PDB-5k8s: cAMP bound PfPKA-R (297-441)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k8s

タイトル

cAMP bound PfPKA-R (297-441)

要素

CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

CAMP-dependent pathway

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Plasmodium falciparum / PKA /

protein kinase A (プロテインキナーゼA) /

cAMP (CAMP) / CBD /

cyclic nucleotide binding / CNB / regulatory domain / R

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase regulator activity /

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity /

プロテインキナーゼA /

cAMP-dependent protein kinase activity /

cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / protein kinase A catalytic subunit binding /

cAMP binding /

regulation of protein phosphorylation / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Gilson, P.R. / Crabb, B.S. / Rossjohn, J.J.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Disrupting the Allosteric Interaction between the Plasmodium falciparum cAMP-dependent Kinase and Its Regulatory Subunit.
著者: Littler, D.R. / Bullen, H.E. / Harvey, K.L. / Beddoe, T. / Crabb, B.S. / Rossjohn, J. / Gilson, P.R.

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / reflns Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k8s.cif.gz	148.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k8s.ent.gz	116 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kbfC 5t3nC 1rgsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kz1-d 1py2-5 1py2-3 1y2f-d 3ogj-4 4zf7-1 4ijh-d 6dx1-1 4mei-d 4lso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (11) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

B: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.280, 71.820, 106.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / CAMP-dependent pathway 分子量: 16863.379 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 297-441 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PKAr, PFL1110c / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7KQK0
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 22% w/v Polyethylene glycol 6000, 0.1M LiCl and 0.1M CH3COONa pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→42.8 Å / Num. obs: 104403 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RGS

1rgs

解像度: 1.15→34.027 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	5163	4.95 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.1985	104241	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→34.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2345	0	44	355	2744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.311	3508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.126	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.1631	0.3322	138	0.2904	2659	X-RAY DIFFRACTION	79
1.1631-1.1768	0.286	159	0.2813	2894	X-RAY DIFFRACTION	86
1.1768-1.1911	0.2771	155	0.275	3079	X-RAY DIFFRACTION	90
1.1911-1.2062	0.2523	172	0.2717	3173	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2062-1.2221	0.3448	184	0.3109	3389	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2221-1.2388	0.3187	178	0.2969	3325	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2388-1.2565	0.2586	163	0.2326	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2565-1.2753	0.2499	176	0.2305	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2753-1.2952	0.2622	181	0.2562	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2952-1.3164	0.3316	189	0.3112	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3164-1.3391	0.2259	169	0.2086	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3391-1.3635	0.2174	202	0.2026	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3635-1.3897	0.2398	175	0.2012	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3897-1.4181	0.2107	170	0.195	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4181-1.4489	0.2104	172	0.1991	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4489-1.4826	0.2361	164	0.207	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4826-1.5197	0.1895	157	0.1876	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5197-1.5608	0.2149	179	0.1888	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5608-1.6067	0.1865	205	0.1809	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6067-1.6585	0.214	177	0.183	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6585-1.7178	0.2228	165	0.1877	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7178-1.7866	0.2034	177	0.1887	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7866-1.8679	0.2162	187	0.1848	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8679-1.9664	0.2653	148	0.2146	3393	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9664-2.0896	0.1717	163	0.1732	3428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0896-2.2509	0.1892	182	0.1853	3391	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2509-2.4773	0.2002	177	0.1848	3446	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4773-2.8356	0.214	203	0.1853	3419	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8356-3.572	0.1929	174	0.1779	3405	X-RAY DIFFRACTION	96
3.572-34.0416	0.2453	122	0.198	2528	X-RAY DIFFRACTION	69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1677	-0.5857	2.0839	4.6489	0.5132	5.0518	0.1381	-0.1728	-0.0404	0.0181	-0.0196	0.3798	-0.0945	-0.5328	-0.1457	0.1195	0.0144	0.0492	0.2212	0.0037	0.1666	0.725	-7.52	-14.2897
2	1.0538	-0.1324	0.584	2.3218	0.9053	1.3942	0.1021	-0.0354	0.1187	-0.2629	-0.1075	-0.126	-0.1219	-0.0349	0.0009	0.1021	-0.0054	0.0469	0.1312	0.0298	0.0912	9.296	-13.1226	-22.146
3	1.9756	-0.5449	0.7967	3.8239	-1.0884	2.0948	0.1254	-0.0747	-0.0758	0.0556	-0.1372	-0.2097	0.0108	0.0621	-0.0069	0.079	-0.0084	-0.0036	0.101	0.0138	0.0659	12.6847	-24.6775	-16.2019
4	3.396	0.0321	-1.0382	3.9105	0.254	3.6575	0.1591	-0.0734	0.1986	0.0743	-0.1017	-0.3154	-0.2137	0.128	-0.0355	0.1082	-0.0131	-0.0066	0.0826	0.0185	0.0981	16.543	-16.5676	-16.3903
5	1.1522	0.2543	0.6398	3.9569	0.9456	1.0632	0.0533	0.0271	0.0704	-0.1972	-0.0193	-0.1575	-0.1398	0.0322	-0.027	0.1341	0.007	0.0369	0.1372	0.0183	0.0829	10.6223	-14.8069	-21.4574
6	5.4469	-4.4898	1.5105	3.6912	-1.2337	1.211	-0.0102	-0.3139	0.0102	0.4207	0.0157	-0.3119	-0.1355	-0.0938	0.0228	0.1908	-0.0344	-0.0431	0.1549	0.019	0.1347	19.2011	-15.2249	-6.5534
7	5.5602	-0.8497	-2.8855	7.0864	-2.789	4.9585	0.1446	-0.181	-0.0848	-0.05	-0.2651	-1.403	-0.2968	0.3462	0.1842	0.1549	-0.0626	-0.1079	0.2102	0.0823	0.3041	27.4098	-22.9828	-10.5111
8	5.2663	-1.6881	1.5079	2.2441	-2.3948	5.5891	-0.0585	0.0369	0.2527	-0.0229	-0.1749	-0.0741	0.1267	0.6697	0.1933	0.1458	0.0004	-0.0119	0.1881	0.0075	0.0863	15.5383	-42.6401	16.0802
9	9.5769	3.2244	-6.7209	6.2033	-3.5785	9.306	-0.3714	-0.1301	0.4118	0.6166	0.5068	0.4847	-0.245	-0.324	-0.1336	0.2836	0.0585	-0.0261	0.195	0.0383	0.2602	4.2356	-35.4548	12.3778
10	4.6805	-0.6325	-4.7486	1.2435	0.0618	8.0796	-0.0561	-0.0604	0.0995	0.126	0.0204	-0.0061	0.0791	-0.0879	0.0632	0.0949	-0.0033	-0.0153	0.1001	0.0076	0.1071	10.5807	-45.7533	12.254
11	4.8287	0.7356	1.1912	2.6019	0.3331	3.9163	-0.0277	0.2555	-0.3189	-0.0459	-0.1208	-0.1737	0.2892	0.0806	0.1549	0.1217	0.002	0.0166	0.0837	-0.0036	0.1283	12.6055	-47.7364	-8.3025
12	2.0267	0.0424	0.5501	1.8671	-1.7317	3.9675	-0.0464	0.1037	-0.0166	-0.0451	0.0057	-0.0338	-0.0233	0.071	0.0467	0.1046	0.0013	-0.0243	0.0758	-0.0012	0.1002	10.6055	-38.8085	-6.2772
13	9.6143	5.8362	-1.1501	3.6724	-0.4777	2.7043	-0.0532	-0.1217	0.5302	0.1148	-0.0167	0.3694	-0.1952	-0.0331	0.0253	0.1339	0.0168	-0.0284	0.0925	0.0138	0.1029	8.6244	-37.5323	0.3359
14	5.6571	1.4751	0.5637	1.6422	-0.4333	2.1515	-0.0851	0.1454	-0.0587	-0.0281	0.0347	0.0074	0.0324	-0.0414	0.048	0.0933	0.0024	-0.0042	0.0502	-0.0097	0.0891	7.6047	-44.5128	-6.2923
15	4.7761	0.5341	-1.7519	1.2121	-0.4791	2.8281	-0.1029	-0.1195	-0.2568	-0.0389	0.0099	0.0989	0.2248	-0.1017	0.0985	0.1392	0.0066	-0.0198	0.0969	0.0188	0.1154	6.3993	-48.3293	6.4619
16	2.1938	0.3738	-1.3104	1.2496	-0.8554	8.4927	-0.1808	-0.0265	0.1346	0.082	-0.016	0.0986	-0.1956	-0.4364	0.1423	0.1086	0.019	-0.013	0.1171	-0.0156	0.1402	-3.3853	-36.1823	-3.2174
17	8.5159	6.7228	-4.9663	8.713	-5.7235	7.2408	-0.4215	0.3242	-0.1555	-0.3094	0.4434	0.2459	0.6455	-0.6399	-0.1149	0.1654	-0.0556	-0.0113	0.1872	0.0175	0.1991	-4.4466	-42.9726	-12.8427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 297 through 317 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 318 through 347 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 348 through 369 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 370 through 388 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 389 through 410 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 411 through 430 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 431 through 439 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 294 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 310 through 317 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 318 through 333 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 334 through 347 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 348 through 369 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 370 through 377 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 378 through 395 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 396 through 410 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 411 through 430 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 431 through 441 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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