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- PDB-5kir: The Structure of Vioxx Bound to Human COX-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kir
タイトルThe Structure of Vioxx Bound to Human COX-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / cyclooxyrgenase / Vioxx / Rofecoxib / COX
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / positive regulation of fibroblast growth factor production ...Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of smooth muscle contraction / Nicotinamide salvaging / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / nuclear outer membrane / response to angiotensin / response to manganese ion / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / cellular response to ATP / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / Interleukin-10 signaling / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / caveola / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / memory / regulation of blood pressure / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / cellular response to heat / regulation of inflammatory response / cellular response to hypoxia / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / AMMONIUM ION / PHOSPHATE ION / Rofecoxib / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.697 Å
データ登録者Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 115386 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of rofecoxib bound to human cyclooxygenase-2.
著者: Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,00419
ポリマ－126,8232
非ポリマー4,18117
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area41530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.989, 149.422, 185.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin- ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2


分子量: 63411.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGS2, COX2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35354, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 167分子

#3: 化合物 ChemComp-RCX / Rofecoxib / Vioxx / ロフェコキシブ


分子量: 314.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C17H14O4S / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32CoN4O4
#6: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG400, ammonium phosphate, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→30 Å / Num. obs: 48415 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 17.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HS5

3hs5


解像度: 2.697→30.029 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 2219 4.89 %
Rwork0.1781 --
obs0.1801 45368 93.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.697→30.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8916 0 274 154 9344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27512901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6563488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1331354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6968-2.75540.26371000.21031709X-RAY DIFFRACTION60
2.7554-2.81940.22861000.21981995X-RAY DIFFRACTION70
2.8194-2.88990.3055970.22812252X-RAY DIFFRACTION78
2.8899-2.9680.25761270.22262487X-RAY DIFFRACTION87
2.968-3.05520.26711510.21862717X-RAY DIFFRACTION95
3.0552-3.15370.26991430.22382826X-RAY DIFFRACTION99
3.1537-3.26630.3071520.21892888X-RAY DIFFRACTION100
3.2663-3.39690.23621510.20472872X-RAY DIFFRACTION100
3.3969-3.55130.22141410.1842910X-RAY DIFFRACTION100
3.5513-3.73820.20711400.17432892X-RAY DIFFRACTION100
3.7382-3.97190.20311610.1592867X-RAY DIFFRACTION100
3.9719-4.27780.20171530.15572879X-RAY DIFFRACTION100
4.2778-4.70680.19681450.14082924X-RAY DIFFRACTION100
4.7068-5.38450.18751590.13992913X-RAY DIFFRACTION100
5.3845-6.7710.22061580.18122959X-RAY DIFFRACTION100
6.771-30.03070.18641410.17613059X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9137-0.6248-0.47012.1189-0.95580.64040.0596-0.11740.07390.69990.20790.9914-0.3098-0.5411-0.04530.44750.15860.17620.46280.10410.56547.101727.329239.8511
21.3350.6627-0.31032.1769-0.21242.2322-0.07430.3979-0.5106-0.3330.13470.24380.3078-0.1668-0.04370.2494-0.0691-0.07390.4282-0.17920.5512.35180.332325.6085
31.3584-0.0294-0.09751.8339-0.19050.8895-0.0516-0.0597-0.42090.25090.0266-0.52090.07630.12070.02160.22480.061-0.0540.1936-0.07050.440139.555310.24633.3473
41.1659-0.6201-0.83831.5643-0.20440.9875-0.2413-0.2617-0.67690.46520.1204-0.41730.11050.18840.00870.36150.015-0.1680.30410.05430.719839.41182.667939.7198
51.32680.0435-0.32292.2122-0.35241.4724-0.0201-0.1655-0.77550.4592-0.0108-0.08720.0678-0.0940.0830.27540.0181-0.06070.1917-0.07490.432527.79114.156338.8979
60.39560.35820.26381.36640.05321.0223-0.04850.5451-0.3179-0.7905-0.0477-0.13510.10670.0361-0.93770.8957-0.09750.10480.7615-0.36090.367536.171913.6108-3.135
72.2103-0.7780.68810.9102-0.71350.577-0.25650.34310.115-0.62960.1470.1080.0413-0.1546-0.11750.477-0.0457-0.20480.5253-0.07530.391522.439229.7766.0668
82.334-1.3292-0.61632.55931.69473.1842-0.20620.65640.1339-1.0301-0.0745-0.83770.02270.55340.29810.6813-0.12490.19550.7662-0.00990.471647.821434.5749-1.3182
91.45710.12-0.4172.4775-0.03071.4559-0.0940.16720.3858-0.04920.20590.0291-0.34690.0443-0.08430.3630.0231-0.12650.2291-0.00470.284629.917848.426121.48
100.8182-0.08170.25441.8595-0.25660.8701-0.09360.5510.2338-0.72580.08780.0777-0.19750.05350.02810.53-0.0715-0.07570.50690.02670.266830.525740.9285.1204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 34:73)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 74:122)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 123:367)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 368:419)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 420:583)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 34:78)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 79:147)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 148:183)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 184:429)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 430:583)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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