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- PDB-5kbn: The crystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 F80I Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbn
タイトルThe crystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 F80I Mutant
要素
  • Putative fluoride ion transporter CrcB
  • monobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha helix / ion channel / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Fluoride-specific ion channel FluC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Last, N.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Miller, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1-GM107023 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Mechanistic signs of double-barreled structure in a fluoride ion channel.
著者: Last, N.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Miller, C.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fluoride ion transporter CrcB
B: Putative fluoride ion transporter CrcB
C: monobody
D: monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,84212
ポリマ－52,3694
非ポリマー2,4748
水59433
1
A: Putative fluoride ion transporter CrcB
D: monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6747
ポリマ－26,1842
非ポリマー1,4905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
2
B: Putative fluoride ion transporter CrcB
C: monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1685
ポリマ－26,1842
非ポリマー9843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.655, 87.655, 143.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILELEULEUAA2 - 1242 - 124
21ILEILELEULEUBB2 - 1242 - 124
12SERSERTHRTHRCC1 - 962 - 97
22SERSERTHRTHRDD1 - 962 - 97

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Putative fluoride ion transporter CrcB


分子量: 15808.770 Da / 分子数: 2 / 変異: F80I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: crcB, AC789_145pl00540, AKG99_27195, AL505_410006, AN206_26275, AUQ25_20445, ECONIH1_26550, ECS286_0026, MJ49_27125, pCTXM15_EC8_00123, pO103_22, SK78_04822
プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6J5N4
#2: タンパク質 monobody


分子量: 10375.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHFT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
糖 , 1種, 5分子

#4: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.69 % / Mosaicity: 0.56 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 31% PEG 600, 100 mM ADA, 10 mM HEPES, 100 mM NaF, 50 mM LiNO3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月26日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→39.2 Å / Num. obs: 38347 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.48-2.5815.21.4191100
8.94-39.214.90.027196.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A43

5a43


解像度: 2.48→37.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 15.345 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.189
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 1873 4.9 %RANDOM
Rwork0.2186 ---
obs0.2197 36356 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.54 Å2 / Biso mean: 70.554 Å2 / Biso min: 50.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å20 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 168 33 3560
Biso mean--90.65 62.75 -
残基数----442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193617
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0193522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.9664952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85838146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.02222.8100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5815525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.333156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0724.0641764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0714.0641763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8326.0892198
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77540.06
12B77540.06
21C56060.08
22D56060.08
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 141 -
Rwork0.326 2666 -
all-2807 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81591.3075-0.42927.5552-2.08052.42170.1989-0.0846-0.11470.9967-0.1781-0.50120.10320.2496-0.02080.46290.0672-0.09290.04010.0240.332747.4126-0.479123.0739
21.6115-0.0621-0.67868.62330.64421.61460.06550.05730.20350.38980.02130.74960.0667-0.0378-0.08680.29190.03430.02750.00910.03830.381736.07255.776317.8562
31.4838-0.2043-0.719211.02931.961.13930.103-0.0243-0.1666-0.3069-0.20620.2865-0.1851-0.12050.10320.33460.0269-0.05750.02530.01920.318136.6754-34.152817.5011
42.01852.7119-1.78777.2341-5.01625.37490.01540.18520.06790.50020.0359-0.0955-0.20060.1179-0.05130.11460.00320.04630.10120.01770.323352.330335.35376.4242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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