[日本語] English
万見
- PDB-5khl: Crystal Structure of periplasmic Heme binding protein HutB of Vib... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5khl
タイトルCrystal Structure of periplasmic Heme binding protein HutB of Vibrio cholerae
要素Hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hemin / ABC trasporter / periplasmic protein / Vibrio cholerae
機能・相同性: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Agarwal, S. / Dey, S. / Ghosh, B. / Dasgupta, J.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DAE (BRNS)2013/37B/26/brns インド
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of periplasmic Heme binding protein HutB of Vibrio cholerae
著者: Agarwal, S. / Biswas, M. / Dasgupta, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the periplasmic haem-binding protein HutB from Vibrio cholerae.
著者: Agarwal, S. / Biswas, M. / Dasgupta, J.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9572
ポリマ－28,8611
非ポリマー961
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.884, 62.884, 135.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB


分子量: 28860.943 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: hutB, VC0395_0324 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AE70
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.0) against a reservoir solution 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.397→37 Å / Num. obs: 11192 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.7 % / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSdata processing
SCALAデータスケーリング
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RG7

2rg7


解像度: 2.397→28.53 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1115 9.99 %
Rwork0.1995 --
obs0.2051 11157 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.397→28.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 5 48 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2972647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.78734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.397-2.5060.43511360.31291225X-RAY DIFFRACTION98
2.506-2.6380.33631360.28821225X-RAY DIFFRACTION99
2.638-2.80320.36491380.26441238X-RAY DIFFRACTION99
2.8032-3.01940.30791370.25281236X-RAY DIFFRACTION99
3.0194-3.32280.28341410.21031263X-RAY DIFFRACTION99
3.3228-3.80270.26311380.18821239X-RAY DIFFRACTION99
3.8027-4.78730.20131410.1581276X-RAY DIFFRACTION98
4.7873-28.53250.21891480.18271340X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6684-1.1319-0.50371.66671.36453.9836-0.0734-0.1580.0434-0.39450.0005-0.0597-0.66430.0272-00.449-0.01940.04890.3185-0.03170.398124.68539.033419.4154
21.95581.48460.53442.3040.18550.68960.3744-0.2806-0.3188-0.092-0.2871-0.05490.0392-0.106500.5011-0.03620.01630.4110.05490.416517.8474-16.263911.9502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 22 through 130 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 131 through 277 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る