PDB-5k8x: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor U3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k8x

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor U3

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.991 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor U3
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k8x.cif.gz	814.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k8x.ent.gz	696.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5k8x_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k8x_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5k8x_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	5k8x_validation.cif.gz	83.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tbj-d 5lv2-1 6s71-d 6s79-d 2y1w-d 5isa-d 5k8v-d 5tbh-d 5isg-d 5tbi-d 5is7-d 5ish-d 6s7c-d 5dwq-d 5lv2-2 5lv3-d 5is6-d 6s7a-d 5u4x-d 5ntc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.831, 98.486, 205.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 8種, 866分子

#2: 化合物	ChemComp-6ZH / [[[(~{E})-3-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]prop-2-enyl]amino]-azanyl-methylidene]azanium 分子量: 335.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#7: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#8: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM, PEG 2000 MME 15 %, NaCl 100 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→49.24 Å / Num. obs: 103982 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.19 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.99→2.01 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 1.991→45.555 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.45

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2115	5174	4.98 %	Random selection
R_work	0.1699	-	-	-
obs	0.172	103907	99.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.991→45.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10993	0	270	834	12097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.002	15732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.948	4287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9908-2.0135	0.3717	131	0.3547	2516	X-RAY DIFFRACTION	77
2.0135-2.0372	0.2983	197	0.2978	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0372-2.062	0.3049	192	0.2863	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.062-2.0881	0.3091	145	0.2692	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0881-2.1156	0.3175	160	0.2608	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1156-2.1446	0.288	179	0.2485	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1446-2.1752	0.298	164	0.2365	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2077	0.2757	190	0.226	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2077-2.2422	0.2883	183	0.22	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2422-2.2789	0.259	169	0.2096	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2789-2.3182	0.2318	165	0.2	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3182-2.3604	0.2543	144	0.1944	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3604-2.4058	0.2338	182	0.1846	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4058-2.4549	0.2107	175	0.1809	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4549-2.5082	0.2527	165	0.1812	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5082-2.5666	0.2401	176	0.1737	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5666-2.6308	0.2084	169	0.1715	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6308-2.7019	0.2049	180	0.1662	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7019-2.7814	0.2524	158	0.171	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7814-2.8711	0.2173	166	0.1741	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8711-2.9737	0.2185	165	0.1711	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9737-3.0928	0.24	187	0.1693	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0928-3.2335	0.2251	172	0.1617	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2335-3.4039	0.1927	171	0.1643	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4039-3.6171	0.2116	153	0.1459	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6171-3.8962	0.1744	197	0.131	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8962-4.2881	0.1532	187	0.1178	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2881-4.9079	0.1384	163	0.1083	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9079-6.181	0.17	180	0.1429	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
6.181-45.5671	0.1953	209	0.186	3537	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8955	0.0279	-0.0608	0.4238	0.0518	1.2811	0.0237	-0.1346	0.148	0.0977	-0.0482	0.0363	-0.1065	-0.0069	0.0002	0.2418	-0.042	0.0174	0.2222	-0.051	0.2223	55.2568	40.4931	132.3367
2	0.5765	0.2103	0.2887	-0.1747	-0.0467	0.1987	0.117	-0.0376	0.0599	0.045	-0.0624	0.0814	0.0405	0.0427	0.006	0.1434	-0.0077	0.0072	0.1724	-0.0177	0.2512	47.8068	11.8278	118.4929
3	0.7411	0.2459	-0.2173	1.5263	-0.1443	0.9209	-0.0587	-0.0353	-0.0297	-0.0869	0.0124	-0.0374	0.0561	-0.0273	-0.0432	0.1428	-0.0361	0.0498	0.1747	-0.0203	0.1962	60.4345	19.3082	118.4218
4	0.7446	-0.5876	-0.3546	1.427	0.4344	1.6112	0.0923	0.0857	0.0016	-0.0271	0.0423	-0.0198	-0.0991	-0.1351	0.0023	0.1579	0.0324	0.0172	0.1796	0.0225	0.2159	19.0229	19.9711	114.4083
5	0.5906	0.4965	0.5145	-0.3584	-0.0899	0.0537	0.3448	-0.248	-0.0941	0.2602	-0.2051	0.0034	0.0733	0.0448	0.0077	0.3472	-0.0787	0.0447	0.4319	-0.0223	0.2717	38.5347	29.4787	147.6778
6	0.387	-0.1162	-0.022	0.6095	0.6261	0.545	0.0756	-0.2332	0.1735	0.0385	-0.1181	-0.0757	0.2042	-0.1132	-0	0.2587	-0.0161	0.0483	0.3274	0.0226	0.3123	17.2125	21.9305	137.2003
7	0.9308	-0.2541	-0.0301	0.0586	0.1867	0.8235	0.0914	-0.2475	0.0179	0.1127	-0.0119	0.0266	-0.028	-0.0452	-0	0.3021	-0.0298	0.0146	0.3151	0.0367	0.2468	17.0292	22.7	139.4723
8	0.3353	0.0532	0.3555	0.4656	0.0943	0.3474	0.0602	-0.3516	0.1001	0.0736	0.012	-0.2309	0.292	0.1684	0.0007	0.296	-0.0153	0.0664	0.3641	-0.0582	0.3362	24.6424	30.0649	140.9225
9	1.1669	-0.0033	-0.5469	0.6902	-0.27	1.4215	-0.0052	0.1411	0.0859	0.0466	0.0139	0.0577	-0.1028	0.0385	0	0.314	0.0478	0.0129	0.2966	0.0209	0.2481	23.124	42.5582	174.2927
10	0.6011	-0.1038	0.3589	0.3374	-0.4606	0.1512	0.0613	0.0532	-0.1897	0.1172	-0.0084	0.1824	-0.0357	-0.0368	-0	0.2931	0.0381	0.0181	0.2381	-0.0007	0.245	26.1685	21.1156	189.4741
11	0.6267	-0.4484	-0.126	1.156	-0.234	0.7163	-0.0379	0.0719	-0.1727	0.1311	0.0242	0.2958	0.0205	0.0011	-0.0287	0.2938	0.035	0.0773	0.2627	0.001	0.3464	16.0657	20.2909	189.4784
12	0.8881	0.7372	-0.5944	1.5606	-0.3968	1.1518	0.082	-0.1266	-0.0963	0.0552	-0.1169	-0.1655	-0.0263	0.0436	-0	0.2919	-0.0145	-0.0303	0.2426	0.0046	0.2644	57.2952	18.1605	194.0845
13	0.5262	-0.8152	0.3873	-0.2402	0.1004	-0.2427	0.2564	0.3111	-0.1849	-0.2933	-0.179	0.0757	0.1202	-0.0567	0.0003	0.3892	0.0683	0.0489	0.4076	-0.0227	0.2954	39.6862	28.3893	162.4035
14	0.463	-0.0912	-0.1169	0.209	-0.2752	0.373	-0.0164	0.1373	-0.0279	-0.0556	-0.1166	-0.0859	-0.029	0.1459	-0.0001	0.351	0.014	0.0241	0.373	-0.0018	0.3453	63.4648	23.2277	173.1344
15	0.189	0.1302	0.1801	0.0784	0.1571	0.349	0.0359	0.2313	-0.1594	-0.0677	-0.0777	-0.0767	0.0349	0.2428	-0	0.3865	0.0446	0.0422	0.3465	-0.0438	0.2742	58.4917	17.6772	168.4658
16	0.4628	-0.1303	0.3909	0.4018	0.1899	0.3712	0.008	0.1889	-0.1433	0.0668	-0.1507	0.0906	-0.0965	-0.0447	-0.0003	0.3205	0.0368	0.0351	0.3758	-0.0274	0.2418	54.7707	30.1739	167.2991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:476)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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