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- PDB-4rut: crystal structure of murine cyclooxygenase-2 with 13-methyl-arach... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rut | |||||||||
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Title | crystal structure of murine cyclooxygenase-2 with 13-methyl-arachidonic Acid | |||||||||
![]() | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PROSTAGLANDIN-ENDOPEROXIDE SYNTHASE / FATTY ACID ANALOG / GLYCOSYLATION / MEMBRANE | |||||||||
Function / homology | ![]() Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of fever generation / prostaglandin secretion / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / nuclear outer membrane / response to angiotensin / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / nuclear inner membrane / negative regulation of smooth muscle contraction / cellular response to ATP / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / response to cytokine / caveola / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / memory / regulation of blood pressure / positive regulation of protein import into nucleus / peroxidase activity / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / cellular response to heat / regulation of cell population proliferation / cellular response to hypoxia / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xu, S. / Kudalkar, S.N. / Banerjee, S. / Makriyannis, A. / Nikas, S.P. / Marnett, L.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: 13-methylarachidonic Acid is a positive allosteric modulator of endocannabinoid oxygenation by cyclooxygenase. Authors: Kudalkar, S.N. / Nikas, S.P. / Kingsley, P.J. / Xu, S. / Galligan, J.J. / Rouzer, C.A. / Banerjee, S. / Ji, L. / Eno, M.R. / Makriyannis, A. / Marnett, L.J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 777 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 89.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 127.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3nt1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 67332.711 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase |
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-Sugars , 3 types, 14 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #6: Sugar | |
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-Non-polymers , 3 types, 1146 molecules ![](data/chem/img/COH.gif)
![](data/chem/img/LM8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LM8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-COH / #5: Chemical | ChemComp-LM8 / ( #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM EPPS pH 8.0, 20~25% PEG MME 550, 80~120 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2014 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.16→112.4 Å / Num. all: 152423 / Num. obs: 152390 / % possible obs: 98.12 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 39.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 10.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.16→2.24 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique all: 15303 / % possible all: 95.94 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3NT1 chain A Resolution: 2.16→112.393 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.16→112.393 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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