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- PDB-5kb3: 1.4 A resolution structure of Helicobacter Pylori MTAN in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kb3
タイトル1.4 A resolution structure of Helicobacter Pylori MTAN in complexed with p-ClPh-DADMe-ImmA
要素Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / nucleosidase / helicobacter pylori / neutron crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / nucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4CT / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.399 Å
データ登録者Banco, M.T. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)N-123528-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI105084 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Neutron structures of the Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine nucleosidase highlight proton sharing and protonation states.
著者: Banco, M.T. / Mishra, V. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Evans, G.B. / Kovalevsky, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年12月11日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3903
ポリマ－24,9761
非ポリマー4142
水4,360242
1
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子

A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7806
ポリマ－49,9522
非ポリマー8284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area3680 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.207, 81.207, 67.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-453-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aminodeoxyfutalosine nucleosidase / Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / ...Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 6-amino-6-deoxyfutalosine N-ribosylhydrolase


分子量: 24975.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌)
株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: mtnN, mtn, jhp_0082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZMY2, aminodeoxyfutalosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-4CT / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol


分子量: 389.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20ClN5OS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 18 % w/v polyethylene glycol 550 monomethyl ether, and 95 mM magnesium chloride hexahydrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.399→34.76 Å / Num. obs: 50579 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NM5

3nm5


解像度: 1.399→34.76 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1701 2007 3.97 %
Rwork0.139 --
obs0.1402 50546 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→34.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 27 242 2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8212461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.017676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3986-1.43360.20561420.15273396X-RAY DIFFRACTION98
1.4336-1.47230.17961420.13323411X-RAY DIFFRACTION99
1.4723-1.51570.13921390.11063417X-RAY DIFFRACTION99
1.5157-1.56460.15741420.10593443X-RAY DIFFRACTION99
1.5646-1.62050.12421400.10833426X-RAY DIFFRACTION99
1.6205-1.68540.15611430.11023421X-RAY DIFFRACTION99
1.6854-1.76210.16561440.12053465X-RAY DIFFRACTION100
1.7621-1.8550.16311430.12723466X-RAY DIFFRACTION100
1.855-1.97120.16121420.12733466X-RAY DIFFRACTION100
1.9712-2.12340.15031420.12693486X-RAY DIFFRACTION100
2.1234-2.3370.15561400.13523512X-RAY DIFFRACTION100
2.337-2.67510.17011460.15093497X-RAY DIFFRACTION100
2.6751-3.36990.18871480.16043561X-RAY DIFFRACTION100
3.3699-34.77060.18251540.14783572X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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