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- PDB-5kja: Synechocystis apocarotenoid oxygenase (ACO) mutant - Trp149Ala -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kja
タイトルSynechocystis apocarotenoid oxygenase (ACO) mutant - Trp149Ala
要素Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron-coordination / active site / carotenoid binding / ligand interaction / non-heme iron / mutagenesis
機能・相同性all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui, X. / Kiser, P.D. / Palczewski, K.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY020551 米国
Department of Veterans AffairsIK2BX002683 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY023948 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Key Residues for Catalytic Function and Metal Coordination in a Carotenoid Cleavage Dioxygenase.
著者: Sui, X. / Zhang, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2016年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
E: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,49512
ポリマ－271,1455
非ポリマー3507
水2,774154
1
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3203
ポリマ－54,2291
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3203
ポリマ－54,2291
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2852
ポリマ－54,2291
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2852
ポリマ－54,2291
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2852
ポリマ－54,2291
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.140, 125.260, 203.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA12 - 48912 - 489
21GLNGLNBB12 - 48912 - 489
12GLNGLNAA12 - 48912 - 489
22GLNGLNCC12 - 48912 - 489
13GLNGLNAA12 - 48912 - 489
23GLNGLNDD12 - 48912 - 489
14GLNGLNAA12 - 48912 - 489
24GLNGLNEE12 - 48912 - 489
15THRTHRBB12 - 49012 - 490
25THRTHRCC12 - 49012 - 490
16THRTHRBB12 - 49012 - 490
26THRTHRDD12 - 49012 - 490
17THRTHRBB12 - 49012 - 490
27THRTHREE12 - 49012 - 490
18THRTHRCC12 - 49012 - 490
28THRTHRDD12 - 49012 - 490
19THRTHRCC12 - 49012 - 490
29THRTHREE12 - 49012 - 490
110THRTHRDD12 - 49012 - 490
210THRTHREE12 - 49012 - 490

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Apocarotenoid-15,15'-oxygenase / ACO / 8'-apo-beta-carotenal 15 / 15'-oxygenase / Diox1


分子量: 54229.062 Da / 分子数: 5 / 変異: W149A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll1541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: BisTris Propane, sodium polyacrylate 2100, sodium chloride
PH範囲: 6.0 - 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.62 Å / Num. obs: 75013 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.77 % / Rmerge(I) obs: 0.2043 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OU9

4ou9


解像度: 2.8→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 18.206 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.351 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23905 3595 4.8 %RANDOM
Rwork0.19804 ---
obs0.19998 71417 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å20 Å2-0 Å2
2---2.03 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18814 0 7 154 18975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01919370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0218035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.95626383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.034341548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4152393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.99223.859920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.651152977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.51815115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02122282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.024627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8557.3639587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.8547.3639586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.1211.0411975
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A291320.05
12B291320.05
21A288690.06
22C288690.06
31A287770.06
32D287770.06
41A290130.05
42E290130.05
51B288080.06
52C288080.06
61B290170.05
62D290170.05
71B291710.04
72E291710.04
81C290070.05
82D290070.05
91C287710.06
92E287710.06
101D289590.05
102E289590.05
LS精密化 シェル最高解像度: 2.8 Å

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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