PDB-5kcm: Crystal structure of iron-sulfur cluster containing photolyase Ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kcm

タイトル

Crystal structure of iron-sulfur cluster containing photolyase PhrB mutant I51W

要素

(6-4) photolyase

キーワード

LYASE / (6-4) Photolyase / Mutant / (6-4) Photorepair / FeS-BCP

機能・相同性

機能・相同性情報

(6-4)DNA photolyase / DNA (6-4) photolyase activity / photoreactive repair / FAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium fabrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.149 Å

データ登録者

Yang, X. / Bowatte, K. / Zhang, F. / Lamparter, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Photochem. Photobiol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Bacterial (6-4) Photolyase Mutants with Impaired DNA Repair Activity.
著者: Zhang, F. / Ma, H. / Bowatte, K. / Kwiatkowski, D. / Mittmann, E. / Qasem, H. / Krau, N. / Zeng, X. / Ren, Z. / Scheerer, P. / Yang, X. / Lamparter, T.

履歴

登録	2016年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Other
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kcm.cif.gz	456.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kcm.ent.gz	372.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kcm_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kcm_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5kcm_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	5kcm_validation.cif.gz	64.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/5kcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/5kcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lfaC 4djaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dd6-d 3zxs-2 4dja-d 5lfa-d 4jkf-d 3zxs-3 4n0o-2 4jkg-d 6wjt-2 5v5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (6-4) photolyase

B: (6-4) photolyase

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (6-4) photolyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: (6-4) photolyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.607, 107.243, 113.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	(6-4) photolyase / (6-4)DNA photolyase / DNA photolyase PhrB / Photoreactivating enzyme PhrB 分子量: 59296.922 Da / 分子数: 2 / 変異: I51W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD and SF4 are ligands 由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: phrB, Atu4765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CH39, (6-4)DNA photolyase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 5% PEG 400 0.1 M MES at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.149→44.655 Å / Num. obs: 65431 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 11.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DJA

4dja

解像度: 2.149→44.655 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2129	3307	5.1 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1663	64829	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.149→44.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8233	0	146	619	8998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8679
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	11779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.214	5137
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1491-2.1798	0.2705	116	0.2338	2322	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1798-2.2124	0.3205	155	0.2301	2500	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2124-2.2469	0.2975	154	0.2284	2516	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2469-2.2838	0.2973	116	0.2202	2543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2838-2.3231	0.3083	139	0.2148	2541	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3231-2.3654	0.265	127	0.2088	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3654-2.4109	0.2949	113	0.2037	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4109-2.4601	0.2722	136	0.191	2548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4601-2.5136	0.2435	128	0.1822	2532	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5136-2.572	0.2459	123	0.1868	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
2.572-2.6363	0.2827	129	0.1877	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6363-2.7076	0.2833	120	0.1806	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7076-2.7873	0.243	134	0.1754	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7873-2.8772	0.2245	132	0.1725	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8772-2.98	0.2229	144	0.1725	2554	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.0993	0.2236	156	0.1687	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0993-3.2404	0.1997	169	0.1668	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2404-3.4111	0.219	169	0.1667	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4111-3.6248	0.2149	122	0.1434	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6248-3.9045	0.1839	145	0.1339	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9045-4.2971	0.1739	120	0.1283	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2971-4.9182	0.157	148	0.1223	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9182-6.1938	0.1728	157	0.143	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1938-44.665	0.1553	155	0.1565	2754	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5725	-0.1838	0.0611	1.465	-0.5596	0.8893	-0.0176	-0.0053	-0.0192	-0.1267	0.0265	0.1578	0.0339	-0.0499	-0.0022	0.1656	-0.0463	0.012	0.1999	-0.0261	0.218	7.1473	97.1965	-3.8654
2	0.6906	-0.0805	-0.0025	1.0304	0.4341	0.7403	0.0144	-0.106	0.069	0.0716	0.0244	-0.0361	0.0531	0.0129	-0.0367	0.1359	-0.0245	0.0013	0.1932	0.0266	0.1557	43.9739	117.1792	-4.8673
3	0.3108	0.024	-0.0691	0.3492	0.0197	0.1049	0.0192	-0.0464	-0.0269	0.0073	-0.0033	0.0185	0.0223	-0.0009	-0.0173	0.2109	-0.0175	0.0063	0.1957	0.0044	0.1961	25.5578	105.6758	-4.2272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 2:513 OR RESID 601:602 ) )	A	2 - 513
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 2:513 OR RESID 601:602 ) )	A	601 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 2:513 OR RESID 601:602 ) )	B	2 - 513
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 2:513 OR RESID 601:602 ) )	B	601 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 701:1010 ) OR ( CHAIN B AND RESID 701:1009 )	A	701 - 1010
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 701:1010 ) OR ( CHAIN B AND RESID 701:1009 )	B	701 - 1009

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