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万見
- PDB-5kho: Rasip1 RA domain in complex with Rap1B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kho
タイトルRasip1 RA domain in complex with Rap1B
要素
  • Ras-interacting protein 1
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rasip1 / Ras-Association domain / Rap1B / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of membrane permeability / negative regulation of Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / Rap protein signal transduction / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Golgi stack ...negative regulation of membrane permeability / negative regulation of Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / Rap protein signal transduction / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Golgi stack / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of Rho protein signal transduction / azurophil granule membrane / regulation of GTPase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / vasculogenesis / cellular response to cAMP / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Integrin signaling / negative regulation of autophagy / lipid droplet / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / G protein activity / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / GTPase binding / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rasip1/Radil, cargo-binding domain / : / Ras-related protein Rap1 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. ...Rasip1/Radil, cargo-binding domain / : / Ras-related protein Rap1 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rap-1b / Ras-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Gingras, A.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Heart Association12SDG11610043 米国
American Heart Association16GRNT29650005 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Dimeric Rasip1 RA Domain Recognition of the Ras Subfamily of GTP-Binding Proteins.
著者: Gingras, A.R. / Puzon-McLaughlin, W. / Bobkov, A.A. / Ginsberg, M.H.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-interacting protein 1
B: Ras-interacting protein 1
C: Ras-related protein Rap-1b
D: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9179
ポリマ－70,7324
非ポリマー1,1855
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.540, 154.760, 38.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-interacting protein 1 / Rain


分子量: 16345.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5U651
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61224

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非ポリマー , 4種, 19分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 8K, 200mM Calcium Acetate, and 100mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月21日 / 詳細: Mirror: Rh coated
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 16034 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 89.763 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.31
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.78-38.31.4391.45198.5
3-3.20.6383.63199.9
3.2-3.40.3496.44199.8
3.4-3.70.16812.45199.9
3.7-4.20.07924.6199.9
4.2-4.80.04538.38199.7
4.8-5.90.04240.66199.9
5.9-8.20.03645.03199.4
8.2-500.02755.04198.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HDQ chain B

4hdq


解像度: 2.78→48.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 20.821 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.422 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2857 802 5 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2088 15232 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.76 Å2 / Biso mean: 91.413 Å2 / Biso min: 53.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---3.62 Å20 Å2
3---3.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 72 14 4132
Biso mean--89.34 79.76 -
残基数----541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.985670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1635532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.57922.905179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.62515643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0061541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9989.5972154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.08714.3732678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2029.6692019
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.852 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 54 -
Rwork0.426 1030 -
all-1084 -
obs--95.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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