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Yorodumi- PDB-5kam: Trypanosome brucei Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltranferase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kam | ||||||
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Title | Trypanosome brucei Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltranferase in complex with Inosine 5' monophosphate | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / inhibitor / complex / dimer / enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding ...hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.481 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Guddat, L. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Crystal structures and inhibition of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase. Authors: Teran, D. / Hockova, D. / Cesnek, M. / Zikova, A. / Naesens, L. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kam.cif.gz | 154.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kam.ent.gz | 120.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kam.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kam | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5jsqSC 5jv5C 5k51C 5kapC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24221.775 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Gene: HGPRT / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q07010, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris PH range: 5-5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95369 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→43.23 Å / Num. obs: 17272 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.58 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JSQ Resolution: 2.481→43.23 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 34.3
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.481→43.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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