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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kev | ||||||
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タイトル | Vibrio parahaemolyticus VtrA/VtrC complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / heterodimer / alpha/beta / calycin beta barrel superfamily / bile salt receptor / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
Model details | The C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal ...The C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal periplasmic domain of VtrC extends from residue 31 to 161. | ||||||
データ登録者 | Tomchick, D.R. / Orth, K. / Rivera-Cancel, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Bile salt receptor complex activates a pathogenic type III secretion system. 著者: Li, P. / Rivera-Cancel, G. / Kinch, L.N. / Salomon, D. / Tomchick, D.R. / Grishin, N.V. / Orth, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kev.cif.gz | 141.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kev.ent.gz | 116.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5kev_validation.pdf.gz | 450.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5kev_full_validation.pdf.gz | 452.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5kev_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5kev_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5kev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5kev | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10982.484 Da / 分子数: 1 断片: VtrA C-terminal periplasmic domain, UNP residues 161-253 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA1332 / プラスミド: pACYCDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87GI4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16918.775 Da / 分子数: 1 断片: VtrC C-terminal periplasmic domain, UNP residues 31-161 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA1333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87GI3 |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate 28.7% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935, 0.97927, 0.97943 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月13日 / 詳細: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.65→40.609 Å / Num. obs: 12322 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 36.1 % / Biso Wilson estimate: 37.51 Å2 / CC1/2: 0.934 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/av σ(I): 63.565 / Net I/σ(I): 10.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40.609 Å / SU ML: 0.36 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.6 Å2 / Biso mean: 68.5081 Å2 / Biso min: 14.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→40.609 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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