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- PDB-5kd4: Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kd4
タイトルCrystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PVI10) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYVI)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Peptide of HIV gp120 MN isolate, PVI10 (IGPGRAFYVI)
キーワードIMMUNE SYSTEM / MAJOR HISTOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I / MHC-I / H2-Dd / H-2Dd / HIV peptide / PVI10 / GLYCOPROTEIN / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / Neutrophil degranulation / host cell endosome membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / viral protein processing / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2018
タイトル: Effects of Cross-Presentation, Antigen Processing, and Peptide Binding in HIV Evasion of T Cell Immunity.
著者: Frey, B.F. / Jiang, J. / Sui, Y. / Boyd, L.F. / Yu, B. / Tatsuno, G. / Billeskov, R. / Solaymani-Mohammadi, S. / Berman, P.W. / Margulies, D.H. / Berzofsky, J.A.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide of HIV gp120 MN isolate, PVI10 (IGPGRAFYVI)
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: Peptide of HIV gp120 MN isolate, PVI10 (IGPGRAFYVI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3016
ポリマ－90,3016
非ポリマー00
水00
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide of HIV gp120 MN isolate, PVI10 (IGPGRAFYVI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1513
ポリマ－45,1513
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: Peptide of HIV gp120 MN isolate, PVI10 (IGPGRAFYVI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1513
ポリマ－45,1513
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.130, 90.300, 120.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32265.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: PET2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Peptide of HIV gp120 MN isolate, PVI10 (IGPGRAFYVI)


分子量: 1093.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutations
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: ENV / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P05877*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 20000, 0.1M Sodium Cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→47.1 Å / Num. obs: 17628 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 59.9 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ECB

3ecb


解像度: 3.05→47.088 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 886 5.03 %
Rwork0.1836 --
obs0.1858 17628 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→47.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6278 0 0 0 6278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1678770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6522394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0501-3.24120.28821450.2472751X-RAY DIFFRACTION94
3.2412-3.49130.26571460.20692773X-RAY DIFFRACTION94
3.4913-3.84250.2521460.19242768X-RAY DIFFRACTION94
3.8425-4.3980.24851470.17562786X-RAY DIFFRACTION94
4.398-5.53930.17321470.15292800X-RAY DIFFRACTION95
5.5393-43.36940.18881510.18282861X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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