+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kev | ||||||
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Title | Vibrio parahaemolyticus VtrA/VtrC complex | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / heterodimer / alpha/beta / calycin beta barrel superfamily / bile salt receptor / TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Model details | The C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal ...The C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal periplasmic domain of VtrC extends from residue 31 to 161. | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Orth, K. / Rivera-Cancel, G. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2016 Title: Bile salt receptor complex activates a pathogenic type III secretion system. Authors: Li, P. / Rivera-Cancel, G. / Kinch, L.N. / Salomon, D. / Tomchick, D.R. / Grishin, N.V. / Orth, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kev.cif.gz | 141.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kev.ent.gz | 116.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kev.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5kev_validation.pdf.gz | 450.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5kev_full_validation.pdf.gz | 452.1 KB | Display | |
Data in XML | 5kev_validation.xml.gz | 9.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5kev_validation.cif.gz | 11.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5kev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5kev | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10982.484 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: VtrA C-terminal periplasmic domain, UNP residues 161-253 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (bacteria) Strain: RIMD 2210633 / Gene: VPA1332 / Plasmid: pACYCDuet1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q87GI4 |
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#2: Protein | Mass: 16918.775 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: VtrC C-terminal periplasmic domain, UNP residues 31-161 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (bacteria) Strain: RIMD 2210633 / Gene: VPA1333 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q87GI3 |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 64.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 1.0 M lithium sulfate, 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate 28.7% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97935, 0.97927, 0.97943 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 13, 2015 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.65→40.609 Å / Num. obs: 12322 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 36.1 % / Biso Wilson estimate: 37.51 Å2 / CC1/2: 0.934 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/av σ(I): 63.565 / Net I/σ(I): 10.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.7→40.609 Å / SU ML: 0.36 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.6 Å2 / Biso mean: 68.5081 Å2 / Biso min: 14.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→40.609 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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