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万見
- PDB-5kj8: Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long u... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kj8
タイトルStructure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction
要素
  • (Synaptosomal-associated protein ...) x 2
  • Synaptotagmin-1
  • Syntaxin-1A
  • Vesicle-associated membrane protein 3
キーワードENDOCYTOSIS / EXOCYTOSIS / XFEL STRUCTURE / SYNAPTIC FUSION COMPLEX / SYNAPTOTAGMIN1 / NEURONAL SNARE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion by cell / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / ER-Phagosome pathway / RAC2 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RHOQ GTPase cycle ...negative regulation of secretion by cell / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / ER-Phagosome pathway / RAC2 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / BLOC-1 complex / myosin head/neck binding / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / RHOA GTPase cycle / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / regulation of regulated secretory pathway / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of norepinephrine secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of catecholamine secretion / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulated exocytosis / dense core granule / ribbon synapse / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / regulation of establishment of protein localization / response to gravity / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / vesicle fusion / vesicle docking / exocytic vesicle / chloride channel inhibitor activity / secretion by cell / SNARE complex / SNAP receptor activity / clathrin-coated vesicle membrane / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of exocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / LGI-ADAM interactions / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / actomyosin / Golgi to plasma membrane protein transport / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / positive regulation of hormone secretion / neurotransmitter receptor internalization / calcium-dependent phospholipid binding / protein localization to membrane / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / retrograde transport, endosome to Golgi / presynaptic cytosol / insulin secretion / neurotransmitter transport / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin-coated vesicle / low-density lipoprotein particle receptor binding / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / Neutrophil degranulation / endosomal transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / clathrin binding / postsynaptic cytosol / myosin binding / intracellular vesicle / positive regulation of receptor recycling / regulation of dopamine secretion / regulation of neuron projection development / phosphatidylserine binding
類似検索 - 分子機能
Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Synaptobrevin signature. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Synaptobrevin-like ...Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Synaptobrevin signature. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Synaptobrevin-like / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / Synaptobrevin / Syntaxin / epimorphin family signature. / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / SNARE / Synaptotagmin / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptotagmin-1 / Syntaxin-1A / Synaptosomal-associated protein 25 / Vesicle-associated membrane protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Zhou, Q. / Zhao, M. / Sauter, N.K. / Brewster, A.S. / Weis, W.I. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Advances in X-ray free electron laser (XFEL) diffraction data processing applied to the crystal structure of the synaptotagmin-1 / SNARE complex.
著者: Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Zeldin, O.B. / Zhou, Q. / Zhao, M. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Holton, J.M. / Sauter, N.K. / Weis, W.I. / Brunger, A.T.
履歴
登録2016年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vesicle-associated membrane protein 3
B: Syntaxin-1A
C: Synaptosomal-associated protein 25
D: Synaptosomal-associated protein 25
E: Synaptotagmin-1
F: Synaptotagmin-1
G: Vesicle-associated membrane protein 3
H: Syntaxin-1A
I: Synaptosomal-associated protein 25
J: Synaptosomal-associated protein 25
K: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,56725
ポリマ－158,00611
非ポリマー56114
水00
1
A: Vesicle-associated membrane protein 3
B: Syntaxin-1A
C: Synaptosomal-associated protein 25
D: Synaptosomal-associated protein 25
E: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,24911
ポリマ－63,0095
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1495
ポリマ－31,9891
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Vesicle-associated membrane protein 3
H: Syntaxin-1A
I: Synaptosomal-associated protein 25
J: Synaptosomal-associated protein 25
K: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1699
ポリマ－63,0095
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.790, 169.710, 286.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
35

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN G
112CHAIN B
212CHAIN H
113CHAIN C
213CHAIN I
114CHAIN D
214CHAIN J
115CHAIN E
215CHAIN F
315CHAIN K

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

-
タンパク質 , 3種, 7分子 AGBHEFK

#1: タンパク質 Vesicle-associated membrane protein 3 / VAMP-3 / Cellubrevin / CEB / Synaptobrevin-3


分子量: 7231.061 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp3, Syb3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63025
#2: タンパク質 Syntaxin-1A / Neuron-specific antigen HPC-1 / Synaptotagmin-associated 35 kDa protein / P35A


分子量: 7706.761 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 191-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a, Sap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32851
#5: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 31988.838 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 141-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707

-
Synaptosomal-associated protein ... , 2種, 4分子 CIDJ

#3: タンパク質 Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 8741.725 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881
#4: タンパク質 Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 7340.173 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881

-
非ポリマー , 1種, 14分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→50 Å / Num. obs: 27282 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 4.1→4.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N7S, 3F04, 1UOW

1n7s

3f04

1uow


解像度: 4.1→49.64 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1333 4.99 %
Rwork0.283 --
obs0.284 26707 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10512 0 14 0 10526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60714882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3484246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031941
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A580X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12G580X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21B570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22H570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
31C634X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32I634X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
41D560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42J560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
51E3901X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52F3901X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
53K3901X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1001-4.24650.40541320.38422519X-RAY DIFFRACTION99
4.2465-4.41650.32281320.3622494X-RAY DIFFRACTION99
4.4165-4.61730.33791330.33062535X-RAY DIFFRACTION99
4.6173-4.86060.36111300.32772477X-RAY DIFFRACTION98
4.8606-5.16480.33921310.31552493X-RAY DIFFRACTION98
5.1648-5.56310.37351340.32242556X-RAY DIFFRACTION99
5.5631-6.1220.35421340.33972554X-RAY DIFFRACTION99
6.122-7.00580.31591340.31312541X-RAY DIFFRACTION98
7.0058-8.81850.27761350.25032563X-RAY DIFFRACTION97
8.8185-49.64150.19951380.19852642X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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