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- PDB-6m97: Crystal structure of the high-affinity copper transporter Ctr1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m97
タイトルCrystal structure of the high-affinity copper transporter Ctr1
要素Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane proteins / Ion transporters / Ion channels.
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transmembrane transporter activity / electron transport chain / recycling endosome membrane / late endosome membrane / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / periplasmic space / electron transfer activity / apical plasma membrane / iron ion binding ...copper ion transmembrane transporter activity / electron transport chain / recycling endosome membrane / late endosome membrane / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / periplasmic space / electron transfer activity / apical plasma membrane / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ctr copper transporter / Ctr copper transporter family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Copper transport protein / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Salmo salar (タイセイヨウサケ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Ren, F. / Yuan, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: X-ray structures of the high-affinity copper transporter Ctr1.
著者: Ren, F. / Logeman, B.L. / Zhang, X. / Liu, Y. / Thiele, D.J. / Yuan, P.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4274
ポリマ－26,2721
非ポリマー4,1543
水00
1
A: Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,28112
ポリマ－78,8173
非ポリマー12,4639
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area35170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.850, 73.850, 410.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

TBR

21A-2002-

TBR

-
要素

#1: タンパク質 Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562 / high affinity copper uptake protein 1 isoform X1 / Cytochrome b-562 / high affinity copper uptake ...high affinity copper uptake protein 1 isoform X1 / Cytochrome b-562 / high affinity copper uptake protein 1 isoform X1


分子量: 26272.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmo salar (タイセイヨウサケ), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: COPT1, copt1, cybC / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: C0HAK2, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM zinc acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.9, and 26% PEG 400.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 8991 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.578 / Num. unique obs: 890 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.732

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.03→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 46.178 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.585 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33231 678 9.8 %RANDOM
Rwork0.28048 ---
obs0.2854 6233 77.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 74.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 0 37 0 1659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3152.1052587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88633633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4895203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47524.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75215284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.59157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7064.409827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7064.409826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2626.611025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2616.6091026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5914.591889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5824.417818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1056.611203
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.76652.2931881
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.76552.2811882
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.031→3.108 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.832 3 -
Rwork0.335 43 -
obs--7.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.92790.7639-2.63792.0702-0.05954.2864-0.03490.19150.4494-0.3030.0634-0.0721-0.7384-0.1041-0.02840.2221-0.0045-0.04090.0080.01450.0711-36.4537-9.257143.7967
24.3769-0.231-1.82096.24091.43189.9184-0.12170.2196-0.2013-0.6075-0.0138-0.2251-0.2017-0.33380.13550.3238-0.04850.04010.35270.05040.2771-21.5733-11.15195.3567
318.1849.086215.22017.24566.091713.64720.0201-0.0877-0.18160.04010.0124-0.0866-0.0686-0.1473-0.03250.31960.02160.02630.3096-0.01390.3805-18.08374.63087.1156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2A1002 - 1105
3X-RAY DIFFRACTION3A2001 - 2002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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