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- PDB-5kbw: Crystal structure of TmRibU, the riboflavin-binding S subunit fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbw
タイトルCrystal structure of TmRibU, the riboflavin-binding S subunit from the Thermotoga maritima ECF transporter
要素Riboflavin transporter RibU
キーワードTransport Protein / Membrane Protein / Membrane transport / ECF transporter / vitamins / integral membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter, Riboflavin transporter RibU / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOFLAVIN / Riboflavin transporter RibU
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6093 Å
データ登録者Karpowich, N.K. / Wang, D.N. / Song, J.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK099023 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK053973 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM093825 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01- MH083840 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01-DA019676 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: An Aromatic Cap Seals the Substrate Binding Site in an ECF-Type S Subunit for Riboflavin.
著者: Karpowich, N.K. / Song, J. / Wang, D.N.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin transporter RibU
B: Riboflavin transporter RibU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3484
ポリマ－39,5962
非ポリマー7532
水1086
1
A: Riboflavin transporter RibU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1742
ポリマ－19,7981
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Riboflavin transporter RibU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1742
ポリマ－19,7981
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.142, 94.365, 50.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer determined by static light scattering

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin transporter RibU / Riboflavin ECF transporter S component RibU


分子量: 19797.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: ribU, TM_1455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1G6
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 100mM NaCitrate, pH 5.0, 30% PEG 500 DME, 100mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 10106 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KC0

5kc0


解像度: 2.6093→30.483 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.42 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 495 4.9 %
Rwork0.2024 --
obs0.2055 10106 87.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6093→30.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 54 6 2703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7163763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6721583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6093-2.87170.27611040.19232046X-RAY DIFFRACTION75
2.8717-3.28690.26721220.19962414X-RAY DIFFRACTION88
3.2869-4.13940.29151360.19832603X-RAY DIFFRACTION95
4.1394-30.48470.24471330.20842548X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.5679 Å / Origin y: -8.8488 Å / Origin z: 76.2462 Å
111213212223313233
T0.3992 Å20.0098 Å2-0.0336 Å2-0.4016 Å2-0.0146 Å2--0.4185 Å2
L0.8514 °20.0785 °2-0.2499 °2-1.0329 °2-0.0019 °2--1.0767 °2
S-0.0662 Å °-0.0029 Å °0.0377 Å °0.0533 Å °0.0174 Å °-0.0289 Å °0.0427 Å °-0.0547 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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