFRACTION88
2.0906-2.39290.26781500.17362844X-RAY DIFFRACTION100
2.3929-3.01390.2551510.1852878X-RAY DIFFRACTION100
3.0139-24.64850.20381610.17383032X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93552.4552-2.0118.0549-4.61082.9486-0.6941.80790.3186-1.2030.82260.61250.3947-0.1071-0.00410.4801-0.0681-0.06850.54040.04990.27381.5132-6.4986-20.4286
24.5437-1.04821.69516.32281.61666.5450.2777-0.04120.1614-0.09280.47111.2117-0.4927-1.1286-0.55120.34640.00510.04770.38070.23090.5712-7.4482-0.6435-13.7935
33.5445-5.20575.01639.0426-8.32429.15240.04740.36940.3009-0.4424-0.20940.06-0.11290.3550.08940.2746-0.0475-0.05720.22650.0760.26922.10730.6136-18.4006
44.3353-0.45150.16813.415-0.28613.78390.0811-0.42070.07420.063-0.1339-0.1929-0.19320.35250.01680.1309-0.0452-0.00570.17670.02310.13444.3278-9.9479-1.3416
50.1124-1.06150.59532.0004-3.81134.5543-0.1575-1.87520.03372.1979-0.1055-0.7398-0.53861.2757-0.00490.5275-0.08820.02041.0135-0.0440.2756-0.4174-7.457715.9151
64.02560.8919-0.35443.7987-0.90793.73770.1227-0.59950.25590.3566-0.06150.0561-0.33920.039-0.07640.15930.00230.02530.2131-0.02630.1436-0.8909-5.78012.1551
77.13123.55410.01766.4694-1.59084.78480.05630.11710.3650.1464-0.1265-0.3876-0.3510.38180.13690.1757-0.0055-0.02740.20910.0030.17676.3537-3.5132-8.18
85.74670.915-3.67563.2611-1.47238.39490.226-0.23941.02680.3883-0.05510.8897-1.2646-0.5921-0.24760.35540.0495-0.02680.2047-0.09030.5158-4.75614.2044-0.8534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 239:250)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 251:258)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 259:274)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 275:302)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 303:310)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 311:342)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 343:356)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 357:379)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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