PDB-5kgo: Structure of K. pneumonia MrkH-c-di-GMP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kgo

タイトル

Structure of K. pneumonia MrkH-c-di-GMP complex

要素

Flagellar brake protein YcgR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / MrkH / biofilm / K. pneumonia / PilZ / TRANSFERASE

機能・相同性

predicted glycosyltransferase like domains / Thrombin, subunit H / nucleotide binding / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-C2E / PilZ domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Schumacher, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published: Structures of K. pneumonia MrkH: dual utilization of the PilZ fold for c-di-GMP and DNA binding by a novel activator of biofilm genes
著者: Schumacher, M. / Zeng, W.

履歴

登録	2016年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kgo.cif.gz	203.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kgo.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kgo_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kgo_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5kgo_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	5kgo_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/5kgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/5kgo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gj9-d 6yi8-1 5ap5-d 2g80-3 6nvg-d 5jkg-d 1zbp-d 1ovz-2 6qw5-1 3tub-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Flagellar brake protein YcgR

A: Flagellar brake protein YcgR

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Flagellar brake protein YcgR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Flagellar brake protein YcgR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.573, 74.569, 135.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Flagellar brake protein YcgR / Putative glycosyltransferase / Type 3 fimbriae transcription activator 分子量: 27464.586 Da / 分子数: 2 / 変異: H116A, N159D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: mrkH, ycgR, AOT21_03001, PMK1_00755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FT00
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂

#1: タンパク質

Flagellar brake protein YcgR / Putative glycosyltransferase / Type 3 fimbriae transcription activator

分子量: 27464.586 Da / 分子数: 2 / 変異: H116A, N159D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: mrkH, ycgR, AOT21_03001, PMK1_00755 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FT00

#2: 化合物

ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP

分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis tris propane/HCl pH 6.5, 0.2 M sodium fluoride.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→37.285 Å / Num. obs: 14247 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 96.5

-
位相決定

位相決定

手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→37.285 Å / FOM work R set: 0.7564 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2887	1413	10.01 %
R_work	0.2257	12707	-
obs	0.2318	14120	92.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.733 Å² / k_sol: 0.299 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 215.32 Å² / B_iso mean: 97.68 Å² / B_iso min: 32.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.8661 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	24.9129 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.0469 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→37.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3688	0	184	0	3872
B_iso mean	-	-	72	-	-
残基数	-	-	-	-	446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.028	3959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.721	5359
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.045	655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	40.688	1607

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-3.0036	0.3693	144	0.3262	1288	1432	95
3.0036-3.1238	0.3227	142	0.281	1285	1427	95
3.1238-3.2659	0.3693	142	0.2631	1271	1413	96
3.2659-3.438	0.3222	145	0.259	1308	1453	95
3.438-3.6532	0.3223	137	0.2417	1231	1368	91
3.6532-3.935	0.3268	137	0.2794	1240	1377	91
3.935-4.3304	0.2484	142	0.1914	1270	1412	92
4.3304-4.9558	0.2083	141	0.1586	1270	1411	92
4.9558-6.2391	0.2662	139	0.2087	1263	1402	90
6.2391-37.2876	0.3085	144	0.2315	1281	1425	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.122	1.2209	-0.4208	2.1174	-0.5885	1.8395	-0.2661	0.0493	-0.5943	0.4045	-0.1712	-0.3624	0.4465	-0.3008	0	0.6335	-0.0511	-0.1184	0.887	0.3139	0.687	42.0494	-0.1514	21.6018
2	2.2412	1.4982	-1.0432	0.6014	0.9276	2.1042	0.1481	-0.9807	-0.592	0.1997	-0.075	-0.3414	-0.3697	-0.3771	0.0002	0.4362	0.0602	-0.0548	0.5454	0.1058	0.4225	33.7016	14.6006	-4.1487
3	0.7601	-0.4852	-0.8515	0.6675	0.9565	-0.0326	0.0004	0.2587	-0.1916	0.1833	-0.1702	-0.3379	-1.1988	0.3901	-0.0376	0.1873	0.0374	-0.0569	0.7766	-0.0667	0.4509	24.7163	15.6358	-3.5955
4	-0.0383	0.056	0.1061	0.0606	-0.1584	0.1969	-0.7634	-0.0528	0.6909	0.8199	0.56	1.9615	0.6106	-1.6549	0	0.7934	-0.1729	-0.151	0.7124	-0.1175	1.1983	20.5849	1.2236	-4.7368
5	2.3184	0.0846	-1.455	2.978	0.9236	1.486	-0.1288	-0.2132	0.5992	-0.3386	-0.1795	0.0858	0.123	0.3769	-0	0.3658	0.166	-0.0786	0.5961	0.1106	0.4161	47.5478	43.5731	-37.9604
6	2.6197	-1.5024	1.7937	1.0902	-1.5591	2.193	0.199	-0.0037	0.1491	0.7467	-0.3702	-1.4842	0.3855	0.591	-0	0.5247	-0.1134	-0.1352	0.5552	0.1958	0.8323	52.0115	45.4425	-32.8905
7	3.2181	0.5474	-1.6375	1.5585	1.3864	1.8486	-0.116	0.2988	0.2406	0.0913	0.0305	-0.0756	-0.6236	-0.0622	-0	0.4731	-0.0226	-0.0063	0.3156	-0.0339	0.4244	40.8612	19.5113	-26.9549
8	4.9341	0.8848	-0.2583	0.9962	-0.6586	4.088	-0.1384	0.1541	-0.3803	-0.3405	0.1066	-0.4723	-0.2561	0.2664	0.0001	0.3926	0.0086	-0.0543	0.2154	-0.0331	0.2612	41.2623	18.3516	-28.218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:107)	A	5 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 108:200)	A	108 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 201:219)	A	201 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 220:229)	A	220 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain D and resid 5:54)	D	5 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain D and resid 55:107)	D	55 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 108:148)	D	108 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 149:234)	D	149 - 234

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